mRNA-seq (NGS) – De novo

mRNA-sekwinsje makket profilearring fan alle mRNA-transkripten yn sellen mooglik ûnder spesifike omstannichheden en is in breed brûkte technology yn ferskate ûndersyksgebieten. De BMKCloud De novo mRNA-seq-pipeline is ûntworpen om poly-A-ferrike sekwinsjebiblioteken te analysearjen as der gjin referinsjegenoom beskikber is. De pipeline begjint mei kwaliteitskontrôle, folge trochnijtranskriptassemblaazje en seleksje fan unikene sets. De unikenestruktueranalyse foarseit kodearjende sekwinsje (CDS) en ienfâldige sekwinsjeherhellingen (SSR). Dêrnei fynt de differinsjele ekspresjeanalyse ferskillend útdrukte genen (DEG's) ûnder de testomstannichheden, folge troch funksjonele annotaasje en ferriking fan DEG's om biologyske ynsichten te ekstrahearjen.