ÉVOLUTION DU GÉNOME
Génome De novo
Assemblage | Détermination du sexe L'ensemble des travaux de séquençage et des services bioinformatiques partiels ont été fournis par Biomarker Techonologies.
Abstrait
"Le phénotype emblématique des dragons de mer comprend des appendices en forme de feuilles, une bouche tubulaire édentée et une grossesse masculine impliquant l'incubation d'œufs fécondés sur une « plaque à couvain » ouverte.Nous avons séquencé de novo les génomes mâles et femelles du dragon de mer commun (Phyllopteryx taeniolatus) et de ses espèces étroitement apparentées, le syngnathe alligator (Syngnathoides biaculeatus).Les profils de transcription d'une nouveauté évolutive, les appendices en forme de feuille, montrent qu'un ensemble de gènes généralement impliqués dans le développement des nageoires ont été récupérés ainsi qu'un enrichissement des transcriptions pour des gènes potentiels de réparation des tissus et de défense immunitaire.Les mutants du poisson zèbre pour scpp5, qui sont perdus chez tous les syngnathidés, se sont avérés dépourvus ou présentant des dents pharyngées déformées, confortant l'hypothèse selon laquelle la perte de scpp5 a contribué à la perte de dents chez les syngnathidés.Un locus putatif déterminant le sexe codant pour un gène amhr2y spécifique au mâle, partagé par le dragon de mer commun et le syngnathe alligator, a été identifié. »
Matériels et méthodes:
Matériaux
Fnotre dragon de mer commun (P. taeniolatus) et deux syngnathes alligators (S. biaculeatus) spécimens.Deux individus de dragon de mer commun (un mâle et une femelle) et deux individus de syngnathe alligator (un mâle et une femelle) ont été utilisés pour le séquençage du génome entier, et deux autres individus de dragon de mer commun mâles ont été utilisés pour le reséquençage du génome.
Stratégie de séquençage du génome
2Bibliothèque 70/350 pb (Hiseq 2500) + Pacbio 20 Kb (Sequel) ou Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000).séquençage, et deux autres individus mâles de seadragon commun ont été utilisés pour le reséquençage du génome.
Séquençage du transcriptome
Fou le dragon de mer commun, le cerveau, les yeux, les branchies, le foie, le cœur, les reins, le mésentère, l'intestin, les muscles, les nageoires, la peau, les appendices en forme de feuille, les testicules et les ovaires ont été collectés.
Stratégie d'assemblage du génome de novo
Canu (Correction) + WTDBG2 (Assemblage) + Pilon (Polonais) + Lachesis (Hi-C).
Principaux résultats
Fig. 1. Principales caractéristiques du dragon de mer commun (P. taeniolatus) et du syngnathe alligator (S. biaculeatus) et leurs positions phylogénétiques.
Fig. 2. Morphologie et constitution génétique des appendices en forme de feuille du dragon de mer commun (P. taeniolatus).
Fig. 3. Gène putatif de détermination du sexe chez le dragon de mer commun (P. taeniolatus) et le syngnathe alligator (S. biaculeatus).
Fig. 4. Phénotypes des dents pharyngées chez les mutants homozygotes scpp5 du poisson zèbre.
Heure de publication : 08 janvier 2022