Analyse d'association à l'échelle du génome
1.Avantages du service
● Cas de projets abondants : depuis sa création en 2009, BMKGENE a réalisé des centaines de projets sur les espèces dans la recherche sur les populations GWAS, a aidé les chercheurs à publier plus de 100 articles et le facteur d'impact cumulé a atteint 500.
● Analystes professionnels.
● Cycle d'analyse court.
● Exploration de données précise.
2. Spécifications des services
| Taper | Échelle de la population | Stratégie de séquençage et profondeur |
| SLAF-GWAS | Numéro d'échantillon ≥200 | Taille du génome < 400 M, avec réf-génome, WGS est recommandé |
| Taille du génome ≤ 1G, 100 000 tags et 10X | ||
| 1G ≤ Taille du génome ≤ 2G, 200 000 tags et 10X | ||
| Taille du génome > 2G, 300 000 tags et 10X | ||
| WGS-GWAS | Numéro d'échantillon ≥200 | 10X pour chaque échantillon |
3. Sélection des matériaux
Différentes variétés, sous-espèces, races locales/banques de gènes/familles mixtes/ressources sauvages
Différentes variétés, sous-espèces, races locales
Famille demi-frère/famille pleine-frère/ressources sauvages
4. Analyse des bioinformations
● Analyse d'association à l'échelle du génome
● Analyse et criblage des SNP significatifs
● Annotation fonctionnelle du gène candidat
5. Flux de travail des services
Conception d'expériences
Livraison d'échantillon
Extraction d'ARN
Construction d'une bibliothèque
Séquençage
L'analyse des données
Services après-vente
un.Phénotype CQ
Histogramme de distribution de fréquence
Statistiques phénotypiques
b.Analyse d'association (Modèle : GEMMA, FaST-LMM, EMMAX)
Terrain QQ
Intrigue de Manhattan
| Année | Journal | IF | Titre |
| 2022 | NC | 17.69 | Base génomique des giga-chromosomes et du giga-génome de la pivoine arborescente Paeonia ostii |
| 2015 | NP | 7.43 | Les empreintes de domestication ancrent des régions génomiques d’importance agronomique dans le soja |
| 2018 | MP | 9h32 | Le reséquençage du génome entier d'une collection mondiale d'accessions de colza révèle les bases génétiques de leur divergence d'écotype |
| 2022 | HR | 7.29 | L'analyse d'association à l'échelle du génome fournit des informations moléculaires sur la variation naturelle de la taille des graines de pastèque |
