Anailís Bulcáilte Deighilteach
Buntáistí Seirbhíse
Takagi et al., an iris plandaí, 2013
● Logánú cruinn: Meascadh toirteanna le 30+30 go 200+200 duine aonair chun torann cúlra a íoslaghdú;tuar réigiún iarrthóra bunaithe ar shóiteáin neamh-chomhchiallacha.
● Anailís chuimsitheach: Anótáil dhomhain feidhm ghéine iarrthóra, lena n-áirítear NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, etc.
● Am slánúcháin níos tapúla: Logánú géine tapa laistigh de 45 lá oibre.
● Taithí fhairsing: Chuir BMK leis na mílte logánú tréithe, ag clúdach speicis éagsúla cosúil le barra, táirgí uisceacha, foraoise, bláthanna, torthaí, etc.
Sonraíochtaí Seirbhíse
Daonra:
Sliocht tuismitheoirí a scaradh le feinitíopaí codarsnacha.
m.sh. sliocht F2, Trasnú Cúltaca (BC), líne inbred athchuingreach (RIL)
Meascadh linn snámha
Maidir le tréithe cáilíochtúla: 30 go 50 duine (20 ar a laghad)/bulc
Maidir le tratis cainníochtúil: daoine aonair 5% go 10% is airde a bhfuil feinitíopaí foircneacha acu sa daonra iomlán (30+30 ar a laghad).
Doimhneacht seicheamhaithe molta
Ar a laghad 20X/tuismitheoir agus 1X/sliocht duine aonair (m.sh. do chomhthiomsú sliocht de 30+30 duine aonair, beidh doimhneacht seicheamhaithe 30X in aghaidh an toirte)
Anailísí bithfhaisnéisíochta
● Seicheamhú genome iomlán
● Próiseáil sonraí
● Glaoch SNP/Indel
● Scagadh réigiún iarrthóra
● Anótáil feidhm ghéin an iarrthóra
Riachtanais Samplacha agus Seachadadh
Riachtanais Shamplacha:
Núicléatídí:
| sampla gDNA | Sampla fíocháin |
| Tiúchan: ≥30 ng/μl | Plandaí: 1-2 g |
| Méid: ≥2 μg (Imleabhar ≥15 μl) | Ainmhithe: 0,5-1 g |
| Íonacht: OD260/280 = 1.6-2.5 | Fuil iomlán: 1.5 ml |
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Dearadh turgnaimh
Seachadadh samplach
eastóscadh RNA
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
1. Bonn anailíse an Chumainn ar Fad Eoiclídeach (TR) chun an réigiún is iarrthóir a shainaithint.San fhigiúr seo a leanas
X-ais: Uimhir chromosóim;Seasann gach ponc do luach ED de chuid SNP.Freagraíonn an líne Dubh do luach ED feistithe.Léiríonn luach ED níos airde gaol níos suntasaí idir an suíomh agus an feinitíopa.Léiríonn an líne dhearg tairseach de chomhcheangal suntasach.
Anailís 2.Association bunaithe ar bith SNP-innéacs
X-ais: Uimhir chromosóim;Léiríonn gach ponc luach innéacs SNP.Seasann an líne dhubh do luach SNP-innéacs feistithe.Dá mhéad an luach is ea is suntasaí a bheidh an cumann.
Cás BMK
Ionchódaíonn an tréith chainníochtúil mór-éifeacht lócas Fnl7.1 próitéin flúirseach embryogenesis déanach a bhaineann le fad muineál torthaí i gcúcamar
Foilsithe: Iris Biteicneolaíochta Plandaí, 2020
Straitéis seicheamhaithe:
Tuismitheoirí (Jin5-508, YN): seicheamhú genome iomlán do 34× agus 20×.
Linnte DNA (50 Long-mhuineál agus 50 gearr-mhuineál): Seicheamhú do 61× agus 52×
Príomhthorthaí
Sa staidéar seo, cruthaíodh deighilt daonra (F2 agus F2:3) trí líne cúcamar fad-mhuineál Jin5-508 agus YN gearr-mhuineál a thrasnú.Tógadh dhá linn DNA ag 50 duine aonair foircneacha fada agus 50 duine aonair gearr-mhuineál.Aithníodh QTL móréifeachta ar Chr07 trí anailís BSA agus léarscáiliú traidisiúnta QTL.Laghdaíodh an réigiún iarrthóra tuilleadh trí mhionmhapáil, cainníochtú géine-léiriú agus turgnaimh thrasghéineacha, a léirigh príomhghéine chun fad muineál a rialú, CsFnl7.1.Ina theannta sin, fuarthas go raibh baint ag polymorphism i réigiún tionscnóra CsFnl7.1 le léiriú comhfhreagrach.Thug anailís bhreise fhileigineach le fios gur dócha gur ón India a tháinig lócas Fnl7.1.
 Mapáil QTL in anailís BSA chun réigiún iarrthóra a bhaineann le fad muineál cúcamar a shainaithint |  Próifílí LOD de QTL fad muineál cúcamar aitheanta ar Chr07 |
Xu, X. , et al.“Comhdaíonn an tréith chainníochtúil mór-éifeacht lócas Fnl7.1 próitéin flúirseach embryogenesis déanach a bhaineann le fad muineál torthaí i gcúcamar.”Iris Biteicneolaíochta Plandaí 18.7(2020).
