Nanopore-basearre Transkriptoomsequencing yn folsleine lingte
Nanopore sequencing ûnderskiedt him fan oare sequencing platfoarms, yn dat de nukleotiden wurde lêzen direkt sûnder DNA synteze en generearret lange lêzen op tsientallen kilobases.Dit machtigt direkte útlêzen fan transkripsjes fan folsleine lingte en it oanpakken fan de útdagings yn transkriptomyske stúdzjes.
√ Lege folchoarder-spesifike bias
√ Folsleine-lingte lêzing fan cDNA foar genestruktuerstúdzjes
√ Minder gegevens nedich om itselde oantal transkripsjes te dekken
√ Identifikaasje fan meardere isofoarmen per gen
√ Ekspresje kwantifikaasje op isoform-nivo
Typyske Bioinformatics Pipeline
Lêste súksesfolle gefallen mei Biomarker Technologies
1. Fergelykjende analyzes fan transkriptomen fan folsleine lingte litte sjen Gnetum luofuense stamûntwikkelingsdynamyk
Journal: Frontiers in Genetics
Publisearre: maart 2021
Keywords: MinION |Alternative splicing |APA |lncRNA |Differinsjaal útdrukte transkripsjes
Lês Folsleine tekst
2. Unidirectional beweging fan lytse RNAs fan shoots nei woartels yn interspecific heterografts
Journal: Natuerplanten
Publisearre: Jannewaris 2021
Keywords: Nanopore |Illumina |folsleine-lingte mobile mRNA-deteksje
3. Folsleine-lingte transkriptoomanalyze fan asperzjewurzels lit it molekulêre meganisme fan sâlttolerânsje sjen dy't troch arbuskulêre mykorrhizale fungi feroarsake wurdt
Journal: Miljeu en Eksperimintele Botany
Publisearre: Jannewaris 2021
Keywords: MinION |Differinsjaal útdrukte transkripsjes |Transkripsjefaktoren |Alternative splicing
4. Fysiologyske karakteristike feroarings en folsleine transkriptom fan roazen (Rosa chinensis) woartels en blêden yn antwurd op droechte stress
Journal: Plant and Cell Physiology
Publisearre: oktober 2020
Keywords: PromethION |Differinsjaal útdrukte transkripsjes |Funksjonele foarsizzing |Splitse isofoarmen |TF en lncRNA
5. Analyse en wiidweidige fergeliking fan PacBio en nanopore-basearre RNA-sekwinsje fan it Arabidopsis-transkriptoom
Journal: Plant Metoade
Publisearre: april 2020
Keywords: GridION |PromethION |PacBio Sequel |Illumina NovaSeq |Genome alignment |Transkripsjeidentifikaasje |Alternative splicing |SSR |LncRNA |Isoform kwantifikaasje
Nijs en hichtepunten is fan doel de lêste suksesfolle gefallen te dielen mei Biomarker Technologies, it fêstlizzen fan nije wittenskiplike prestaasjes lykas promininte techniken tapast tidens de stúdzje.
Post tiid: Jan-08-2022