-
Metagenomic Sequencing (NGS)
Metagenome ferwiist nei in kolleksje fan totaal genetysk materiaal fan in mingde mienskip fan organismen, lykas miljeu-metagenome, minsklik metagenome, ensfh It befettet genomen fan sawol cultivatable en uncultivateable microorganisms.Metagenomyske sequencing is in molekulêr ark dat wurdt brûkt om de mingde genomyske materialen te analysearjen dy't út omjouwingsmonsters wûn binne, dy't detaillearre ynformaasje leveret yn soarten ferskaat en oerfloed, populaasjestruktuer, fylogenetyske relaasje, funksjonele genen en korrelaasjenetwurk mei miljeufaktoaren.
Perron:Illumina NovaSeq6000
-
Metagenomic Sequencing-Nanopore
Metagenomics is in molekulêr ark dat brûkt wurdt om de mingde genomyske materialen te analysearjen dy't út miljeu-samples wûn binne, dy't detaillearre ynformaasje leveret yn soarten ferskaat en oerfloed, populaasjestruktuer, fylogenetyske relaasje, funksjonele genen en korrelaasjenetwurk mei miljeufaktoaren, ensfh. Nanopore sequencing-platfoarms hawwe koartlyn yntrodusearre nei metagenomyske stúdzjes.De treflike prestaasjes yn 'e lêslingte fersterke foar in grut part streamôfwerts metagenomyske analyze, benammen metagenoom-assemblage.Troch foardielen fan lêslingte te nimmen, is Nanopore-basearre metagenomyske stúdzje yn steat om mear trochgeande gearstalling te berikken yn fergeliking mei metagenomika mei shot-gun.It is publisearre dat Nanopore-basearre metagenomics suksesfolle en sletten baktearjele genomen genereare fan mikrobiomen (Moss, EL, et. al.Natuer Biotech, 2020)
Perron:Nanopore PromethION P48
-
16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-PacBio
De subunit op 16S en 18S rRNA dy't sawol tige konservearre as hyper-fariabele regio's befetsje is in perfekte molekulêre fingerprint foar identifikaasje fan prokaryotyske en eukaryote organismen.Troch foardiel te nimmen fan sequencing, kinne dizze amplicons wurde rjochte op basis fan 'e bewarre dielen en de hyper-fariabele regio's kinne folslein karakterisearre wurde foar mikrobiële identifikaasje dy't bydrage oan stúdzjes dy't analyse fan mikrobiële ferskaat, taksonomy, fylogeny, ensfh. Single-molecule real-time (SMRT) ) folchoarder fan PacBio-platfoarm makket it mooglik om heul krekte lange lêzings te krijen, dy't amplicons fan folsleine lingte kinne dekke (sawat 1,5 Kb).De útwreide werjefte fan genetysk fjild sterk fersterke de resolúsje yn soarten annotaasje yn baktearjes of fungi mienskip.
Perron:PacBio Sequel II
-
16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S / 18S / ITS amplicon sequencing hat as doel it iepenbierjen fan fylogeny, taksonomy, en soarten oerfloed yn in mikrobiële mienskip troch it ûndersykjen fan PCR-produkten fan húshâlding genetyske markers dy't befetsje sawol tige besprutsen en hypervariable dielen.De yntroduksje fan dizze perfekte molekulêre fingerprint troch Woeses et al, (1977) makket isolaasjefrije mikrobiomprofilearring mooglik.Sequencing fan 16S (baktearjes), 18S (skimmels) en ynterne transkribearre spacer (ITS, fungi) lit identifikaasje fan sawol oerfloedige soarten as seldsume en net identifisearre soarten.Dizze technology is in wiid tapast en wichtich ark wurden foar it identifisearjen fan differinsjaal mikrobiële komposysje yn ferskate omjouwings, lykas minsklike mûle, darmen, feces, ensfh.
Perron:Illumina NovaSeq6000
-
Re-sekwinsje fan bakteriële en fungal hiele genome
Re-sekwinsje fan baktearjes en skimmels fan it hiele genom is in kritysk helpmiddel om de genomen fan bekende baktearjes en skimmels te foltôgjen, en ek om meardere genomen te fergelykjen of genomes fan nije organismen yn kaart te bringen.It is fan grut belang om folsleine genomen fan baktearjes en skimmels te foltôgjen om krekte referinsjegenoom te generearjen, mikrobiële identifikaasje te dwaan en oare ferlykjende genomestúdzjes.
Platfoarm: Illumina NovaSeq 6000
-
Fungal genome
Biomarker Technologies leverje genoomûndersyk, fyn genoom en pene-kompleet genoom fan skimmel ôfhinklik fan spesifyk ûndersyksdoel.Genome-sekwinsjes, gearstalling en funksjonele annotaasje kinne wurde berikt troch kombinearjen fan folgjende generaasje sequencing + Tredde generaasje sequencing om genoom-assemblage op heech nivo te berikken.Hi-C-technology kin ek brûkt wurde om genoom-assemblage op chromosoomnivo te fasilitearjen.
Perron:PacBio Sequel II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
Baktearjes folslein genoom
Biomarker Technologies leveret sekwinsjetsjinst foar it bouwen fan folslein genoom fan baktearjes mei nul gat.Main workflow fan baktearjes folsleine genome konstruksje omfettet tredde generaasje sequencing, gearstalling, funksjonele annotaasje en avansearre bioinformatic analyse ferfoljen spesifike ûndersyk doelen.In wiidweidigere profilearring fan baktearjegenoom makket it iepenbierjen fan fûnemintele meganismen dy't har biologyske prosessen ûnderlizze, dy't ek in weardefolle referinsje kinne leverje foar genomyske ûndersiken yn hegere eukaryote soarten
Perron:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio Sequel II
