-
Folsleine lingte mRNA sequencing-Nanopore
RNA-sekwinsje is in ûnskatbere wearde ark foar wiidweidige transkriptoomanalyse.Sûnder twifel hat tradisjonele koarte-lêze sequencing hjir in protte wichtige ûntwikkeling berikt.Dochs komt it faaks beheiningen op yn folsleine isofoarmidentifikaasjes, kwantifikaasje, PCR-bias.
Nanopore sequencing ûnderskiedt him fan oare sequencing platfoarms, yn dat de nucleotides wurde lêzen direkt sûnder DNA synteze en generearret lange lêzen op tsientallen kilobases.Dit bemachtiget direkte útlêzen troch transkripsjes fan folsleine lingte en it oanpakken fan de útdagings yn stúdzjes op isoformnivo.
Perron:Nanopore PromethION
Biblioteek:cDNA-PCR
-
De novo Folsleine-lingte Transkriptoom sequencing -PacBio
De novofolsleine-lingte transkriptoom sequencing, ek bekend asDe novoIso-Seq nimt de foardielen fan PacBio sequencer yn lêslingte, dy't sequencing fan cDNA-molekulen mei folsleine lingte mooglik makket sûnder pauzes.Dit foarkomt folslein alle flaters generearre yn transkripsje-assemblagestappen en konstruearret unige sets mei resolúsje op isoformnivo.Dizze unigeensets leveret krêftige genetyske ynformaasje as "referinsjegenoom" op transkriptoomnivo.Dêrneist, kombinearjen mei folgjende generaasje sequencing gegevens, dizze tsjinst machtigt in krekte kwantifikaasje fan isoform-nivo ekspresje.
Platfoarm: PacBio Sequel IIBibleteek: SMRT bell bibleteek -
Eukaryotic mRNA sequencing-Illumina
mRNA-sekwinsje makket profilearring mooglik fan alle mRNA's dy't transkripsje fan sellen ûnder spesifike omstannichheden.It is in krêftige technology foar it iepenbierjen fan gene-ekspresjeprofyl, genstruktueren en molekulêre meganismen fan bepaalde biologyske prosessen.Oant no ta is mRNA-sekwinsje in soad brûkt yn fûnemintele ûndersyk, klinyske diagnoaze, medisynûntwikkeling, ensfh.
Platfoarm: Illumina NovaSeq 6000
-
Non-Reference based mRNA sequencing-Illumina
mRNA-sequencing nimt folgjende generaasje sequencing-technyk (NGS) oan om it boadskipper-RNA (mRNA) fan Eukaryote te fangen yn in spesifike perioade dat guon spesjale funksjes aktivearje.De langste transkripsje spliced waard neamd 'Unigene' en brûkt as de referinsje folchoarder foar folgjende analyze, dat is in effektyf middel om te bestudearjen it molekulêre meganisme en regeljouwing netwurk fan de soarte sûnder referinsje.
Nei gearstalling fan transkriptomgegevens en unige funksjonele annotaasje
(1) SNP-analyze, SSR-analyze, CDS-foarsizzing en genstruktuer wurde foarfoarme.
(2) Kwantifikaasje fan unige ekspresje yn elke stekproef sil wurde útfierd.
(3) Differinsjaal útdrukte unigenen tusken samples (as groepen) sille wurde ûntdutsen basearre op unigene ekspresje
(4) Clustering, funksjonele annotaasje en ferrikingsanalyze fan differinsjaal útdrukte unigenen sille wurde útfierd
-
Lange net-kodearjen sequencing-Illumina
Lange net-kodearjende RNA's (lncRNA's) binne in soarte fan RNA-molekulen mei in lingte fan mear as 200 nt, dy't karakterisearre wurde troch ekstreem leech kodearjen potinsjeel.LncRNA, as in wichtich lid yn net-kodearjende RNA's, wurdt benammen fûn yn kearn en plasma.De ûntwikkeling yn sequencing technology en bioinformtics makket identifikaasje fan tal fan nije lncRNAs mooglik en assosjearje dy mei biologyske funksjes.Akkumulative bewiis suggerearret dat lncRNA breed belutsen is by epigenetyske regeling, transkripsjeregeling en post-transkripsjeregeling.
-
Lytse RNA sequencing-Illumina
Lyts RNA ferwiist nei in klasse fan net-kodearjende RNA-molekulen dy't normaal minder dan 200 nt yn 'e lingte binne, ynklusyf mikro-RNA (miRNA), lytse ynterferinsje-RNA (siRNA), en piwi-ynteraktivearjende RNA (piRNA).
MicroRNA (miRNA) is in klasse fan endogene lyts RNA mei in lingte fan sawat 20-24nt, dy't in ferskaat oan wichtige regeljende rollen yn sellen spilet.miRNA belutsen by in protte libbensprosessen dy't weefsel - spesifyk en poadium - spesifike ekspresje iepenbierje en tige bewarre bleaun yn ferskate soarten.
-
circRNA sequencing-Illumina
Folsleine transkriptoomsekwinsje is ûntworpen om alle soarten RNA-molekulen te profilearjen, ynklusyf kodearjen (mRNA) en net-kodearjende RNA's (ynklusyf lncRNA, circRNA en miRNA) dy't op in bepaalde tiid troch spesifike sellen wurde transkribearre.Folsleine transkriptoomsekwinsje, ek wol bekend as "totale RNA-sekwinsje" is fan doel om wiidweidige regeljouwingsnetwurken op transkriptoomnivo te iepenbierjen.Troch foardiel te nimmen fan NGS-technology binne sekwinsjes fan folsleine transkriptoomprodukten beskikber foar ceRNA-analyse en mienskiplike RNA-analyse, dy't de earste stap jout nei funksjonele karakterisaasje.Revealing regeljouwing netwurk fan circRNA-miRNA-mRNA basearre ceRNA.
-
Folsleine transkriptoomsekwinsje - Illumina
Folsleine transkriptoomsekwinsje is ûntworpen om alle soarten RNA-molekulen te profilearjen, ynklusyf kodearjen (mRNA) en net-kodearjende RNA's (ynklusyf lncRNA, circRNA en miRNA) dy't op in bepaalde tiid troch spesifike sellen wurde transkribearre.Folsleine transkriptoomsekwinsje, ek wol bekend as "totale RNA-sekwinsje" is fan doel om wiidweidige regeljouwingsnetwurken op transkriptoomnivo te iepenbierjen.Troch foardiel te nimmen fan NGS-technology binne sekwinsjes fan folsleine transkriptoomprodukten beskikber foar ceRNA-analyse en mienskiplike RNA-analyse, dy't de earste stap jout nei funksjonele karakterisaasje.Revealing regeljouwing netwurk fan circRNA-miRNA-mRNA basearre ceRNA.
-
Prokaryotyske RNA-sekwinsje
Prokaryotyske RNA-sequencing brûkt folgjende generaasje sequencing (NGS) om de oanwêzigens en kwantiteit fan RNA op in bepaald momint te ûntdekken, troch analysearjen fan it feroarjende sellulêre transkriptoom.De prokaryotyske RNA-sekwinsje fan ús bedriuw is spesifyk rjochte op prokaryoten mei referinsjegenoom, dy't jo transkriptoomprofilearring, genstruktueranalyse, ensfh.
Platfoarm: Illumina NovaSeq 6000
-
Metatranskriptoom-sekwinsje
Metatranskriptoom-sekwinsje identifisearret gen-ekspresje fan mikroben (sawol eukaryoten as prokaryoten) binnen natuerlike omjouwings (dat wol sizze boaiem, wetter, see, feces, en darm.). fan soarten, funksjonele ferrikingsanalyse fan oars útdrukte genen, en mear.
Platfoarm: Illumina NovaSeq 6000
