BMKCloud Log in
条形meirge-03

Táirgí

Seicheamh mRNA lánfhad -PacBio

De nuaseicheamh tras-scríobhaithe lánfhad, ar a dtugtar freisinDe nuaGlacann Iso-Seq na buntáistí a bhaineann le seicheamhóir PacBio ó thaobh fad léite, rud a chuireann ar chumas móilíní cDNA lán-fhad a sheicheamhú gan aon bhriseadh.Seachnaíonn sé seo go hiomlán aon earráidí a ghintear sna céimeanna tionóil tras-scríofa agus tógann sé tacair unigene le taifeach ar leibhéal isoform.Soláthraíonn an tacar unigéin seo faisnéis ghéiniteach chumhachtach mar “ghéanóm tagartha” ag leibhéal na tras-trascríobhaí.Ina theannta sin, agus í ag comhcheangal le sonraí seicheamhaithe na chéad ghlúine eile, cumasaíonn an tseirbhís seo cainníochtú beacht ar shloinneadh ar leibhéal isoform.

Ardán: PacBio Sequel II
Leabharlann: SMRT bell library

  • :
  • Sonraí Seirbhíse

    Torthaí Taispeána

    Cás-staidéar

    Buntáistí Seirbhíse

    2

    ● Léamh díreach amach an mhóilín cDNA lánfhad ó 3'- deireadh go deireadh 5'-

    ● Taifeach leibhéal an iso-fhoirm i struchtúr seichimh

    ● Athscríbhinní le cruinneas agus sláine ard

    ● An-chomhoiriúnach do speicis vaiours

    ● Cumas seicheamhaithe mór le 4 ardán seicheamhaithe PacBio Sequel II feistithe

    ● An-taithí acu le breis is 700 tionscadal seicheamhaithe RNA bunaithe ar Pacbio-bhunaithe

    ● Seachadadh torthaí bunaithe ar BMKCloud: Mianadóireacht sonraí saincheaptha ar fáil ar an ardán.

    ● Seirbhísí iar-díola bailí ar feadh 3 mhí ar chríochnú an tionscadail

    Sonraíochtaí Seirbhíse

    Ardán: PacBio Sequel II

    Leabharlann seicheamhaithe: Leabharlann mRNA polai-A- saibhrithe

    Toradh sonraí molta: 20 Gb/sampla (Ag brath ar speiceas)

    FLNC (%): ≥75%

    *FLNC: Trascipéid neamhchiméireacha lánfhad

    Anailísí bithfhaisnéisíochta

    ● Próiseáil sonraí amh
     
    ● Aithint tras-scríbhinne
     
    ● Struchtúr seicheamhach
     
    ● Cainníochtú Slonn
     
    ● Anótáil Feidhme

    pacbio lánfhad

    Riachtanais Samplacha agus Seachadadh

    Riachtanais Shamplacha:

    Núicléatídí:

    Conc.(ng/μl)

    Méid (μg)

    Íonachta

    Ionracas

    ≥ 120

    ≥ 0.6

    OD260/280=1.7-2.5

    OD260/230=0.5-2.5

    Éilliú próitéine nó DNA teoranta nó gan aon a thaispeáint ar fhoirmiú.

    Do phlandaí: RIN≥7.5;

    I gcás ainmhithe: RIN≥8.0;

    5.0≥ 28S/18S≥1.0;

    ingearchló bunlíne teoranta nó gan aon

    Fíochán: Meáchan(tirim):≥1 g
    * I gcás fíocháin níos lú ná 5 mg, molaimid sampla fíocháin reoite (i nítrigin leachtach) a sheoladh.

    Fionraí cille:Comhaireamh cille = 3×106- 1×107
    * Molaimid lysate cille reoite a longáil.Sa chás go n-áireofar an chill sin níos lú ná 5×105, moltar flash reoite i nítrigine leachtach, rud is fearr le haghaidh micrea-eastóscadh.

    Samplaí fola:Toirt ≥1 mL

    Miocrorgánach:Mais ≥ 1 g

    Seachadadh Samplach Molta

    Coimeádán:
    Feadán lártheifneoir 2 ml (ní mholtar scragall stáin)
    Lipéadú samplach: Grúpa+ a mhacasamhlú m.sh. A1, A2, A3;B1, B2, B3...

    Loingsiú:

    1. Oighear tirim: Ní mór samplaí a phacáil i málaí agus a chur faoi oighear tirim.
    2. Feadáin RNAstable: Is féidir samplaí RNA a thriomú i bhfeadán cobhsaíochta RNA (m.sh. RNAstable®) agus a sheoladh i dteocht an tseomra.

    Sreabhadh Oibre Seirbhíse

    QC samplach

    Dearadh turgnaimh

    seachadadh samplach

    Seachadadh samplach

    Turgnamh píolótach

    eastóscadh RNA

    Ullmhúchán Leabharlainne

    Tógáil leabharlainne

    Seicheamhú

    Seicheamhú

    Anailís sonraí

    Anailís sonraí

    Seirbhísí tar éis díol

    Seirbhísí iar-díola


  • Roimhe Seo:
  • Ar Aghaidh:

  • Dáileadh fad 1.FLNC

    Léiríonn fad an léite neamhchiméireach lánfhad (FLNC) fad an cDNA i dtógáil na leabharlainne.Is táscaire ríthábhachtach é dáileadh faid FLNC maidir le cáilíocht na tógála leabharlainne a mheas.

    mRNA-FLNC-léamh-fad-dáileadh

    Dáileadh fad léite FLNC

    Dáileadh fad réigiúin 2.Complete ORF

    Bainimid úsáid as TransDecoder chun réigiúin códaithe próitéine agus seichimh aimínaigéad comhfhreagracha a thuar chun tacair unigéinéin a ghiniúint, ina bhfuil faisnéis tras-scríbhinní iomlán neamh-iomarcach i ngach sampla.

    mRNA-Comhlánaigh-ORF-fad-dáileadh

    Dáileadh fad réigiúin ORF i gcrích

    Anailís saibhrithe cosán 3.KEGG

    Is féidir tras-scríbhinní arna gcur in iúl go difreálach (DETanna) a shainaithint trí shonraí seicheamhaithe RNA atá bunaithe ar NGS a ailíniú ar thacair tras-scríbhinní lánfhad ginte ag sonraí seicheamhaithe PacBio.Is féidir na DETanna seo a phróiseáil tuilleadh le haghaidh anailíse feidhmiúcháin éagsúla, m.sh. anailís saibhrithe conair KEGG.

    mRNA-DEG-KEGG-cosán-saibhrithe

    Saibhriú cosán DET KEGG -Plota ponc

    Cás BMK

    An dinimic forbraíochta an Populus gas transcriptome....

    Foilsithe: Iris Biteicneolaíochta Plandaí, 2019

    Straitéis seicheamhaithe:
    Bailiúchán samplaí:Réigiúin ghas: apex, an chéad idirnóid (IN1), an dara idirnóid (IN2), an tríú idirnóid (IN3), idirnóid (IN4) agus idirnóid (IN5) ó Nanlin895
    seicheamh NGS:Comhthiomsaíodh RNA de 15 duine mar shampla bitheolaíoch amháin.Próiseáladh trí mhacasamhlú bhitheolaíocha de gach pointe le haghaidh seicheamh NGS
    seicheamh TGS:Roinneadh réigiúin gas i dtrí réigiún, ie apex, IN1-IN3 agus IN4-IN5.Próiseáladh gach réigiún le haghaidh seicheamhú PacBio le ceithre chineál leabharlann: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb agus 3-10 kb.

    Príomhthorthaí

    1. Sainaithníodh 87150 tras-scríbhinn lánfhad, inar aithníodh 2081 isfhoirm úrscéalta agus 62058 isfhoirmeach splice malartach úrnua.
    Aithníodh 2.1187 lncRNA agus 356 géinte comhleá.
    3. Ó fhás príomhúil go fás tánaisteach, aithníodh 15838 tras-scríbhinní a cuireadh in iúl go difreálach ó 995 géinte a cuireadh in iúl go difreálach.I ngach DEG, ba fhachtóirí trascríobh iad 1216, agus níor tuairiscíodh an chuid is mó díobh fós.
    Léirigh anailís saibhrithe 4.GO tábhacht a bhaineann le rannán cille agus próiseas laghdaithe ocsaídiúcháin i bhfás bunscoile agus meánscoile.

    • PB-lánfhad-RNA-Seicheamhú-cás-staidéar

      Imeachtaí splicing malartacha agus isoforms éagsúla

    • PB-lánfhad-RNA-malartach-splicing

      Anailís WGCNA ar fhachtóirí trascríobh

    Tagairt

    Chao Q, Gao ZF, Zhang D, et al.An dinimic forbraíochta an Populus gas transcriptome....Biteicneolaíocht Plandaí J. 2019; 17(1):206-219.doi:10.1111/pbi.12958

    fháil ceanglófar

    Scríobh do theachtaireacht anseo agus seol chugainn é

    Seol do theachtaireacht chugainn: