Spesifike-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
Wurkstream
De tsjinst hat wat foarûntwerp yn silico om de optimale enzymseleksje by de tarieding fan 'e bibleteek te garandearjen.
Technysk skema
Tsjinstfunksjes
● Sekwinsjebepaling op NovaSeq mei PE150.
● Biblioteektarieding mei dûbele barcodearring, wêrtroch't mear as 1000 samples gearfoege wurde kinne.
● Unôfhinklik fan referinsjegenoom:
Mei referinsjegenoom: ûntdekking fan SNP en InDel
Sûnder referinsjegenoom: stekproefklustering en SNP-ûntdekking
● Yn deyn-silicoYn 'e foar-ûntwerpsfaze wurde meardere kombinaasjes fan restriksje-enzymen screene om dejingen te finen dy't in unifoarme ferdieling fan SLAF-tags lâns it genoom generearje.
● Tidens it foar-eksperimint wurde trije enzymkombinaasjes yn 3 samples hifke om 9 SLAF-bibleteken te generearjen, en dizze ynformaasje wurdt brûkt om de optimale restriksje-enzymekombinaasje foar it projekt te kiezen.
Tsjinstfoardielen
●Untdekking fan hege genetyske markersWy yntegrearje in dûbel barcodesysteem mei hege trochfier wêrtroch grutte populaasjes tagelyk sekwinsjearre wurde kinne, en lokusspesifike amplifikaasje ferbetteret de effisjinsje, wêrtroch't derfoar soarge wurdt dat tagnûmers foldogge oan de ferskate easken fan ferskate ûndersyksfragen.
● Lege ôfhinklikens fan it genoomIt kin tapast wurde op soarten mei of sûnder in referinsjegenoom.
●Fleksibel skema-ûntwerpIen-enzym, dûbel-enzym, multi-enzym spiisfertarring, en ferskate soarten enzymen kinne allegear selektearre wurde om te foldwaan oan ferskate ûndersyksdoelen of soarten.
● Hege effisjinsje yn enzymatyske spiisfertarring: De útfiering fan inyn-silicofoarôfgeand ûntwerp en in foarôfgeand eksperimint soargje foar in optimaal ûntwerp mei in evenredige ferdieling fan SLAF-tags op it chromosoom (1 SLAF-tag/4Kb) en in fermindere repetitive sekwinsje (<5%).
●Útwreide ekspertizeWy bringe in rykdom oan ûnderfining mei nei elk projekt, mei in track record fan it sluten fan mear as 5000 SLAF-Seq-projekten oer hûnderten soarten, ynklusyf planten, sûchdieren, fûgels, ynsekten en wetterorganismen.
● Selsûntwikkele bioinformatyske workflowWy hawwe in yntegreare bioinformatyske workflow ûntwikkele foar SLAF-Seq om de betrouberens en krektens fan 'e definitive útfier te garandearjen.
Tsjinstspesifikaasjes
| Soart analyze | Oanrikkemandearre befolkingsskaal | Sekwinsjestrategy | |
| Djipte fan tagsekwinsje | Tagnûmer | ||
| Genetyske kaarten | 2 âlden en >150 neiteam | Ouders: 20x WGS Ofspylje: 10x | Genoomgrutte: <400 Mb: WGS wurdt oanrikkemandearre <1Gb: 100K tags 1-2Gb:: 200K tags >2Gb: 300K tags Maks 500k tags |
| Genoomwide Assosjaasjestúdzjes (GWAS) | ≥200 samples | 10x | |
| Genetyske evolúsje | ≥30 samples, mei >10 samples út elke subgroep | 10x | |
Tsjinsteasken
Konsintraasje ≥ 5 ng/µL
Totale hoemannichte ≥ 80 ng
Agarosegel: gjin of beheinde ôfbraak of fersmoarging
Oanrikkemandearre levering fan samples
Kontener: 2 ml sintrifugearbuis
(Foar de measte samples advisearje wy net om se yn ethanol te bewarjen)
Foarbyldetikettering: Foarbylden moatte dúdlik labeld wêze en identyk wêze oan it yntsjinne foarbyldynformaasjeformulier.
Ferstjoering: Droechiis: Samples moatte earst yn tassen ynpakt wurde en yn droechiis begroeven wurde.
Tsjinstwurkstream
Foarbyld QC
Piloteksperimint
SLAF-eksperimint
Biblioteekfoarbereiding
Sekwinsje
Gegevensanalyse
Tsjinsten nei ferkeap
Us bioinformatyske analyze omfettet:
Data-QC en data-trimjen om N-rike lêzingen, adapterlêzingen of lêzingen fan lege kwaliteit te ferwiderjen.
In twadde kwaliteitskontrôle fan 'e skjinne lêzingen om de basisferdieling, sekwinsjekwaliteit en in gegevensbeoardieling te kontrolearjen, mar ek om de spiisfertarringseffisjinsje en de krigen ynserts te kontrolearjen.
As de lêzingen kontrolearre binne, binne der twa opsjes:
- Mapping nei referinsjegenoom
- Sûnder in referinsjegenoom: klusterjen
Dêrnei wurdt de analyze fan SLAF-tags brûkt om wat fariantopropen te dwaan om te helpen mei de ûntdekking fan markers: SNP, InDel, SNV, CV-opropen en annotaasje.
Ferdieling fan SLAF-tags op chromosomen:
Ferdieling fan SNP's op chromosomen:
SNP-annotaasje
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X en Shi C (2023) QTL-mapping en transkriptoomanalyse fan sûkergehalte tidens fruitryping fanPyrus pyrifolia.Foarkant. Plantwittenskip.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Identifikaasje fan st1 lit in seleksje sjen dy't liftende siedmorfology en oalje-ynhâld omfettet tidens de domestikaasje fan sojabonen.Tydskrift foar plantbiotechnology, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.et al.Genoomsekwinsje en genetyske ferskaat fan 'e gewoane karper,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.et al.It genoom fan kultivearre pinda's jout ynsjoch yn peulvruchtenkaryotypen, polyploïde evolúsje en domestikaasje fan gewaaksen.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Jier | Sjoernaal | IF | Titel | Applikaasjes |
| 2022 | Natuerkommunikaasje | 17.694 | Genomyske basis fan 'e giga-chromosomen en giga-genoom fan beampioen Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Nije fytolooch | 7.433 | Domestikaasje-fuotprinten ferankerje genomyske regio's fan agronomysk belang yn sojabonen | SLAF-GWAS |
| 2022 | Tydskrift foar Avansearre Undersyk | 12.822 | Genoomwide keunstmjittige yntrogressjes fan Gossypium barbadense yn G. hirsutum iepenbierje superieure lokaasjes foar simultane ferbettering fan katoenfaserkwaliteit en opbringst eigenskippen | SLAF-Evolúsjonêre genetika |
| 2019 | Molekulêre plant | 10.81 | Populaasjegenomyske analyze en De Novo-assemblage ûntbleate de oarsprong fan Weedy Rys as in evolúsjonêr spultsje | SLAF-Evolúsjonêre genetika |
| 2019 | Natuergenetika | 31.616 | Genoomsekwinsje en genetyske ferskaat fan 'e gewoane karper, Cyprinus carpio | SLAF-Linkage-kaart |
| 2014 | Natuergenetika | 25.455 | It genoom fan kultivearre pinda jout ynsjoch yn peulvruchtenkaryotypen, polyploïde evolúsje en domestikaasje fan gewaaksen. | SLAF-Linkage-kaart |
| 2022 | Tydskrift foar plantbiotechnology | 9.803 | Identifikaasje fan ST1 lit in seleksje sjen dy't it liftjen fan siedmorfology omfettet. en oalje-ynhâld tidens de domestikaasje fan sojabonen | SLAF-Markerûntwikkeling |
| 2022 | Ynternasjonaal Tydskrift foar Molekulêre Wittenskippen | 6.208 | Identifikaasje en DNA-markerûntwikkeling foar in Tarwe-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomyske gromosoomferfanging | SLAF-Markerûntwikkeling |
| Jier | Sjoernaal | IF | Titel | Applikaasjes |
| 2023 | Grinzen yn plantwittenskip | 6.735 | QTL-mapping en transkriptoomanalyse fan sûkergehalte tidens fruitryping fan Pyrus pyrifolia | Genetyske kaart |
| 2022 | Tydskrift foar plantbiotechnology | 8.154 | Identifikaasje fan ST1 lit in seleksje sjen dy't it liftjen fan siedmorfology en oalje-ynhâld by de domestikaasje fan sojabonen omfettet.
| SNP-oprop |
| 2022 | Grinzen yn plantwittenskip | 6.623 | Genoomwide assosjaasjekartering fan Hulless Barely-fenotypen yn in droechteomjouwing.
| GWAS |
