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Séquençage d'ARN procaryote

Le séquençage des ARN procaryotes utilise le séquençage de nouvelle génération (NGS) pour révéler la présence et la quantité d'ARN à un instant donné, en analysant l'évolution du transcriptome cellulaire.Le séquençage de l'ARN procaryote de notre société vise spécifiquement les procaryotes avec des génomes de référence, vous fournissant un profilage du transcriptome, une analyse de la structure des gènes, etc. Il a été largement appliqué à la recherche scientifique fondamentale, à la recherche et au développement de médicaments, et plus encore.

Plateforme : Plateforme Illumina NovaSeq

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Détails des services

Spécifications des services

Plateforme : plateforme Illumina NovaSeq, PE150

Type de bibliothèque : bibliothèque d'ADNc d'insertion de 350 pb (en fonction de la distribution maximale)

Stratégie de séquençage : Paired-End 150 pb

Quantité de données recommandée : 2 Go de données brutes/échantillon

Bioinformatique

(1) Contrôle de la qualité des données de séquençage : distribution des nucléotides, distribution de la qualité des bases, évaluation du rapport ARNr ;

(2) Analyse d'alignement de séquence : statistiques de résultats d'alignement, saturation du séquençage, couverture du séquençage ;

(3) Annotation du génome de référence (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG) ;

(4) Analyse d'expression : distribution d'expression (avec deux échantillons ou plus), analyse d'expression entre échantillons (analyse de Venn, analyse de corrélation, analyse PCA) ;

(5) Analyse d'expression différentielle (avec deux échantillons ou plus) ;

(6) Analyse d'ensemble de gènes : analyse de Venn, analyse de cluster, analyse d'annotation de fonction (COG, GO, KEGG), analyse d'enrichissement de fonction (GO, KEGG), graphique d'accords d'enrichissement de fonction, analyse Ipath ;

(7) analyse d'ARNs : prédiction d'ARNs, annotation d'ARNs (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), prédiction de la structure secondaire de l'ARNs, prédiction du gène cible de l'ARNs ;

(8) Analyse de la structure de la transcription : analyse des opérons, prédiction des sites de début et de fin de la transcription, annotation et analyse UTR, prédiction de la séquence du promoteur, analyse SNP/InDel (annotation SNP/InDel, distribution régionale SNP/InDel, statistiques SNP).