page_head_bg

Products

Metagenomic Sequencing-Nanopore

Metagenomics is in molekulêr ark dat brûkt wurdt om de mingde genomyske materialen te analysearjen dy't út miljeu-samples wûn binne, dy't detaillearre ynformaasje leveret yn soarten ferskaat en oerfloed, populaasjestruktuer, fylogenetyske relaasje, funksjonele genen en korrelaasjenetwurk mei miljeufaktoaren, ensfh. Nanopore sequencing-platfoarms hawwe koartlyn yntrodusearre nei metagenomyske stúdzjes.Syn treflike prestaasjes yn lêslingte fersterke foar in grut part streamôfwerts metagenomyske analyze, benammen metagenoom-assemblage.Troch foardielen fan lêslingte te nimmen, is Nanopore-basearre metagenomyske stúdzje yn steat om mear trochgeande gearstalling te berikken yn fergeliking mei metagenomika mei shot-gun.It is publisearre dat Nanopore-basearre metagenomics súksesfol generearre folsleine en sletten baktearjele genomen út mikrobiomen (Moss, EL, et. al.Natuer Biotech, 2020)

Perron:Nanopore PromethION P48


Service Details

Demo Results

BMK gefal

Service Foardielen

ØGearstalling fan hege kwaliteit - Ferbetterje de krektens fan soarten identifikaasje en funksjonele genfoarsizzing

ØGesloten baktearjele genome isolaasje

ØKrêftiger en betroubere tapassing yn ferskate gebieten, bygelyks opspoaren fan patogene mikroorganismen as genen relatearre oan antibiotika-resistinsje

ØFergelykjende metagenoomanalyse

Service Spesifikaasjes

SequencingPerron

Biblioteek

Oanrikkemandearre gegevensopbringst

Geschatte omlooptiid

Illumina NovaSeq 6000

PE250

50K/100K/300K Tags

30 dagen

Bioinformatika analyzes

üRaw gegevens kwaliteit kontrôle

üMetagenome gearstalling

üNet-oerstallige gene set en annotaasje

üAnalyze fan soarten ferskaat

üGenetyske funksje ferskaat analyse

üInter-groep analyze

üAssosiaasje analyze tsjin eksperimintele faktoaren

2

Sample easken en levering

Sample easken en levering

Sample easken:   

FoarDNA-ekstrakten:

Sample Type

Tal

Konsintraasje

Purity

DNA-ekstrakten

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Foar miljeumonsters:

Sample type

Oanrikkemandearre sampling proseduere

Ierde

Sampling bedrach: ca.5 g;Oerbleaune ferdwûne stof moat fan it oerflak fuortsmiten wurde;Grind grutte stikken en passe troch 2 mm filter;Aliquot samples yn sterile EP-buis of cyrotube foar reservearring.

Feces

Sampling bedrach: ca.5 g;Sammelje en aliquot samples yn sterile EP-buis of cryotube foar reservearring.

Intestinal ynhâld

Samples moatte wurde ferwurke ûnder aseptyske tastân.Waskje sammele weefsel mei PBS;Centrifugerje de PBS en sammelje de precipitant yn EP-tubes.

Slyk

Sampling bedrach: ca.5 g;Sammelje en aliquot slibmonster yn sterile EP-buis of kryotube foar reservearring

Waterbody

Foar sample mei beheinde hoemannichte mikrobiaal, lykas kraanwetter, putwetter, ensfh., Sammelje op syn minst 1 L wetter en passe troch 0,22 μm filter om mikrobiaal op it membraan te ferrykjen.Bewarje de membraan yn sterile buis.

Fel

Skrape hûdflak foarsichtich mei sterile katoenen swab of sjirurgysk blêd en pleats it yn sterile buis.

Oanrikkemandearre Sample Delivery

Freeze de samples yn floeibere stikstof foar 3-4 oeren en bewarje yn floeibere stikstof as -80 graden oant reservearring op lange termyn.Sample ferstjoering mei droech-iis is fereaske.

Service Work Flow

logo_02

Sample levering

logo_04

Biblioteekbou

logo_05

Sequencing

logo_06

Data analyze

logo_07

Nei-ferkeap tsjinsten


  • Foarige:
  • Folgjende:

  • 1.Heatmap: Soart rykdom klustering32.Funksjonele genen annotearre oan KEGG metabolike paden43.Species korrelaasje netwurk54.Circos fan CARD antibiotika ferset genen
    6

    BMK gefal

    Nanopore metagenomics makket rappe klinyske diagnoaze fan baktearjele ynfeksje fan 'e legere luchtwegen mooglik

    Publisearre:Natuerbiotechnology, 2019

    Technyske hichtepunten
    Sequencing: Nanopore MinION
    Clinical metagenomics bioinformatics: Host DNA útputting, WIMP en ARMA analyze
    Rapid detection: 6 oeren
    Hege gefoelichheid: 96.6%

    Key resultaten

    Yn 2006 feroarsake legere respiratoire ynfeksje (LR) wrâldwiid 3 miljoen minsklike dea.De typyske metoade foar detectie fan LR1-pathogen is kultivaasje, dy't minne gefoelichheid hat, lange turn-around-tiid en gebrek oan begelieding yn iere antibiotika-terapy.In rappe en krekte mikrobiële diagnoaze hat al lang in driuwend ferlet west.Dr Justin fan 'e Universiteit fan East Anglia en syn partners ûntwikkele mei súkses in Nanopore-basearre metagenomyske metoade foar deteksje fan patroanen.Neffens har workflow kin 99,99% fan host-DNA útput wurde.Deteksje yn patogenen en antibiotika-resistinte genen kin yn 6 oeren foltôge wurde.

    Referinsje
    Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J.(2019).Nanopore metagenomics makket rappe klinyske diagnoaze fan baktearjele ynfeksje fan 'e legere luchtwegen mooglik.Nature Biotechnology, 37(7), 1.

    krije in offerte

    Skriuw jo berjocht hjir en stjoer it nei ús

    Stjoer jo berjocht nei ús: