Séquençage ADN/ARN -PacBio Sequencer
Caractéristiques
Deux modes de séquençage sur le séquenceur PacBio : Lecture longue continue (CLR) et Lecture consensuelle circulaire (CCS)
| Mode séquençage | Taille de la bibliothèque | Données théoriquesRendement (par cellule) | Base uniquePrécision | Applications |
| CLR | 20 Ko, 30 Ko, etc. | 80 Go à 130 Go | Environ.85% | De novo, Appel SV, etc. |
| CSC | 15-20 Ko | 14 à 40 Go/cellule (Sequel II) 70 à 110 Go/cellule (Revio) Cela dépend des échantillons | Environ.99% | De novo, appels SNP/Indel/SV, Iso-Seq, |
Comparaison des performances et des fonctionnalités de Revio et Sequel II
| Termes | Système Sequel II | Système Revio | Augmenter |
| Densité plus élevée | 8 millions de ZMW | 25 millions de ZMW | 3x |
| Scènes indépendantes | 1 | 4 | 4x |
| Des temps d'exécution plus courts | 30 heures | 24 heures | 1,25x |
| 30X génomes humains HiFi / an | 88 | 1 300 | 15x au total |
Avantages des services
● Plus de 8 ans d'expérience sur la plateforme de séquençage PacBio avec des milliers de projets clôturés avec diverses espèces.
● Entièrement équipé des dernières plateformes de séquençage PacBio, Revio pour garantir un débit de séquençage suffisant.
● Délai d'exécution plus rapide, rendement des données plus élevé et données plus précises.
● Contribution à des centaines de publications à fort impact basées sur PacBio.
Exemples d'exigences
| Échantillon type | Montant | Concentration （Qubit®） | Volume | Pureté | Autres |
| ADN génomique | Dépend des exigences en matière de données | ≥50 ng/μl | ≥15μl | DO260/280 = 1,7-2,2 ; OD260/230 = 1,8-2,5 ; Pic clair à 260 nm,pas de pollution | La concentration doit être mesurée par Qubit et Qubit/Nanopore = 0,8-2,5 |
| ARN total | ≥1,2 μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | DO260/280 = 1,7-2,5 ; OD260/230 = 0,5-2,5 ;pas de pollution | Valeur RIN ≥7,5 5≥28S/18S≥1 |
Flux de travail des services
La préparation des échantillons
Construction d'une bibliothèque
Séquençage
L'analyse des données
Livraison du projet
1. Rendement des données internes
Données générées à partir de 63 cellules CCS (de 26 espèces)
| DONNÉES-PacBio-CCS-15 Ko | Moyenne | Max. | Min. | Médian |
| Rendement - sous-lectures (Go) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426,58 |
| Yiled - CCS(Gb) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25h43 |
| Polymérase N50 | 145 651 | 175 430 | 118 118 | 144 689 |
| Sous-lectures N50 | 17 509 | 23 924 | 12 485 | 17 584 |
| CSC N50 | 14 490 | 19 034 | 9 876 | 14 747 |
| Polymérase de longueur moyenne | 67 995 | 89 379 | 49 664 | 66 433 |
| Longueur moyenne-Sous-lectures | 15 866 | 21 036 | 11 657 | 16 012 |
| Longueur moyenne-CCS | 14 489 | 19 074 | 8 575 | 14 655 |
Données générées à partir de 16 cellules CLR (de 76 espèces)
| DONNEES-PacBio-CLR-30Ko | Moyenne | Max. | Min. | Médian |
| Rendement - sous-lectures (Go) | 142.20 | 291.40 | 50,55 | 142,49 |
| Polymérase N50 | 39 456 | 121 191 | 15 389 | 35 231 |
| Sous-lectures N50 | 28 490 | 41 012 | 14 430 | 29 063 |
| Polymérase de longueur moyenne | 22 063 | 48 886 | 8 747 | 21 555 |
| Longueur moyenne-Sous-lectures | 17 720 | 27 225 | 8 293 | 17 779 |
2.CQ des données – DémoStatistiques sur le rendement des données
| Échantillon | ccs lit le numéro | Total ccs Bases (pdb) | ccs Lit N50 (pb) | ccs Longueur moyenne (pb) | ccs Lecture la plus longue (pb) | sous-lire les bases (pb) | taux de ccs (%) |
| PB_BMKxxx | 3 444 159 | 54 164 122 586 | 15 728 | 15 726 | 36 110 | 863 326 330 465 | 6.27 |
