-
Plant / Animal De novo Genome Sequencing
De novosequencing ferwiist nei de konstruksje fan in soarte' hiele genome mei help fan sequencing technologyen, bgl PacBio, Nanopore, NGS, ensfh, by it ûntbrekken fan in referinsje genoom.De opmerklike ferbettering yn lêslingte fan technologyen foar sekwinsje fan tredde generaasje hat nije kânsen brocht by it gearstallen fan komplekse genomen, lykas dy mei hege heterozygositeit, hege ferhâlding fan repetitive regio's, polyploïden, ensfh. it oplossen fan repetitive eleminten, regio's mei abnormale GC-ynhâld en oare heul komplekse regio's.
Platfoarm: PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48 / Illumina NovaSeq6000
-
Hi-C basearre Genome Assembly
Hi-C is in metoade ûntworpen om chromosoomkonfiguraasje te fangen troch it kombinearjen fan proximity-basearre ynteraksjes en sequencing mei hege trochput.De yntinsiteit fan dizze ynteraksjes wurdt leaud negatyf korrelearre te wêzen mei fysike ôfstân op chromosomen.Dêrom koene Hi-C-gegevens it klusterjen, oarderjen en oriïntearjen fan gearstalde sekwinsjes yn in konseptgenoom liede en dy ferankje op in bepaald oantal chromosomen.Dizze technology makket in genome-assemblage op chromosoomnivo mooglik by it ûntbrekken fan populaasje-basearre genetyske kaart.Elk genoom hat in Hi-C nedich.
Platfoarm: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Evolúsjonêre genetika
Evolúsjonêre genetika is in ynpakt sekwinsjetsjinst ûntworpen foar it jaan fan in wiidweidige ynterpretaasje oer evolúsjonêre ynformaasje fan opjûne materialen basearre op genetyske fariaasjes, ynklusyf SNP's, InDels, SV's en CNV's.It jout alle fûnemintele analyze nedich foar it beskriuwen fan evolúsjonêre feroarings en genetyske skaaimerken fan populaasjes, lykas populaasje struktuer, genetyske ferskaat, fylogeny relaasjes, ensfh It befettet ek stúdzjes oer gene flow, dy't machtigje skatting fan effektive befolking grutte, divergence tiid.
-
Fergelykjende Genomics
Fergelykjende genomika betsjut letterlik it fergelykjen fan de folsleine genoomsekwinsjes en struktueren fan ferskate soarten.Dizze dissipline is fan doel it ûntdekken fan soarten evolúsje, genfunksje, genregulearjend meganisme op genoomnivo troch it identifisearjen fan de sekwinsjestruktueren en eleminten dy't bewarre of differinsjeare oer ferskate soarten.Typyske ferlykjende genomika-stúdzje omfettet analyzes yn genfamylje, evolúsjonêre ûntwikkeling, duplikaasje fan heule genom, selektive druk, ensfh.
-
Bulk Segregant analyze
Bulked segregant analyze (BSA) is in technyk brûkt om fluch identifisearje fenotype assosjearre genetyske markers.Main workflow fan BSA befettet it selektearjen fan twa groepen fan yndividuen mei ekstreem tsjinoerstelde fenotypen, it gearbringen fan it DNA fan alle yndividuen om twa bulk fan DNA te foarmjen, it identifisearjen fan differinsjaal sekwinsjes tusken twa pools.Dizze technyk is wiidweidich brûkt by it identifisearjen fan genetyske markers dy't sterk assosjearre binne troch doelgerichte genen yn genomes fan planten / bisten.
