Séquençage d'ARNm pleine longueur - Nanopore
Caractéristiques
● Capture de l'ARNm poly-A suivie de la synthèse d'ADNc et de la préparation de la banque
● Séquençage des transcrits complets
● Analyse bioinformatique basée sur l'alignement à un génome de référence
● L’analyse bioinformatique comprend non seulement l’expression au niveau des gènes et des isoformes, mais aussi l’analyse des lncRNA, des fusions de gènes, de la polyadénylation et de la structure des gènes.
Avantages du service
●Quantification de l'expression au niveau des isoformes: permettant une analyse d'expression détaillée et précise, révélant des changements qui pourraient être masqués lors de l'analyse de l'expression génique complète
●Réduction des besoins en données :Comparé au séquençage de nouvelle génération (NGS), le séquençage Nanopore présente des exigences de données moindres, permettant des niveaux équivalents de saturation de la quantification de l'expression génique avec des données plus petites.
●Une plus grande précision dans la quantification de l'expression: à la fois au niveau du gène et de l'isoforme
●Identification d'informations transcriptomiques supplémentaires: polyadénylation alternative, gènes de fusion et ARNlcn et leurs gènes cibles
●Expertise approfondieNotre équipe apporte une riche expérience à chaque projet, ayant réalisé plus de 850 projets de transcriptome complet Nanopore et traité plus de 8 000 échantillons.
●Assistance après-venteNotre engagement se poursuit après la finalisation du projet grâce à une période de service après-vente de 3 mois. Durant cette période, nous assurons le suivi du projet, l'assistance au dépannage et des séances de questions-réponses afin de répondre à toutes vos interrogations concernant les résultats.
Exigences et modalités de livraison des échantillons
| Bibliothèque | Stratégie de séquençage | Données recommandées | Contrôle de qualité |
| Poly A enrichi | Nanopore PromethION 48 | 6/12 Go | Score de qualité moyen : Q10 |
Exigences relatives aux exemples :
Nucléotides :
| Conc. (ng/μl) | Quantité (µg) | Pureté | Intégrité |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Contamination protéique ou ADN limitée ou absente sur le gel. | Pour les plantes : RIN≥7,0 ; Pour les animaux : RIN≥7,5 ; 5,0≥28S/18S≥1,0 ; élévation de base limitée ou inexistante |
● Plantes :
Racine, tige ou pétale : 450 mg
Feuille ou graine : 300 mg
Fruit : 1,2 g
● Animal :
Cœur ou intestin : 300 mg
Viscères ou cerveau : 240 mg
Muscle : 450 mg
Os, cheveux ou peau : 1 g
● Arthropodes :
Insectes : 6 g
Crustacés : 300 mg
● Sang total: 1 tube
● Cellules: 106 cellules
Livraison d'échantillons recommandée
Récipient : tube à centrifuger de 2 ml (le papier aluminium n’est pas recommandé).
Étiquetage des exemples : Groupe + réplique, par exemple A1, A2, A3 ; B1, B2, B3.
Expédition:
1. Glace carbonique : Les échantillons doivent être emballés dans des sacs et enfouis dans de la glace carbonique.
2. Tubes RNAstable : les échantillons d'ARN peuvent être séchés dans un tube de stabilisation d'ARN (par exemple RNAstable®) et expédiés à température ambiante.
Flux de travail du service
Nucléotides :
Livraison d'échantillons
Construction de bibliothèques
Séquençage
Analyse des données
Services après-vente
Flux de travail du service
Tissu:
Conception expérimentale
Livraison d'échantillons
Extraction d'ARN
Construction de bibliothèques
Séquençage
Analyse des données
Services après-vente
● Traitement des données brutes
● Identification du relevé de notes
● Épissage alternatif
● Quantification de l'expression au niveau des gènes et des isoformes
● Analyse d'expression différentielle
● Annotation et enrichissement fonctionnels (DEGs et DETs)
Analyse de l'épissage alternatif
Analyse de polyadénylation alternative (APA)
prédiction des lncRNA
Annotation de nouveaux gènes
Regroupement des DET
Réseaux protéine-protéine dans les gènes différentiellement exprimés
Explorez les avancées permises par les services de séquençage d'ARNm pleine longueur Nanopore de BMKGene à travers une collection de publications sélectionnées.
Gong, B. et al. (2023) 'Activation épigénétique et transcriptionnelle de la kinase sécrétoire FAM20C en tant qu'oncogène dans le gliome', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), pp. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. et al. (2023) 'Le séquençage complet du transcriptome des lymphocytes répondant à l'IFN-γ révèle une réponse immunitaire orientée Th1 chez la plie (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'Analyse comparative des méthodes de séquençage d'ARN PacBio et ONT pour l'identification du venin de Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'L'analyse Nano-seq révèle une tendance fonctionnelle différente entre les exosomes et les microvésicules dérivés de hUMSC', Stem Cell Research and Therapy, 14(1), pp. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
