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Des produits

Séquençage métagénomique-Nanopore

La métagénomique est un outil moléculaire utilisé pour analyser les matériaux génomiques mixtes extraits d'échantillons environnementaux, qui fournit des informations détaillées sur la diversité et l'abondance des espèces, la structure de la population, les relations phylogénétiques, les gènes fonctionnels et le réseau de corrélation avec les facteurs environnementaux, etc. Les plateformes de séquençage de nanopores ont récemment introduit aux études métagénomiques.Ses performances exceptionnelles en termes de longueur de lecture ont largement amélioré l’analyse métagénomique en aval, en particulier l’assemblage du métagénome.Tirant parti de la longueur de lecture, l'étude métagénomique basée sur les nanopores permet d'obtenir un assemblage plus continu par rapport à la métagénomique par tir.Il a été publié que la métagénomique basée sur les nanopores a généré avec succès des génomes bactériens complets et fermés à partir de microbiomes (Moss, EL, et. al,Biotechnologie naturelle, 2020)

Plate-forme:Nanopore ProméthION P48


Détails des services

Résultats de la démonstration

Affaire BMK

Avantages des services

● Assemblage de haute qualité améliorant la précision de l'identification des espèces et de la prédiction des gènes fonctionnels

● Isolement fermé du génome bactérien

● Application plus puissante et plus fiable dans divers domaines, par exemple la détection de micro-organismes pathogènes ou de gènes liés à la résistance aux antibiotiques

● Analyse comparative du métagénome

Spécifications des services

 Plate-forme

Séquençage

Données recommandées

Délai d'exécution

Nanopore

ONTARIO

6G/10G

65 jours ouvrables

Analyses bioinformatiques

● Contrôle qualité des données brutes

● Assemblage du métagénome

● Ensemble de gènes non redondants et annotation

● Analyse de la diversité des espèces

● Analyse de la diversité des fonctions génétiques

● Analyse inter-groupes

● Analyse d'association avec des facteurs expérimentaux

nanopore

Exigences et livraison des échantillons

Exigences en matière d'échantillons et livraison

Exigences de l'échantillon :   

PourExtraits d'ADN:

Échantillon type

Montant

Concentration

Pureté

Extraits d'ADN

1-1,5 μg

> 20 ng/μl

DO260/280 = 1,6-2,5

Pour les échantillons environnementaux :

Échantillon type

Procédure d'échantillonnage recommandée

Sol

Quantité d'échantillonnage : env.5g;La substance flétrie restante doit être retirée de la surface ;Broyer les gros morceaux et passer au filtre de 2 mm ;Échantillons aliquotes dans un tube EP ou un cyrotube stérile pour réservation.

Excréments

Quantité d'échantillonnage : env.5g;Recueillir et aliquoter les échantillons dans un tube EP stérile ou un cryotube pour réservation.

Contenu intestinal

Les échantillons doivent être traités dans des conditions aseptiques.Laver les tissus collectés avec du PBS ;Centrifuger le PBS et recueillir le précipitant dans des tubes EP.

Boue

Quantité d'échantillonnage : env.5g;Recueillir et aliquoter l'échantillon de boue dans un tube EP stérile ou un cryotube pour réservation

Plan d'eau

Pour les échantillons contenant une quantité limitée de microbes, tels que l'eau du robinet, l'eau de puits, etc., collecter au moins 1 L d'eau et passer à travers un filtre de 0,22 μm pour enrichir les microbes sur la membrane.Conservez la membrane dans un tube stérile.

Peau

Grattez soigneusement la surface de la peau avec un coton-tige stérile ou une lame chirurgicale et placez-la dans un tube stérile.

Livraison d’échantillon recommandée

Congelez les échantillons dans de l'azote liquide pendant 3 à 4 heures et conservez-les dans de l'azote liquide ou à -80 degrés pour une réservation à long terme.L’envoi d’un échantillon avec de la glace carbonique est requis.

Flux de travail des services

livraison d'échantillon

Livraison d'échantillon

Préparation de la bibliothèque

Construction d'une bibliothèque

Séquençage

Séquençage

L'analyse des données

L'analyse des données

Services après-vente

Services après-vente


  • Précédent:
  • Suivant:

  • 1.Heatmap : regroupement de la richesse des espèces32. Gènes fonctionnels annotés aux voies métaboliques KEGG43.Réseau de corrélation d’espèces54.Circos des gènes de résistance aux antibiotiques CARD
    6

    Affaire BMK

    La métagénomique des nanopores permet un diagnostic clinique rapide des infections bactériennes des voies respiratoires inférieures

    Publié :Biotechnologie naturelle, 2019

    Points forts techniques
    Séquençage : Nanopore MinION
    Bioinformatique métagénomique clinique : déplétion de l'ADN de l'hôte, analyse WIMP et ARMA
    Détection rapide : 6 heures
    Haute sensibilité : 96,6 %

    Résultats clés

    En 2006, les infections des voies respiratoires inférieures (LR) ont causé la mort de 3 millions de personnes dans le monde.La méthode typique de détection des agents pathogènes LR1 est la culture, qui présente une faible sensibilité, un long délai d'exécution et un manque de conseils en matière d'antibiothérapie précoce.Un diagnostic microbien rapide et précis constitue depuis longtemps un besoin urgent.Le Dr Justin de l’Université d’East Anglia et ses partenaires ont développé avec succès une méthode métagénomique basée sur les nanopores pour la détection des agents pathogènes.Selon leur flux de travail, 99,99 % de l’ADN de l’hôte peut être épuisé.La détection des agents pathogènes et des gènes résistants aux antibiotiques peut être terminée en 6 heures.

    Référence
    Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. et O'Grady, J. .(2019).La métagénomique des nanopores permet un diagnostic clinique rapide des infections bactériennes des voies respiratoires inférieures.Biotechnologie naturelle, 37(7), 1.

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