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Des produits

Séquençage du transcriptome entier – Illumina

Le séquençage complet du transcriptome offre une approche complète pour profiler diverses molécules d’ARN, englobant à la fois les ARN codants (ARNm) et non codants (ARNlnc, circARN et miARN).Cette technique capture le transcriptome complet de cellules spécifiques à un moment donné, permettant ainsi une compréhension holistique des processus cellulaires.Également connu sous le nom de « séquençage total de l’ARN », il vise à dévoiler des réseaux de régulation complexes au niveau du transcriptome, permettant des analyses approfondies telles que l’ARN endogène concurrent (ARNce) et l’analyse conjointe de l’ARN.Cela marque la première étape vers la caractérisation fonctionnelle, en particulier pour démêler les réseaux de régulation impliquant les interactions ceARN basées sur les circARN-miARN-ARNm.


Détails des services

Bioinformatique

Résultats de la démonstration

Publications en vedette

Caractéristiques

● Double bibliothèque pour séquencer le transcriptome complet : déplétion de l'ARNr suivie de la préparation de la bibliothèque PE150 et sélection de la taille suivie de la préparation de la bibliothèque SE50

● Analyse bioinformatique complète de l'ARNm, de l'ARNnc, de l'ARNcirc et du miARN dans des rapports bioinformatiques distincts

● Analyse conjointe de toutes les expressions d'ARN dans un rapport combiné, y compris l'analyse des réseaux ceRNA.

Avantages des services

Analyse approfondie des réseaux de régulation: L'analyse du réseau ceRNA est rendue possible par le séquençage conjoint de l'ARNm, de l'ARNnc, du circARN et du miARN et par un flux de travail bioinformatique exhaustif.

Annotation complète: nous utilisons plusieurs bases de données pour annoter fonctionnellement les gènes exprimés différentiellement (DEG) et effectuer l'analyse d'enrichissement correspondante, fournissant ainsi un aperçu des processus cellulaires et moléculaires sous-jacents à la réponse du transcriptome.

Une expertise étendue: avec une expérience dans la clôture réussie de plus de 2000 projets complets de transcriptome dans divers domaines de recherche, notre équipe apporte une richesse d'expérience à chaque projet.

Contrôle qualité rigoureux: nous mettons en œuvre des points de contrôle de base à toutes les étapes, de la préparation des échantillons et des bibliothèques au séquençage et à la bioinformatique.Ce suivi méticuleux garantit la fourniture de résultats constants de haute qualité.

● Annotation complète: nous utilisons plusieurs bases de données pour annoter fonctionnellement les gènes exprimés différentiellement (DEG) et effectuer l'analyse d'enrichissement correspondante, fournissant ainsi un aperçu des processus cellulaires et moléculaires sous-jacents à la réponse du transcriptome.

Assistance après-vente: Notre engagement s'étend au-delà de la réalisation du projet avec une période de service après-vente de 3 mois.Pendant cette période, nous proposons un suivi de projet, une assistance au dépannage et des séances de questions-réponses pour répondre à toute question liée aux résultats.

Exigences et livraison des échantillons

Bibliothèque

Stratégie de séquençage

Données recommandées

Contrôle de qualité

ARNr épuisé

Illumina PE150

16 GB

Q30≥85 %

Taille sélectionnée

Illumina SE50

10 à 20 millions de lectures

 

Exigences de l'échantillon :

Nucléotides :

Conc. (ng/μl)

Quantité (μg)

Pureté

Intégrité

≥ 100

≥ 1

DO260/280=1,7-2,5

DO260/230=0,5-2,5

Contamination limitée ou inexistante en protéines ou en ADN indiquée sur le gel.

Plantes : RIN≥6,5

Animal : RIN≥7,0

5,0≥28S/18S≥1,0 ;

élévation de la ligne de base limitée ou inexistante

Livraison d’échantillon recommandée

Récipient:
Tube à centrifuger de 2 ml (le papier d’aluminium n’est pas recommandé)
Étiquetage des échantillons : Groupe + répétition, par exemple A1, A2, A3 ;B1, B2, B3... ...

Expédition:
1. Glace sèche : Les échantillons doivent être emballés dans des sacs et enterrés dans de la glace carbonique.
2.Tubes RNAstable : les échantillons d'ARN peuvent être séchés dans un tube de stabilisation d'ARN (par exemple RNAstable®) et expédiés à température ambiante.

Flux de travail des services

Échantillon de CQ

Conception d'expériences

livraison d'échantillon

Livraison d'échantillon

Expérience pilote

Extraction d'ARN

Préparation de la bibliothèque

Construction d'une bibliothèque

Séquençage

Séquençage

L'analyse des données

L'analyse des données

Services après-vente

Services après-vente


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    wps_doc_16

    Aperçu de l'expression de l'ARN

     Article 41

    Gènes exprimés différentiellement

    photo42

     

     

    analyse d'ARNc

     photo43MiARN différentiellement exprimés et ARN associés

    photo44 

     Explorez les progrès de la recherche facilités par les services de séquençage complet du transcriptome de BMKGene à travers une collection organisée de publications.

     

    Dai, Y. et al.(2022) « Profils d'expression complets des ARNm, des ARNnc et des miARN dans la maladie de Kashin-Beck identifiés par séquençage d'ARN », Molecular Omics, 18(2), pp.est ce que je: 10.1039/D1MO00370D.

    Liu, N. Nan et al.(2022) « Analyse des transcriptomes complets de la résistance au froid d'Apis cerana dans la montagne Changbai pendant la période d'hivernage. », Gene, 830, pp.est ce que je: 10.1016/J.GENE.2022.146503.

    Wang, XJ et coll.(2022) « Priorisation basée sur l'intégration multi-omique des réseaux de régulation d'ARN endogènes concurrents dans le cancer du poumon à petites cellules : caractéristiques moléculaires et candidats médicaments », Frontiers in Oncology, 12, p.904865. est ce que je : 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.

    Xu, P. et al.(2022) « L'analyse intégrée des profils d'expression lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA révèle de nouvelles informations sur les mécanismes potentiels en réponse aux nématodes à galles chez l'arachide », BMC Genomics, 23(1), pp.est ce que je: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.

    Yan, Z. et coll.(2022) « Le séquençage de l'ARN du transcriptome entier met en évidence les mécanismes moléculaires associés au maintien de la qualité post-récolte du brocoli par irradiation par LED rouge », Postharvest Biology and Technology, 188, p.111878. est ce que je : 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.

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