ØHeech belibbe: Mear dan 200,000-monsters binne ferwurke yn BMK dy't ferskate stekproeftypen befetsje, ynklusyf selkultuer, weefsel, lichemsfloeistof, ensfh.
ØStrikt kwaliteitskontrôlesysteem: Kearnkwaliteitskontrôlepunten troch alle stappen, ynklusyf sample-tarieding, biblioteektarieding, sequencing en bioinformatika binne ûnder nau tafersjoch om resultaten fan hege kwaliteit te leverjen.
ØMeardere databases beskikber foar funksjeannotaasje en ferrikingsstúdzjes om ferskate ûndersyksdoelen te ferfoljen.
ØTsjinsten nei-ferkeap: Tsjinsten nei-ferkeap jildich foar 3 moannen nei projektfoltôging, ynklusyf projektopfolging, probleemoplossing, resultaten Q&A, ensfh.
Biblioteek | Sequencing strategy | Gegevens oanrikkemandearre | Kwaliteitsbeweitsing |
Poly A ferrike | Illumina PE150 | 6 gb | Q30≥85% |
Nukleotiden:
Purity | Yntegriteit | Tal |
OD260/280≥1.7-2.5 OD260/230≥0.5-2.5Beheinde as gjin proteïne- of DNA-fersmoarging werjûn op gel. | Foar planten: RIN≥6.5; Foar bisten: RIN≥7; 28S/18S≥1.0; beheind as gjin basislinehichte | Conc.≥30 ng/μl;Folume ≥ 10 μl;Totaal ≥ 1,5 μg |
Tissue: Gewicht (droech):≥1 g
* Foar weefsel lytser dan 5 mg, riede wy oan om flash beferzen (yn floeibere stikstof) weefselmonster te stjoeren.
Cell suspension:Seltal = 3×106- 1×107
* Wy riede oan om beferzen sel lysate te ferstjoeren.Yn gefal dat sel telt lytser as 5 × 105, flash beferzen yn floeibere stikstof wurdt oanrikkemandearre, dat is de foarkar foar mikro ekstraksje.
Bloedmonsters:Volume ≥1 ml
Mikroorganisme:Massa ≥ 1 g
Container: 2 ml centrifuge tube (Tin folie wurdt net oanrikkemandearre)
Sample labeling: Groep + replikearje bgl. A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Ferstjoering:
Bioinformatika
Eukaryotyk mRNA sequencing analyze workflow
Bioinformatika
ØRaw gegevens kwaliteit kontrôle
ØReferinsje genome alignment
ØTranskripsjestruktueranalyse
ØEkspresje kwantifikaasje
ØDifferinsjaal ekspresje analyze
ØFunksje annotaasje en ferriking
1.mRNA Data Saturation kromme
2.Differinsjaal ekspresje analyze-Fulcano plot
3.KEGG annotaasje op DEGs
4.GO klassifikaasje op DEGs