-
Chromatine Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
ChIP-Seq leveret genome-brede profilearring fan DNA-doelen foar histonmodifikaasje, transkripsjefaktoaren, en oare DNA-assosjearre aaiwiten.It kombineart de selektiviteit fan chromatine-immuno-precipitaasje (ChIP) om spesifike protein-DNA-kompleksen te herstellen, mei de krêft fan folgjende-generaasje sequencing (NGS) foar hege-throughput sequencing fan it herstelde DNA.Derneist, om't de proteïne-DNA-kompleksen wurde weromfûn út libbene sellen, kinne binende siden wurde fergelike yn ferskate seltypen en weefsels, of ûnder ferskate omstannichheden.Applikaasjes fariearje fan transkripsjeregulaasje oant ûntwikkelingswegen oant syktemeganismen en fierder.
Platfoarm: Illumina NovaSeq Platfoarm
-
Metagenomic Sequencing -NGS
Metagenome ferwiist nei in kolleksje fan totaal genetysk materiaal fan in mingde mienskip fan organismen, lykas miljeu-metagenome, minsklike metagenome, ensfh It befettet genomes fan sawol cultivatable en uncultivateable microorganisms.Metagenomyske sequencing is in molekulêr ark dat brûkt wurdt om de mingde genomyske materialen te analysearjen dy't út omjouwingsmonsters wûn binne, dy't detaillearre ynformaasje leveret yn soarten ferskaat en oerfloed, populaasjestruktuer, fylogenetyske relaasje, funksjonele genen en korrelaasjenetwurk mei miljeufaktoaren.
Perron:Illumina NovaSeq Platfoarm
-
Metagenomic Sequencing-Nanopore
Metagenomics is in molekulêr ark dat brûkt wurdt om de mingde genomyske materialen te analysearjen dy't út omjouwingsmonsters wûn binne, dy't detaillearre ynformaasje leveret yn soarten ferskaat en oerfloed, populaasjestruktuer, fylogenetyske relaasje, funksjonele genen en korrelaasjenetwurk mei omjouwingsfaktoaren, ensfh. nei metagenomyske stúdzjes.De treflike prestaasjes yn 'e lêslingte fersterke foar in grut part streamôfwerts metagenomyske analyze, benammen metagenoom-assemblage.Troch foardielen fan lêslingte te nimmen, is Nanopore-basearre metagenomyske stúdzje yn steat om mear trochgeande gearstalling te berikken yn fergeliking mei metagenomika mei shot-gun.It is publisearre dat Nanopore-basearre metagenomics suksesfolle en sletten baktearjele genomes genereare fan mikrobiomen (Moss, EL, et. al.Natuer Biotech, 2020)
Perron:Nanopore PromethION P48
-
Folsleine genome bisulfite sequencing
DNA-methylaasje op 'e fyfde posysje yn cytosine (5-mC) hat in fûnemintele ynfloed op geneekspresje en sellulêre aktiviteit.Abnormale methylaasjepatroanen binne ferbûn mei ferskate betingsten en sykten, lykas kanker.WGBS is de gouden standert wurden foar it bestudearjen fan genome-brede methylaasje by resolúsje fan ien basis.
Platfoarm: Illumina NovaSeq Platfoarm
-
Assay foar transposase-tagonklik chromatine mei hege trochfier-sekwinsje (ATAC-seq)
ATAC-seq is in hege-trochput sequencing metoade foar analyze fan genome-wide chromatine tagonklikens, dat is wichtich foar globale epigenetyske kontrôle fan gene ekspresje.Sequencing adapters wurde ynfoege yn iepen chromatine regio's troch hyperaktive Tn5 transposase.Nei PCR-amplifikaasje wurdt in sequencing-bibleteek konstruearre.Alle iepen chromatine-regio's kinne wurde krigen ûnder in spesifike romte-tiid-betingst, net allinich beheind ta de binende siden fan in transkripsjefaktor, of in bepaalde histon-modifisearre regio.
-
16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-PacBio
De subunit op 16S en 18S rRNA dy't sawol heul konservearre as hyperfariabele regio's befetsje is in perfekte molekulêre fingerprint foar identifikaasje fan prokaryotyske en eukaryote organismen.Troch foardiel te nimmen fan sequencing, kinne dizze amplicons wurde rjochte op basis fan 'e bewarre dielen en de hyper-fariabele regio's kinne folslein karakterisearre wurde foar mikrobiële identifikaasje dy't bydrage oan stúdzjes dy't analyse fan mikrobiële ferskaat, taksonomy, fylogeny, ensfh. Single-molecule real-time (SMRT) ) folchoarder fan PacBio-platfoarm makket it mooglik om heul krekte lange lêzings te krijen, dy't amplicons fan folsleine lingte kinne dekke (sawat 1,5 Kb).De ferbrede werjefte fan genetysk fjild sterk ferbettere de resolúsje yn soarten annotaasje yn baktearjes of fungi mienskip.
Perron:PacBio Sequel II
-
16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S / 18S / ITS amplicon sequencing hat as doel it iepenbierjen fan fylogeny, taksonomy, en soarten oerfloed yn in mikrobiële mienskip troch it ûndersykjen fan PCR-produkten fan húshâlding genetyske markers dy't befetsje sawol tige besprutsen en hypervariable dielen.De yntroduksje fan dizze perfekte molekulêre fingerprint troch Woeses et al, (1977) makket isolaasjefrije mikrobiomprofilearring mooglik.Sequencing fan 16S (baktearjes), 18S (skimmels) en ynterne transkribearre spacer (ITS, fungi) lit identifikaasje fan sawol oerfloedige soarten as seldsume en net identifisearre soarten mooglik.Dizze technology is in wiid tapast en wichtich ark wurden foar it identifisearjen fan differinsjaal mikrobiële komposysje yn ferskate omjouwings, lykas minsklike mûle, darmen, feces, ensfh.
Perron:Illumina NovaSeq Platfoarm
-
Bakteriële en fungal hiele genome re-sequence
Re-sekwinsje fan it hiele genom fan baktearjes en skimmels is in kritysk helpmiddel om de genomen fan bekende baktearjes en skimmels te foltôgjen, en ek om meardere genomen te fergelykjen of genomes fan nije organismen yn kaart te bringen.It is fan grut belang om folsleine genomen fan baktearjes en skimmels te foltôgjen om krekte referinsjegenoom te generearjen, mikrobiële identifikaasje te dwaan en oare ferlykjende genomestúdzjes.
Platfoarm: Illumina NovaSeq Platfoarm
-
PacBio-folsleine 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
Amplicon (16S / 18S / ITS) platfoarm is ûntwikkele mei jierrenlange ûnderfining yn mikrobieel ferskaat projektanalyse, dy't standerdisearre basisanalyse en personaliseare analyse befettet: basisanalyse beslacht de mainstream-analyze-ynhâld fan hjoeddeistige mikrobieel ûndersyk, de analyse-ynhâld is ryk en wiidweidich, en analyseresultaten wurde presintearre yn 'e foarm fan projektrapporten;De ynhâld fan personaliseare analyze is ferskaat.Samples kinne wurde selekteare en parameters kinne fleksibel ynsteld wurde neffens it basisanalyserapport en ûndersyksdoel, om personaliseare easken te realisearjen.Windows bestjoeringssysteem, ienfâldich en fluch.
-
PacBio-folsleine transkriptoom (net-referinsje)
Troch Pacific Biosciences (PacBio) Isoform-sekwinsjegegevens as ynfier te nimmen, is dizze app yn steat om transkripsjesekwinsjes fan folsleine lingte te identifisearjen (sûnder gearstalling).Troch sekwinsjes fan folsleine lingte yn kaart te bringen tsjin referinsjegenoom, kinne transkripsjes optimalisearre wurde troch bekende genen, transkripsjes, kodearringregio's, ensfh. Yn dit gefal kin krektere identifikaasje fan mRNA-struktueren, lykas alternative splicing, ensfh.Mienskiplike analyze mei NGS-transkriptom-sekwinsjegegevens makket wiidweidigere annotaasje en krekter kwantifikaasje yn ekspresje op transkripsjenivo mooglik, wat foar in grut part profitearret downstream differinsjaal ekspresje en funksjonele analyse.
-
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
DNA-methylaasjeûndersyk hat altyd in hyt ûnderwerp west yn sykteûndersyk, en is nau besibbe oan geneekspresje en fenotypyske eigenskippen.RRBS is in krekte, effisjinte en ekonomyske metoade foar DNA-methylaasjeûndersyk.Ferriking fan promotor- en CpG-eilânregio's troch enzymatyske splitsing (Msp I), kombinearre mei Bisulfite-sekwinsje, leveret DNA-methylaasjedeteksje mei hege resolúsje.
Platfoarm: Illumina NovaSeq Platfoarm
-
Prokaryotyske mRNA-sekwinsje
mRNA-sekwinsje makket de wiidweidige profilearring fan alle mRNA-transkrippen binnen sellen ûnder spesifike omstannichheden mooglik.Dizze avansearre technology tsjinnet as in krêftich ark, ûntbleatet yngewikkelde gene-ekspresjeprofilen, genstruktueren en molekulêre meganismen ferbûn mei ferskate biologyske prosessen.In soad oannommen yn fûnemintele ûndersyk, klinyske diagnoaze, en medisynûntwikkeling, mRNA-sekwinsje biedt ynsjoch yn 'e yngewikkeldheden fan sellulêre dynamyk en genetyske regeljouwing.Us prokaryotyske mRNA-monsterferwurking is ôfstimd foar prokaryotyske transkriptomen, wêrby't rRNA-útputting en rjochtingsbibleteekfoarming belutsen is.
Platfoarm: Illumina NovaSeq X
