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Des produits

Génomique comparée

La génomique comparative signifie littéralement comparer les séquences et structures complètes du génome de différentes espèces.Cette discipline vise à révéler l'évolution des espèces, la fonction des gènes et le mécanisme de régulation des gènes au niveau du génome en identifiant les structures de séquence et les éléments conservés ou différenciés entre différentes espèces.Une étude génomique comparative typique comprend des analyses de la famille des gènes, du développement évolutif, de la duplication du génome entier, de la pression sélective, etc.


Détails des services

Résultats de la démonstration

Étude de cas

Avantages des services

1Génomique-comparative

● Package d'analyses complet, contenant les huit analyses les plus couramment requises

● Haute fiabilité de l'analyse avec une interprétation détaillée et facilement compréhensible des résultats

● Chiffres bien conçus et prêts à publier

● Une équipe bioinformatique hautement qualifiée répond à diverses demandes d'analyse personnalisée

● Délai d'exécution plus court avec une plus grande précision d'analyse

● Une expérience abondante avec plus de 90 cas réussis avec un facteur d'impact cumulé publié de plus de 900

Spécifications des services

Délai d'exécution estimé

Nombre d'espèces

Analyses

30 jours ouvrables

6 - 12

Regroupement de familles de gènes

Expansion et contraction de la famille de gènes

Construction d'arbres phylogénétiques

Estimation du temps de divergence (étalonnage fossile requis)

Temps d'insertion LTR (Pour les plantes)

Duplication du génome entier (pour les plantes)

Pression sélective

Analyse de synthèse

Analyses bioinformatiques

● Famille de gènes

● Phylogénétique

● Temps de divergence

● Pression sélective

● Analyse de synthèse

流程图Génomique comparative

Exigences et livraison des échantillons

Exigences de l'échantillon :

Tissus ou ADN pour le séquençage et l'assemblage du génome

Pour les tissus

Espèces

Tissu

Enquête

PacBio CCS

Animal

Tissu viscéral

0,5 ~ 1g

≥ 3,5g

Tissu musculaire

≥ 5,0g

≥ 5,0 ml

Sang de mammifère

≥ 0,5 ml

Sang de volaille/poisson

Usine

Feuille fraîche

1 ~ 2g

≥ 5,0g

 

Pétale/Tige

1 ~ 2g

≥ 10,0g

 

Racine/graine

1 ~ 2g

≥ 20,0g

Cellules

Cellule cultivée

-

≥ 1 x 108

Données

Fichiers de séquences génomiques (.fasta) et fichiers d'annotation (.gff3) d'espèces étroitement apparentées

Flux de travail des services

Échantillon de CQ

Conception d'expériences

livraison d'échantillon

Livraison d'échantillon

Préparation de la bibliothèque

Construction d'une bibliothèque

Séquençage

Séquençage

L'analyse des données

L'analyse des données

Services après-vente

Services après-vente


  • Précédent:
  • Suivant:

  • *Les résultats de démonstration présentés ici proviennent tous de génomes publiés avec Biomarker Technologies

    1.Estimation du temps d'insertion des LTR : la figure montre une distribution bimodale unique des temps d'insertion des LTR-RT dans le génome du seigle Weining, par rapport à d'autres espèces.Le pic le plus récent est apparu il y a environ 0,5 million d’années.

    Estimation-du-temps-d'insertion-3LTR-dans-le-seigle-Weining

    Li Guang et coll.,Génétique naturelle, 2021

     

     

    2.Phylogénie et analyse de la famille génétique de la chayote (Sechium edule) : En analysant la chayote et les 13 autres espèces apparentées de la famille des gènes, la chayote s'est révélée être la plus étroitement apparentée à la courge serpent (Trichosanthes anguina).La chayote dérivée de la courge serpent vers 27-45 Mya et la duplication du génome entier (WGD) ont été observées chez la chayotte dans 25 ± 4 Mya, ce qui est le troisième événement WGD chez les cucuibitaceae.

    4Arbre-phylogénétique-de-chayote

    Fu A et coll.,Recherche horticole, 2021

     

     

    3. Analyse de synthèse : certains gènes liés aux phytohormones dans le développement des fruits ont été trouvés dans la chayote, la courge serpent et la courge.La corrélation entre la chayote et la courge est légèrement supérieure à celle entre la chayote et la courge serpent.

    4Arbre-phylogénétique-de-chayote

    Fu A et coll.,Recherche horticole, 2021

     

     

    4. Analyse de la famille de gènes : l'enrichissement KEGG sur l'expansion et la contraction de la famille de gènes dans les génomes de G.thurberi et G.davidsonii a montré que les gènes liés à la biosynthèse des stéroïdes et des brassinostéroïdes étaient élargis.

    4Arbre-phylogénétique-de-chayote

    Yang Z et coll.,Biologie BMC, 2021

     

     

    5. Analyse de duplication du génome entier : l'analyse de la distribution 4DTV et Ks a montré un événement de duplication du génome entier.Les pics intraspécifiques ont montré des événements de duplication.Les pics interspécifiques montrent des événements de spéciation.L'analyse a indiqué que, comparée aux trois autres espèces étroitement apparentées, O. europaea a récemment subi une duplication génétique à grande échelle.

    4Arbre-phylogénétique-de-chayote

    Rao G et coll.,Recherche horticole, 2021

    Affaire BMK

    Rose sans piquant : connaissances génomiques liées à l'adaptation à l'humidité

    Publié : Revue scientifique nationale, 2021

    Stratégie de séquençage :

    'Basye'sSans épines" (R.Wichurainan) génome :
    Environ.93 X PacBio + env.90 X Nanopores + 267 X Illumina

    Résultats clés

    1. Le génome de R.wichuraiana de haute qualité a été construit à l'aide de techniques de séquençage à lecture longue, qui donnent un assemblage de 530,07 Mo (la taille estimée du génome était d'environ 525,9 Mo par cytométrie en flux et 525,5 par enquête génomique ; L'hétérozygotie était d'environ 1,03 %).Le score estimé par BUSCO était de 93,9 %.En comparaison avec « Old Blush » (haploOB), la qualité et l'exhaustivité de ce génome ont été confirmées par la précision de base unique et l'indice d'assemblage LTR (LAI = 20,03).Le génome de R.wichuraiana contient 32 674 gènes codant pour des protéines.

    2. Une analyse conjointe multi-omique, comprenant la génomique comparative, la transcriptomique et l'analyse QTL de la population génétique, a révélé la spéciation cruciale entre R. wichuraiana et Rosa chinensis.En outre, la variation de l'expression de gènes apparentés dans QTL était probablement associée à la configuration des piquants de la tige.

    Enrichissement-7KEGG-sur-expansion-et-contraction-de-la-famille-de-gènes

    L'analyse génomique comparative entre Basye;s Thornless et Rosa chinensis, y compris l'analyse de la synténie, les groupes de familles de gènes, l'analyse de l'expansion et de la contraction, a révélé un grand nombre de variations liées à des caractères cruciaux des roses.L’expansion unique de la famille des gènes NAC et FAR1/FRS était très probablement associée à la résistance aux taches noires.

    81Analyses-génomiques-comparatives-entre-BT-et-OB 82Analyses-génomiques-comparatives-entre-BT-et-OB 83Analyses-génomiques-comparatives-entre-BT-et-OB

    Analyse génomique comparative entre les génomes BT et haploOB.

    Référence

    Zhong, M. et coll.« Rose sans piquant : connaissances génomiques liées à l’adaptation à l’humidité »Revue scientifique nationale, 2021 ;, nwab092.

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