16S/18S/ITS Amplikonsekwinsje-NGS
Tsjinstfunksjes
● Sekwinsjeplatfoarm: Illumina NovaSeq.
● Fersterking fan koarte regio's fan 16S, 18S en ITS, ûnder oare fersterkingdoelen.
● Fleksibele karren fan amplikon.
● Eardere projektûnderfining mei meardere fersterkingdoelen.
Tsjinstfoardielen
●Isolaasjefrij:Fluchge identifikaasje fan mikrobiële gearstalling yn miljeumonsters.
●Hege resolúsjeYn leech-oerfloedige komponinten yn miljeu-samples.
●Breed fan tapassingDiverse stúdzjes oer mikrobiële mienskippen.
●Wiidweidige bioinformatyske analyzeIt lêste QIIME2-pakket (kwantitative ynsjoch yn mikrobiële ekology) mei ferskate analyses op it mêd fan database, annotaasje, OTU/ASV.
●Útwreide ekspertizeMei 150 tûzen amplikon-sekwinsjeprojekten dy't jierliks útfierd wurde, bringt BMKGENE mear as in desennium ûnderfining, in heechoplate analyseteam, wiidweidige ynhâld en poerbêste stipe nei ferkeap.
Tsjinstspesifikaasjes
| Biblioteek | Sekwinsjestrategy | Oanrikkemandearre gegevens |
| Amplikon | Illumina PE250 | 50/100/300K tags (Lês pearen) |
Tsjinsteasken
| Konsintraasje (ng/µL) | Totaalbedrach (ng) | Folume (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Grûn/slyk: 1-2g
● Darmynhâld - dier: 0.5-2g
● Darmynhâld - ynsekten: 0.1-0.25g
● Plantoerflak (ferrike sedimint): 0.1-0.5g
● Fermentaasjebouillon ferrike sedimint): 0.1-0.5g
● Feces (grutte bisten): 0,5-2 g
● Feces (mûs): 3-5 kerrels
● Pulmonale alveolêre lavagefloeistof: filterpapier
● Vaginale swab: 5-6 swabs
● Hûd-/genitale swab/speeksel/mûnlinge sêfte weefsels/faryngeale swab/rektale swab: 2-3 swabs
● Oerflak-mikroorganismen: filterpapier
● Wetterlichem/loft/biofilm: filterpapier
● Endofyten: 1-2g
● Tandplak: 0.5-1g
Tsjinstwurkstream
Foarbyldlevering
Biblioteekbou
Sekwinsje
Data-analyze
Tsjinsten nei ferkeap
Omfettet de folgjende analyze:
- Kwaliteitskontrôle fan rau gegevens
- OTU-klustering / De-noise (ASV)
- OTU-annotaasje
- Alfa-ferskaatanalyse: meardere yndeksen, ynklusyf Shannon, Simpson en ACE.
- Beta-ferskaatanalyse
- Yntergroepanalyse
- Korrelaasje-analyze: tusken miljeufaktoaren en OUT-gearstalling en ferskaat
- 16S funksjonele genfoarsizzing
Histogram fan taksonomyske ferdieling
taksonomyske oerfloedklustering waarmtekaart
Alfa-ferskaatanalyse: ferdunningskromme
beta-ferskaatanalyse: NMDS
Yntergroepanalyse: ûntdekking fan LEFSE-biomarkers
Undersykje de foarútgong dy't mooglik makke wurdt troch de amplikonsekwinsjearringstsjinsten fan BMKGene mei Illumina fia in gearstalde kolleksje fan publikaasjes.
Dong, C. et al. (2022) 'Gearstalling, kearnmikrobiota, en funksje fan 'e rhizosfear boaiem- en bastmikrobiota yn Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) 'Syntetyske baktearjele konsortiumtransplantaasje foar de behanneling fan Gardnerella vaginalis-induzearre baktearjele vaginose by mûzen', Microbiome, 11(1), pp. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. en Liu, H. (2022) 'Mikrobiomen fan loftstof sammele tidens it grûnbasearre sletten bioregenerative libbensûnderhâldende eksperimint "Lunar Palace 365"', Environmental Microbiomes, 17(1), pp. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) 'Feedstock-ôfhinklike oerfloed fan funksjonele genen relatearre oan stikstoftransformaasje kontrolearre stikstofferlies yn kompostearjen', Bioresource Technology, 361, p. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
