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Séquençage d’ARN mononucléaire

Les avancées dans la technique de capture de cellules uniques et de construction de bibliothèques individuelles, combinées au séquençage à haut débit, permettent des études d’expression génique cellule par cellule.Il permet une analyse système plus approfondie et complète sur des populations cellulaires complexes, dans laquelle il évite largement de masquer leur hétérogénéité en prenant la moyenne de toutes les cellules.

Cependant, certaines cellules ne conviennent pas pour être transformées en suspension unicellulaire, c'est pourquoi d'autres méthodes de préparation d'échantillons (extraction du noyau à partir de tissus) sont nécessaires, c'est-à-dire que le noyau est directement extrait des tissus ou des cellules et préparé en suspension à noyau unique pour un usage unique. séquençage cellulaire.

BMK propose un service de séquençage d’ARN unicellulaire basé sur 10 × Genomics ChromiumTM.Ce service a été largement utilisé dans des études liées à des maladies, telles que la différenciation des cellules immunitaires, l'hétérogénéité des tumeurs, le développement des tissus, etc.

Puce de transcriptome spatial : 10× Génomique

Plateforme : Plateforme Illumina NovaSeq

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Détails des services

Bioinformatique

Résultats de la démonstration

Principe technique

L'isolement des noyaux est réalisé par 10× Genomics ChromiumTM, qui consiste en un système microfluidique à huit canaux avec doubles croisements.Dans ce système, des billes de gel avec des codes-barres et une amorce, des enzymes et un noyau unique sont encapsulés dans une goutte d'huile de la taille d'un nanolitre, générant une perle de gel en émulsion (GEM).Une fois les GEM formés, la lyse cellulaire et la libération des codes-barres sont effectuées dans chaque GEM.L'ARNm est transcrit de manière inverse en molécules d'ADNc avec des codes-barres 10 × et un UMI, qui sont en outre soumis à la construction d'une bibliothèque de séquençage standard.

Tissu non adapté à la préparation de suspensions unicellulaires

Cellule/Tissu	Raison
Tissu congelé non frais	Impossible d'obtenir des organisations récentes ou enregistrées depuis longtemps
Cellule musculaire, Mégacaryocyte, Graisse…	Le diamètre des cellules est trop grand pour pénétrer dans l'instrument
Foie…	Trop fragile pour être brisé, incapable de distinguer des cellules individuelles
Cellule neuronale, cerveau…	Plus sensible, facile à stresser, modifiera les résultats du séquençage
Pancréas, Thyroïde…	Riche en enzymes endogènes, affectant la production de suspension unicellulaire

Noyau unique vs cellule unique

Mononoyau	Unicellulaire
Diamètre de cellule illimité	Diamètre cellulaire : 10-40 μm
Le matériau peut être du tissu congelé	Le matériau doit être du tissu frais
Faible stress des cellules congelées	Le traitement enzymatique peut provoquer une réaction de stress cellulaire
Aucun globule rouge ne doit être retiré	Les globules rouges doivent être éliminés
Le nucléaire exprime la bioinformation	La cellule entière exprime la bioinformation