ØTrès expérimenté : plus de 200 000 échantillons ont été traités dans BMK couvrant divers types d'échantillons, y compris la culture cellulaire, les tissus, les fluides corporels, etc. et plus de 7 000 projets d'ARNm-Seq ont été clôturés couvrant divers domaines de recherche.
ØSystème de contrôle de qualité strict : les points de contrôle de qualité de base à toutes les étapes, y compris la préparation des échantillons, la préparation de la bibliothèque, le séquençage et la bioinformatique, sont étroitement surveillés afin de fournir des résultats de haute qualité.
ØPlusieurs bases de données disponibles pour l'annotation des fonctions et les études d'enrichissement afin de répondre à divers objectifs de recherche.
ØServices après-vente : services après-vente valables 3 mois après l'achèvement du projet, comprenant le suivi des projets, le dépannage, les questions-réponses sur les résultats, etc.
Bibliothèque | Stratégie de séquençage | Données recommandées | Contrôle de qualité |
Poly A enrichi | Illumina PE150 | 6 Go | Q30≥85% |
Nucléotides :
Pureté | Intégrité | Montant |
OD260/280≥1.7-2.5 OD260/230≥0.5-2.5Contamination limitée ou nulle des protéines ou de l'ADN indiquée sur le gel. | Pour les plantes : RIN≥6,5 ; Pour les animaux : RIN≥7 ;28S/18S≥1,0 ;élévation limitée ou inexistante de la ligne de base | conc.≥30 ng/µl ;Volume ≥ 10 μl ;Totale ≥ 1,5 μg |
Tissu : Poids (sec) :≥1g
*Pour les tissus inférieurs à 5 mg, nous vous recommandons d'envoyer un échantillon de tissu congelé (dans de l'azote liquide).
Suspension cellulaire :Nombre de cellules = 3×106- 1×107
*Nous recommandons d'expédier le lysat cellulaire congelé.Dans le cas où le nombre de cellules est inférieur à 5 × 105, une congélation instantanée dans de l'azote liquide est recommandée, ce qui est préférable pour la micro-extraction.
Échantillons de sang:Volume≥1 ml
Micro-organisme:Masse ≥ 1 g
Contenant : tube à centrifuger de 2 ml (le papier d'aluminium n'est pas recommandé)
Marquage de l'échantillon : grouper + répliquer, par exemple A1, A2, A3 ;B1, B2, B3... ...
Expédition:
Bioinformatique
Eucaryote Flux de travail d'analyse de séquençage d'ARNm
Bioinformatique
ØContrôle qualité des données brutes
ØAlignement du génome de référence
ØAnalyse de la structure des transcriptions
ØQuantification des expressions
ØAnalyse d'expression différentielle
ØAnnotation et enrichissement de fonctions
1.Courbe de saturation des données d'ARNm
2.Analyse d'expression différentielle-Volcano plot
3.Annotation KEGG sur les DEG
4.Classement GO sur les DEG