Séquençage d'ARNm sans référence-Illumina
Caractéristiques
● Indépendant de tout génome de référence,
● Les données pourraient être utilisées pour analyser la structure et l'expression des transcriptions
● Identifier les sites de détourage variables
Avantages des services
● Livraison des résultats basée sur BMKCloud : les résultats sont fournis sous forme de fichier de données et de rapport interactif via la plateforme BMKCloud, qui permet une lecture conviviale des résultats d'analyse complexes et une exploration de données personnalisée sur la base d'une analyse bioinformatique standard.
● Services après-vente : Services après-vente valables 3 mois après la fin du projet, comprenant le suivi des projets, le dépannage, les questions-réponses sur les résultats, etc.
Exigences et livraison des échantillons
Exigences de l'échantillon :
Nucléotides :
| Conc. (ng/μl) | Quantité (μg) | Pureté | Intégrité |
| ≥20 | ≥ 0,5 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Contamination limitée ou inexistante en protéines ou en ADN indiquée sur le gel. | Pour les plantes : RIN≥6,5 ; Pour les animaux : RIN≥7,0 ; 5,0≥28S/18S≥1,0 ; élévation de la ligne de base limitée ou inexistante |
Tissu : Poids (sec) : ≥1 g
*Pour les tissus inférieurs à 5 mg, nous recommandons d’envoyer un échantillon de tissu surgelé (dans l’azote liquide).
Suspension cellulaire : nombre de cellules = 3×107
*Nous recommandons d’expédier du lysat cellulaire congelé.Dans le cas où cette cellule compte moins de 5×105, une surgélation dans l'azote liquide est recommandée.
Échantillons de sang:
PA×gèneBloodRNATube ;
6 ml de LTRIzol et 2 ml de sang (TRIzol : sang = 3 : 1)
Livraison d’échantillon recommandée
Récipient:
Tube à centrifuger de 2 ml (le papier d’aluminium n’est pas recommandé)
Étiquetage des échantillons : Groupe + répétition, par exemple A1, A2, A3 ;B1, B2, B3... ...
Expédition:
1. Glace sèche : Les échantillons doivent être emballés dans des sacs et enterrés dans de la glace carbonique.
2.Tubes RNAstable : les échantillons d'ARN peuvent être séchés dans un tube de stabilisation d'ARN (par exemple RNAstable®) et expédiés à température ambiante.
Flux de travail des services
Conception d'expériences
Livraison d'échantillon
Extraction d'ARN
Construction d'une bibliothèque
Séquençage
L'analyse des données
Services après-vente
Bioinformatique
1.mRNA(denovo) Principe d’assemblage
Par Trinity, les lectures sont fragmentées en morceaux plus petits, appelés K-mer.Ces K-mers sont ensuite utilisés comme graines à étendre en contigs, puis en composants basés sur les chevauchements de contigs.Enfin, De Bruijn a été appliqué ici pour reconnaître les transcriptions dans les composants.
ARNm (De novo) Présentation de Trinity
2.Distribution de l'ARNm (De novo) du niveau d'expression génique
RNA-Seq est capable de réaliser une estimation très sensible de l’expression des gènes.Normalement, la plage détectable de l'expression des transcriptions FPKM va de 10 ^ -2 à 10 ^ 6.
ARNm (De novo) Distribution de la densité FPKM dans chaque échantillon
3.Analyse d'enrichissement GO d'ARNm (De novo) des DEG
La base de données GO (Gene Ontology) est un système d'annotation biologique structuré contenant un vocabulaire standard des fonctions des gènes et des produits géniques.Il contient plusieurs niveaux, plus le niveau est bas, plus les fonctions sont spécifiques.
Classification GO d'ARNm (De novo) des DEG au deuxième niveau
Affaire BMK
Analyse du transcriptome du métabolisme du saccharose pendant le gonflement et le développement du bulbe chez l'oignon (Allium cepa L.)
Publié : frontières de la science végétale,2016
Stratégie de séquençage
Illumina HiSeq2500
Collecte d'échantillons
Le cultivar Utah Yellow Sweet Spain « Y1351 » a été utilisé dans cette étude.Le nombre d'échantillons collectés était
15e jour après gonflement (DAS) du bulbe (2 cm de diamètre et 3 à 4 g de poids), 30e DAS (5 cm de diamètre et 100 à 110 g de poids) et ∼3 au 40e DAS (7 cm de diamètre et 260 à 300 grammes).
Résultats clés
1. dans le diagramme de Venn, un total de 146 DEG ont été détectés dans les trois paires de stades de développement
2. Le « transport et métabolisme des glucides » n'était représenté que par 585 unigenes (soit 7 % du COG annoté).
3. Les Unigenes annotés avec succès dans la base de données GO ont été classés en trois catégories principales pour les trois étapes différentes du développement des bulbes.Les plus représentés dans la catégorie principale « processus biologique » étaient les « processus métaboliques », suivis par les « processus cellulaires ».Dans la catégorie principale « fonction moléculaire », les deux catégories les plus représentées étaient « liaison » et « activité catalytique ».
 Histogramme des grappes de classification des groupes orthologues (COG) |  Histogramme de la classification de l'ontologie des gènes (GO) pour les unigenes dérivés de bulbes à trois stades de développement |
 Diagramme de Venn montrant les gènes exprimés différemment à deux stades quelconques du développement du bulbe d'oignon |
Référence
Zhang C, Zhang H, Zhan Z et al.Analyse du transcriptome du métabolisme du saccharose pendant le gonflement et le développement du bulbe chez l'oignon (Allium cepa L.) [J].Frontières de la science végétale, 2016, 7:1425-.DOI : 10.3389/fpls.2016.01425
