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Séquençage par immunoprécipitation de la chromatine (ChIP-seq)
ChIP-Seq fournit un profilage à l'échelle du génome des cibles ADN pour la modification des histones, les facteurs de transcription et d'autres protéines associées à l'ADN.Il combine la sélectivité de l'immuno-précipitation de la chromatine (ChIP) pour récupérer des complexes protéine-ADN spécifiques, avec la puissance du séquençage de nouvelle génération (NGS) pour le séquençage à haut débit de l'ADN récupéré.De plus, étant donné que les complexes protéine-ADN sont récupérés à partir de cellules vivantes, les sites de liaison peuvent être comparés dans différents types de cellules et tissus, ou dans différentes conditions.Les applications vont de la régulation de la transcription aux voies de développement en passant par les mécanismes de la maladie et au-delà.
Plate-forme : Illumina NovaSeq 6000
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Séquençage au bisulfite du génome entier
La méthylation de l'ADN en cinquième position dans la cytosine (5-mC) a une influence fondamentale sur l'expression des gènes et l'activité cellulaire.Des schémas de méthylation anormaux ont été associés à plusieurs affections et maladies, telles que le cancer.WGBS est devenu l'étalon-or pour étudier la méthylation à l'échelle du génome à une résolution de base unique.
Plate-forme : Illumina NovaSeq6000
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Dosage de la chromatine accessible à la transposase avec séquençage à haut débit (ATAC-seq)
ATAC-seq est une méthode de séquençage à haut débit pour l'analyse de l'accessibilité de la chromatine à l'échelle du génome, ce qui est important pour le contrôle épigénétique global de l'expression des gènes.Les adaptateurs de séquençage sont insérés dans les régions ouvertes de la chromatine par la transposase Tn5 hyperactive.Après amplification par PCR, une bibliothèque de séquençage est construite.Toutes les régions de chromatine ouverte peuvent être obtenues dans une condition spatio-temporelle spécifique, non seulement limitée aux sites de liaison d'un facteur de transcription, ou à une certaine région modifiée d'histone.
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Séquençage au bisulfite à représentation réduite (RRBS)
La recherche sur la méthylation de l'ADN a toujours été un sujet brûlant dans la recherche sur les maladies et est étroitement liée à l'expression des gènes et aux traits phénotypiques.RRBS est une méthode précise, efficace et économique pour la recherche sur la méthylation de l'ADN.L'enrichissement du promoteur et des régions insulaires CpG par clivage enzymatique (Msp I), combiné au séquençage au bisulfite, permet une détection de la méthylation de l'ADN à haute résolution.
Plate-forme : Illumina NovaSeq 6000
