ARNm-seq (NGS) – De novo

Le séquençage d'ARNm permet de profiler tous les transcrits d'ARNm dans les cellules dans des conditions spécifiques. C'est une technologie largement utilisée dans divers domaines de recherche. Le pipeline BMKCloud De novo mRNA-seq est conçu pour analyser les bibliothèques de séquençage enrichies en poly-A lorsqu'aucun génome de référence n'est disponible. Le pipeline commence par un contrôle qualité, suivi d'unde novoAssemblage de transcriptions et sélection d'ensembles unigènes. L'analyse de la structure unigène prédit la séquence codante (CDS) et les répétitions simples de séquences (SSR). L'analyse d'expression différentielle identifie ensuite les gènes différentiellement exprimés (DEG) parmi les conditions testées, puis procède à l'annotation fonctionnelle et à l'enrichissement des DEG pour extraire des informations biologiques.