Seicheamhú mRNA lánfhaid -PacBio
Gnéithe
● Sintéis cDNA ó mRNA pola-A agus ansin ullmhú leabharlainne
● Seicheamhú i mód CCS, ag giniúint léamha HiFi
● Seicheamhú na dtrascríbhinní iomlána
● Ní gá géanóm tagartha a úsáid don anailís; áfach, féadfar é a úsáid
● Cumasaíonn anailís bhithfhaisnéiseach anailís ar thrascríbhinní isoform lncRNA, comhleá géine, pola-adenylation, agus struchtúr géine
Buntáistí Seirbhíse
●Cruinneas ArdLéann HiFi le cruinneas >99.9% (Q30), inchomparáide le NGS
● Anailís Splicála MalartachCuireann seicheamhú na dtrascríbhinní iomlána ar chumas sainaithint agus tréithriú isoform
●Saineolas fairsingLe taifead ar bhreis is 1100 tionscadal transcriptome lánfhaid PacBio a chríochnú agus breis is 2300 sampla a phróiseáil, tugann ár bhfoireann taithí fhairsing chuig gach tionscadal.
●Tacaíocht Iar-Dhíolacháin: síneann ár dtiomantas níos faide ná críochnú tionscadail le tréimhse seirbhíse iar-díola 3 mhí. Le linn an ama seo, cuirimid obair leantach tionscadail, cúnamh le fabhtcheartú, agus seisiúin C&F ar fáil chun aon cheisteanna a bhaineann leis na torthaí a fhreagairt.
Riachtanais Shamplacha agus Seachadadh
| Leabharlann | Straitéis seicheamhúcháin | Sonraí molta | Rialú Cáilíochta |
| Leabharlann CCS mRNA saibhrithe le PolyA | PacBio Seicheamh II PacBio Revio | 20/40 GB 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Riachtanais Shamplacha:
Núicléatídí:
● Plandaí:
Fréamh, Gas nó Peitil: 450 mg
Duilleog nó Síol: 300 mg
Torthaí: 1.2 g
● Ainmhí:
Croí nó Stéig: 300 mg
Intinn nó Inchinn: 240 mg
Matán: 450 mg
Cnámha, Gruaig nó Craiceann: 1g
● Artrapóid:
Feithidí: 6g
Crústaigh: 300 mg
● Fuil iomlán1 feadán
● Cealla: 106 cealla
| Tiúchan (ng/μl) | Méid (μg) | Íonacht | Ionracas |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Éilliú próitéine nó DNA teoranta nó gan aon éilliú ar bith le feiceáil ar an glóthach. | Do phlandaí: RIN≥7.5; I gcás ainmhithe: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; airde bonnlíne teoranta nó gan aon airde bunlíne |
Seachadadh Samplach Molta
Coimeádán: Feadán lártheifneoir 2 ml (Ní mholtar scragall stáin)
Lipéadú samplach: Grúpáil+macasamhail m.sh. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Loingsiú:
1. Oighear tirim: Ní mór samplaí a phacáil i málaí agus a adhlacadh in oighear tirim.
2. Feadáin RNAstable: Is féidir samplaí RNA a thriomú i bhfeadán cobhsaíochta RNA (m.sh. RNAstable®) agus a sheoladh ag teocht an tseomra.
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Dearadh turgnaimh
Seachadadh samplach
Eastóscadh RNA
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
Áirítear an anailís seo a leanas:
● Rialú cáilíochta sonraí amh
● Anailís Phola-adéinilithe Malartach (APA)
● Anailís tras-scríbhinne comhleá
● Anailís Splicála Malartach
● Anailís tagarmharcála ar Ortólagáin Aonchóipe Uilíocha (BUSCO)
● Anailís trascríbhinne úrnua: réamhaisnéis seichimh chódaithe (CDS) agus anótáil fheidhmiúil
● anailís lncRNA: réamhaisnéis lncRNA agus spriocanna
● Aitheantas Micreasatailíte (SSR)
Anailís BUSCO
Anailís Splicála Malartach
Anailís Phola-adenailithe Malartach (APA)
Anótáil fheidhmiúil ar thrascríbhinní úrscéalta
Scrúdaigh na dul chun cinn atá éascaithe ag seirbhísí seicheamhú mRNA lánfhaid Nanopore de chuid BMKGene sa fhoilseachán seo.
Ma, Y. et al. (2023) 'Anailís chomparáideach ar mhodhanna seicheamhúcháin RNA PacBio agus ONT chun nimh Nemopilema Nomurai a aithint', Genomics, 115(6), lch. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) 'Dinimic fhorbartha trascríptóm gas Populus', Iris Bhiththeicneolaíochta Plandaí, 17(1), lgh 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Athruithe Dinimiciúla in Ábhar Aigéid Ascorbaigh le linn Forbairt agus Aibiú Torthaí Actinidia latifolia (Barra Torthaí Saibhir in Ascorbáit) agus na Meicníochtaí Móilíneacha Gaolmhara', Iris Idirnáisiúnta na nEolaíochtaí Móilíneacha, 23(10), lch. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Réamhthuar éifeachtach ar ghéinte conaire bithshintéiseacha atá bainteach le polaifillíní bithghníomhacha i bpolaifile Pháras', Bitheolaíocht Chumarsáide 2022 5:1, 5(1), lgh 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Anailís Chomhcheangailte PacBio Iso-Seq agus Illumina RNA-Seq ar Ghéinte Tras-scríbhinn Tuta absoluta (Meyrick) agus Cytochrome P450', Insects, 14(4), lch. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Suirbhé ar chastacht trascríbhinní ag baint úsáide as anailís fhíor-ama aon-mhóilín PacBio in éineacht le seicheamhú RNA Illumina chun tuiscint níos fearr a fháil ar bhiósintéis aigéid ricinolaigh i Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), lgh 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
