Géanóm Chomparáideach
Buntáistí Seirbhíse
● Pacáiste anailíse cuimsitheach, ina bhfuil na hocht n-anailís is coitianta a theastaíonn
● Ard-iontaofacht san anailís le léirmhíniú mionsonraithe agus sothuigthe ar thorthaí
● Figiúirí dea-dheartha réidh le foilsiú
● Comhlíonann foireann bithfhaisnéisíochta ardoilte éilimh anailíse phearsantaithe éagsúla
● Am slánúcháin níos giorra le cruinneas níos airde san anailís
● Taithí fhlúirseach le níos mó ná 90 cás rathúil le fachtóir tionchair carntha os cionn 900
Sonraíochtaí Seirbhíse
| Am slánúcháin measta | Líon na speiceas | Anailísí |
| 30 lá oibre | 6 - 12 | Cnuasú teaghlaigh géine Leathnú agus crapadh teaghlaigh géine Tógáil crann phylogenetic Meastachán ama éagsúlachta (Calabrú iontaise de dhíth) Am ionsáite LTR (Do phlandaí) Dúbailt genome iomlán (Do phlandaí) Brú roghnach Anailís synteny |
Anailísí bithfhaisnéisíochta
● Teaghlach géine
● Phylogenetics
● Am éagsúlachta
● Brú roghnach
● Anailís synteny
Riachtanais Samplacha agus Seachadadh
Riachtanais Shamplacha:
Fíochán nó DNA le haghaidh seicheamhú agus cóimeáil ghéanóim
Don Fíochán
| Speiceas | Fíochán | Suirbhé | PacBio CCS |
| Ainmhí | Fíochán visceral | 0.5 ~ 1g | ≥ 3.5g |
| Fíochán muscle | |||
| ≥ 5.0g | |||
| ≥ 5.0mL | |||
| fuil mhamach | |||
| ≥ 0.5mL | |||
| Éanlaith chlóis/Fhuil éisc | |||
| Gléasra | Duilleog Úr | 1 ~ 2g | ≥ 5.0g |
| Peitil/Gas | 1 ~ 2g | ≥ 10.0g | |
| Fréamh/Síl | 1 ~ 2g | ≥ 20.0g | |
| Cealla | Ceall saothraithe | - | ≥ 1 x 108 |
Sonraí
comhaid seicheamh genome (. fasta) agus comhaid nótaí (. Gff3) de speicis a bhaineann go dlúth....
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Dearadh turgnaimh
Seachadadh samplach
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
*Tagann na torthaí taispeána a thaispeántar anseo ar fad ó ghéanóim a foilsíodh le Biomarker Technologies
1.LTR cuir isteach meastachán ama: Taispeántar an figiúr dáileadh uathúil bimodal in amanna ionsáite LTR-RTs i genome seagal Weining, i gcomparáid le speicis eile.Bhí an buaic is déanaí le feiceáil timpeall 0.5 milliún bliain ó shin.
Li Guang et al.,Géineolaíocht an Dúlra, 2021
2.Phylogeny agus anailís teaghlaigh géine ar chayote (Sechium edule): Trí anailís a dhéanamh ar chayote agus na 13 speiceas gaolmhar eile sa teaghlach géine, fuarthas amach go raibh gaol níos dlúithe ag Chayote le gourd nathair (Trichosanthes anguina).Chayote díorthaithe ó gourd nathair i thart ar 27-45 Mya agus breathnaíodh dúbailt genome iomlán (WGD) i chayote i 25±4 Mya, arb é an tríú imeacht WGD i cucuibitaceae.
Fu A et al.,Taighde Gairneoireachta, 2021
Anailís 3.Synteny: Fuarthas roinnt géinte a bhaineann le fítea-hormóin i bhforbairt torthaí i chayote, gourd nathair agus scuaise.Tá an comhghaol idir chayote agus squash beagán níos airde ná an comhghaol idir chayote agus gourd nathair.
Fu A et al.,Taighde Gairneoireachta, 2021
Anailís teaghlaigh 4.Gene: léirigh saibhriú KEGG ar leathnú agus crapadh teaghlaigh géine i genomes G.thurberi agus G.davidsonii gur leathnaíodh biosintéis steroid agus biosintéis brassinosteroid géinte a bhaineann le bithshintéis.
Yang Z et al.,Bitheolaíocht BMC, 2021
Anailís dúbailt genome 5.Whole: léirigh anailís dáileacháin 4DTV agus KS imeacht dúbailt ghéanóim iomlán.Léirigh buaiceanna intraspeicis teagmhais dúblála.Léirigh buaiceanna idirspeicis imeachtaí speiceasachta.Thug an anailís le fios go ndearnadh dúbailt ghéin ar scála mór le déanaí i gcomparáid leis na trí speiceas eile a bhfuil dlúthbhaint acu leo, O. europaea.
Rao G et al.,Taighde Gairneoireachta, 2021
Cás BMK
Rose gan prickle: léargais ghéanómacha atá nasctha le hoiriúnú taise
Foilsithe: Athbhreithniú Náisiúnta Eolaíochta, 2021
Straitéis seicheamhaithe:
‘Basye’sgan dealg' (R.Wichurainan) genome:
Thart.93 X PacBio + thart.90 X Nanópóir + 267 X Illumina
Príomhthorthaí
1. Tógadh genome R.wichuraiana ardchaighdeáin ag baint úsáide as teicníochtaí seicheamhaithe fada-léite, a thugann comhthionól de 530.07 Mb (Bhí méid géanóm measta thart ar 525.9 Mb de réir cíteiméadracht sreafa agus 525.5 de réir suirbhé géanóim; Bhí heterozygosity thart ar 1.03%).Ba é an scór measta BUSCO ná 93.9%.I gcomparáid le “Old blush” (haploOB), deimhníodh cáilíocht agus iomláine an ghéanóm seo le cruinneas bonn-aonair agus innéacs cóimeála LTR (LAI=20.03).Tá 32,674 géinte códaithe próitéine i ngéanóm R.wichuraiana.
2.Multi-omics anailís chomhpháirteach, comhdhéanta de géanóm comparáideach, transcriptomics, QTL anailís daonra géiniteach, léirigh an speciation ríthábhachtach idir R. wichuraiana agus Rosa chinensis.Chomh maith leis sin, ba dhócha go raibh baint ag éagsúlacht slonn na ngéinte gaolmhara in QTL le pátrún priacail gas.
Nocht anailís chomparáideach géanóm idir Basye;s Thornless agus Rosa chinensis lena n-áirítear anailís shintéise, braisle teaghlaigh géine, fairsingiú agus anailís crapadh, líon mór éagsúlachtaí, a bhain le tréithe ríthábhachtacha na rósaí.Is beag seans go raibh baint ag an leathnú uathúil i dteaghlach géine NAC agus FAR1/FRS le frithsheasmhacht in aghaidh an spota dubha.
Anailís géanóm chomparáideach idir géanóim BT agus haploOB.
Zhong, M. , et al.“Rose without prickle: léargais ghéanómacha atá nasctha le hoiriúnú taise”Athbhreithniú Náisiúnta Eolaíochta, 2021;, nwab092.
