Measúnú le haghaidh Crómatin Inrochtana ag Trasposáis le Seicheamhú Ard-Tréchur (ATAC-seq)
Gnéithe Seirbhíse
● Éilíonn an tseirbhís samplaí fíocháin, seachas aigéid núicléasacha eastósctha, chun na hidirghníomhaíochtaí DNA-próitéine a chaomhnú.
● Áirítear leis an modh ATAC dícheangal fíocháin, agus ina dhiaidh sin aonrú núicléas, cóireáil agus íonú Tn5, aimpliú PCR, roghnú méide agus seicheamhú.
● Seicheamhú in Illumina NovaSeq
Buntáistí Seirbhíse
●Íogaireacht Ard:Is leor cainníocht íseal cealla tosaigh le haghaidh ullmhú agus seicheamhú leabharlainne.
●Teicníc an-fhaisnéiseach: nochtar suíomhanna géanómacha crómatin oscailte agus eilimintí rialála gníomhacha amhail láithreáin cheangailteach fachtóirí trascríobh ag an am céanna.
●In-atáirgtheacht Thurgnamhach MhaithLéiríonn macasamhla teicniúla in-athdhéantacht den scoth.
●Saineolas fairsingLe céadta tionscadal seicheamhaithe ATAC curtha i gcrích go rathúil, tugann BMKGENE breis agus deich mbliana de thaithí, foireann anailíse ard-oilte, ábhar cuimsitheach, agus tacaíocht iar-díolacháin den scoth.
●Deis chun Páirt a Bhaint Amach le hAnailís Transcriptomics: rud a cheadaíonn anailís chomhtháite ar seicheamh ATAC le sonraí óimice eile amhail seicheamh RNA.
● Anailís Bhithfhaisnéiseach Chuimsitheach: ní hamháin go gcuireann sé ar chumas réigiúin oscailte an chrómatin agus a bhfeidhmiúlacht chomhfhreagrach (tionscnóirí, UTanna, eisóin, intrón) a aithint ach freisin anailís a dhéanamh ar na difríochtaí idir réigiúin oscailte an chrómatin i measc samplaí.
Sonraíochtaí Seirbhíse
| Leabharlann | Straitéis Seicheamhúcháin | Aschur sonraí molta | Rialú cáilíochta |
| ATAC-seq | Illumina PE150 | > 20M léamh Ag brath ar mhéid an ghéanóim (Daonna: 50 M léamh) | Q30≥85% |
Riachtanais Shamplacha
Cineál samplaí: Fíocháin, cealla beo nó reoite, fuil
● Líon na gceall: ≥ 106cealla
● Meáchan fíocháin: ≥ 200mg fíochán úr
● Fuil: ≥ 4 mL
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Dearadh turgnaimh
Seachadadh samplach
Eastóscadh DNA
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
Áirítear an anailís seo a leanas:
● Rialú cáilíochta sonraí amh;
● Glaoch buaicphointe bunaithe ar mhapáil chuig an ngéanóm tagartha;
● Anótáil géine ar shuíomh buaice;
● Anailís Mhóitífe: sainaithint suíomhanna ceangailteach fachtóirí trascríobh (TFBS);
● Anailís agus anótáil ar Bhuaic Difreálach.
1. Léann léarscáil teasa ar ATAC an dáileadh ag TSS agus réigiúin in aice láimhe (±3 kb)
2. Dáileadh réigiún crómatin oscailte i gcomhpháirteanna éagsúla an ghéanóim
3. Glaonna buaicdhifriúla idir grúpaí
Déan iniúchadh ar na dul chun cinn taighde a éascaítear le seirbhísí seicheamhúcháin ATAC BMKGene trí bhailiúchán coimeádta foilseachán.
Fu, A.srl.(2023) 'Nochtann tionól géanóim teiliméir-go-teiliméir i mealbhacán searbh (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) forbairt, comhdhéanamh agus tréithe géiniteacha aibithe torthaí',Taighde Gairneoireachta, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Gong, B.srl.(2023) 'Gníomhachtú eipiginéiteach agus trascríobhach an chináis rúnda FAM20C mar oncogine i glióma',Iris na Géineolaíochta agus na Géanómaíochta, 50(6), lgh. 422–433. do: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Sé, Y.srl.(2023) 'Aisiompaíonn bútairít friotaíocht ferroptóise in ailse cholaireicteach trí chosc xCT atá ag brath ar c-Fos a spreagadh',Bitheolaíocht Redox, 65, lch. 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
