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Séquençage du métatranscriptome

Image en vedette du séquençage métatranscriptomé

Tirant parti de la technologie de séquençage Illumina, le service de séquençage métatranscriptome de BMKGene dévoile l'expression dynamique des gènes d'un éventail diversifié de microbes, couvrant les eucaryotes aux procaryotes et aux virus, dans des environnements naturels tels que le sol, l'eau, la mer, les tabourets et les gut. Notre service complet permet aux chercheurs de se plonger dans les profils d'expression génique complets complexes. Au-delà de l'analyse taxonomique, notre service de séquençage du métatranscriptome facilite l'exploration en enrichissement fonctionnel, mettant en lumière des gènes exprimés différentiellement et leurs rôles. Découvrez une richesse d'idées biologiques lorsque vous naviguez dans les paysages complexes de l'expression des gènes, de la diversité taxonomique et de la dynamique fonctionnelle au sein de ces diverses niches environnementales.

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Détails du service

Bioinformatique

Résultats de la démonstration

Publications en vedette

Fonctionnalités de service

● Déplétion d'ARNr suivie d'une préparation directionnelle de la bibliothèque d'ARNm.

● Séquençage sur Illumina Novaseq.

Avantages de service

●Étudiez les changements des communautés microbiennes complexes:Cela se produit au niveau transcriptionnel et explore les nouveaux gènes potentiels.

●Expliquer les interactions communautaires microbiennes avec l'hôte ou l'environnement.

●Analyse bioinformatique complète: Cela fournit des informations sur les compositions taxonomiques et fonctionnelles communautaires, ainsi que l'analyse différentielle de l'expression des gènes.

●Annotation des gènes étendus:Utiliser des bases de données de fonctions de gènes à jour pour les informations d'expression génique informative des communautés microbiennes.

●Support post-vente:Notre engagement s'étend au-delà de l'achèvement du projet avec une période de service après-vente de 3 mois. Pendant ce temps, nous offrons un suivi du projet, une assistance de dépannage et des séances de questions-réponses pour répondre à toutes les requêtes liées aux résultats.

Spécifications de service

Plate-forme de séquençage	Stratégie de séquençage	Données recommandées	Contrôle de la qualité des données
Illumina Novaseq	PE150	12 Go	Q30 ≥ 85%

Exigences d'échantillonnage

Concentration (ng / µl)	Quantité totale (µg)	Volume (µl)	OD260 / 280	OD260 / 230	Rin
≥50	≥1,0	≥20	1.8-2.0	1.0-2.5	≥6,5

Flux de travail de service

Livraison d'échantillons

Construction de la bibliothèque

Séquençage

Analyse des données

Services après-vente

Précédent: Assemblage de génome fongique de novo

Suivant: Séquençage de l'ARN procaryote

Comprend l'analyse suivante:

● Contrôle de la qualité des données de séquençage

● Assemblage de transcription

● Annotation taxonomique et abondance

● Annotation fonctionnelle et abondance

● Quantification d'expression et analyse différentielle

Distribution taxonomique de chaque échantillon:

Analyse de la diversité bêta: UPGMA

Annotation fonctionnelle - Abondance

Abondance de taxonomie différentielle - Lefse

Explorez les progrès facilités par les services de séquençage des méta-transcriptomiques de BMKGene à travers une collection organisée de publications.

Lu, Z. et al. (2023) «La tolérance à l'acide des bactéries utilisant le lactate de l'ordre bacteroidales contribue à la prévention de l'acidose ruminale chez les chèvres adaptées à un régime à haut contrat»,Nutrition animale, 14, pp. 130–140. doi: 10.1016 / j.aninu.2023.05.006.

Song, Z. et al. (2017) «Microbiote fonctionnel du noyau démêlant dans la fermentation traditionnelle à l'état solide par des amplicons à haut débit et séquençage métatranscriptomique»,Frontières en microbiologie, 8 (juil). doi: 10.3389 / fmicb.2017.01294 / complet.

Wang, W. et al. (2022) «Nouveaux mycovirus découverts à partir d'une enquête métatranscriptive du champignon phytopathogène Alternaria»,Virus, 14 (11), p. 2552. Doi: 10.3390 / v14112552 / s1.

Wei, J. et al. (2022) «L'analyse parallèle des métatranscriptomes révèle la dégradation des métabolites secondaires des plantes par les coléoptères et leurs symbiotes intestinaux»,Moléculaire Écologie, 31 (15), pp. 3999–4016. doi: 10.1111 / mec.16557.