Géanómaíocht Chomparáideach
Buntáistí Seirbhíse
●Saineolas fairsing agus taifid fhoilsitheoireachtaLe carnadh, tá breis is 90 tionscadal géanómaíochta comparáideach curtha i gcrích ag BMKGene, agus tá fachtóir tionchair charnach bainte amach aige de 900.
●Anailís chuimsitheach bithfhaisnéiseTá na hocht n-anailís is coitianta a bhíonn ag teastáil sa phacáiste anailísí, rud a sholáthraíonn figiúirí dea-dheartha atá réidh le foilsiú agus a chuireann ar chumas léirmhíniú éasca a dhéanamh ar na torthaí.
●Foireann bithfhaisnéisíochta ardcháilithe agus timthriall anailíse gearrLe taithí mhór in anailís chomparáideach ghéanómach, comhlíonann foireann BMKGene riachtanais éagsúla anailíse pearsantaithe i mbeagán ama.
●Tacaíocht Iar-Dhíolacháin:Síneann ár dtiomantas níos faide ná críochnú tionscadail le tréimhse seirbhíse iar-díola 3 mhí. Le linn an ama seo, cuirimid obair leantach tionscadail, cúnamh le fabhtcheartú, agus seisiúin C&F ar fáil chun aon cheisteanna a bhaineann leis na torthaí a fhreagairt.
Sonraíochtaí Seirbhíse
| Am tiontaithe measta | Líon na speiceas | Anailísí |
| 30 lá oibre | 6 - 12 | Braisliú teaghlaigh géine Leathnú agus crapadh an teaghlaigh géine Tógáil crann filigéineach Meastachán ama diallais (calabrú iontaise ag teastáil) Am isteach LTR (Do phlandaí) Dúbailt an ghéanóim iomláin (do phlandaí) Brú roghnach Anailís shintéise |
Anailísí bithfhaisnéise
● Teaghlach géine
● Fíligéineolaíocht
● Am diallais
● Brú roghnach
● Anailís shintéise
Riachtanais Shamplacha agus Seachadadh
Riachtanais Shamplacha:
Fíochán nó DNA le haghaidh seicheamhú agus tionól an ghéanóim
Le haghaidh Fíocháin
| Speicis | Fíochán | Suirbhé | PacBio CCS |
| Ainmhí | Fíochán visceral | 0.5 ~ 1g | ≥ 3.5 g |
| Fíochán matáin | |||
| ≥ 5.0 g | |||
| ≥ 5.0 ml | |||
| Fuil mamaigh | |||
| ≥ 0.5 ml | |||
| Fuil éanlaithe clóis/éisc | |||
| Plandaí | Duilleog Úr | 1 ~ 2g | ≥ 5.0 g |
| Peitil/Gas | 1 ~ 2g | ≥ 10.0 g | |
| Fréamh/Síol | 1 ~ 2g | ≥ 20.0 g | |
| Cealla | Ceall saothraithe | - | ≥ 1 x 108 |
Sonraí
Comhaid seicheamh géanóim (.fasta) agus comhaid anótála (.gff3) de speicis atá gaolmhar go dlúth
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Dearadh turgnaimh
Seachadadh samplach
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
*Is ó ghéanóim a foilsíodh le Biomarker Technologies na torthaí taispeána uile a thaispeántar anseo
1. Meastachán ama iontrála LTR: Léirigh an figiúr dáileadh démhódach uathúil in amanna iontrála LTR-RTanna i ngéanóm seagal Weining, i gcomparáid le speicis eile. Tharla an buaic is déanaí thart ar 0.5 milliún bliain ó shin.
Li Guang et al.,Géineolaíocht Dúlra, 2021
2. Anailís fíligineachta agus teaghlaigh géine ar chayote (Sechium edule): Trí anailís a dhéanamh ar chayote agus na 13 speiceas gaolmhara eile sa teaghlach géine, fuarthas amach gurbh é an gaol ba dhlúithe a bhí ag chayote le gourd nathrach (Trichosanthes anguina). Díorthaíodh chayote ó gourd nathrach thart ar 27-45 Mya agus breathnaíodh dúbláil an ghéanóim iomláin (WGD) i chayote i 25 ± 4 Mya, arb é an tríú teagmhas WGD i cucuibitaceae é.
Fu A et al.,Taighde Gairneoireachta, 2021
3. Anailís shintéiseach: Fuarthas roinnt géinte a bhaineann le fíteahormóin i bhforbairt torthaí i gcáyote, i ngearrthóg nathrach agus i scuais. Tá an comhghaol idir caáyote agus scuais beagán níos airde ná an comhghaol idir caáyote agus ngearrthóg nathrach.
Fu A et al.,Taighde Gairneoireachta, 2021
4. Anailís ar theaghlaigh géine: Léirigh saibhriú KEGG ar leathnú agus crapadh theaghlaigh géine i ngéanóim G.thurberi agus G.davidsonii go raibh géinte a bhaineann le bithshintéis stéaróideach agus bithshintéis brassinosteroid leathnaithe.
Yang Z et al.,Bitheolaíocht BMC, 2021
5. Anailís ar dhúbláil an ghéanóim iomláin: Léirigh anailís ar dháileadh 4DTV agus Ks imeacht dúblála an ghéanóim iomláin. Léirigh buaicphointí intraspeiceas imeachtaí dúblála. Léirigh buaicphointí idirspeiceas imeachtaí speiceasúcháin. Léirigh an anailís, i gcomparáid leis na trí speiceas eile a bhfuil dlúthghaol acu, gur tharla dúbláil ghéine ar scála mór le déanaí in O. europaea.
Rao G et al.,Taighde Gairneoireachta, 2021
Cás BMK
Rós gan dealg: léargais gheanómacha nasctha le hoiriúnú taise
Foilsithe: Athbhreithniú Náisiúnta Eolaíochta, 2021
Straitéis seicheamhúcháin:
Basye'sGan dealga(R.)Wichurainan) géanóm:
Thart ar 93 X PacBio + thart ar 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Príomhthorthaí
1. Tógadh géanóm R.wichuraiana ardchaighdeáin ag baint úsáide as teicnící seicheamhaithe fadléite, rud a thugann tionól de 530.07 Mb (Meastar go raibh méid an ghéanóim thart ar 525.9 Mb de réir cíteiméadrachta sreafa agus 525.5 de réir suirbhé an ghéanóim; bhí an heitrisigeacht thart ar 1.03%). Ba é 93.9% scór measta BUSCO. I gcomparáid le “Old blush” (haploOB), dearbhaíodh cáilíocht agus iomláine an ghéanóim seo le cruinneas bonn aonair agus innéacs tionóil LTR (LAI=20.03). Tá 32,674 géin códaithe próitéine i ngéanóm R.wichuraiana.
2. Léirigh anailís chomhpháirteach il-ómach, ina raibh géanómaíocht chomparáideach, transcriptóimíocht, agus anailís QTL ar dhaonra géiniteach, an speiceasú ríthábhachtach idir R. wichuraiana agus Rosa chinensis. Chomh maith leis sin, is dócha go raibh baint ag éagsúlacht léirithe géinte gaolmhara i QTL le patrúnú dealg gais.
Léirigh anailís chomparáideach ghéanómach idir Rosa Basye;s Thornless agus Rosa chinensis, lena n-áirítear anailís shintéise, braisle teaghlaigh géine, anailís leathnúcháin agus crapadh, líon mór éagsúlachtaí a bhain le tréithe ríthábhachtacha i rósaí. Bhí seans maith ann go raibh baint ag an leathnú uathúil i dteaghlach géine NAC agus FAR1/FRS le friotaíocht in aghaidh spota dubh.
Anailís ghéanómach chomparáideach idir ghéanóim BT agus haploOB.
Zhong, M., et al. “Rós gan dealg: léargais gheanómacha nasctha le hoiriúnú taise”Athbhreithniú Náisiúnta Eolaíochta, 2021;, nwab092.
