Géineolaíocht Éabhlóideach
Buntáistí Seirbhíse
Takagi et al.,An iris plandaí, 2013
● Am agus luas éagsúlachta speiceas a mheas bunaithe ar éagsúlachtaí ag leibhéal na núicléitíde agus aimínaigéid
● Nochtadh gaol fíolaigineach níos iontaofa idir speicis le tionchar íoslaghdaithe na héabhlóide cóineasaithe agus na héabhlóide comhthreomhara
● Naisc a chruthú idir athruithe géiniteacha agus feinitíopaí chun géinte a bhaineann le tréithe a aimsiú
● Éagsúlacht ghéiniteach a mheas, a léiríonn poitéinseal éabhlóideach speiceas
● Am slánúcháin níos tapúla
● Taithí fhairsing: Tá taithí ollmhór carntha ag BMK i dtionscadail a bhaineann le daonra agus éabhlóideach le breis agus 12 bliain, ag clúdach na céadta speiceas, srl.
Sonraíochtaí Seirbhíse
Ábhair:
De ghnáth, moltar ar a laghad trí fhodhaonra (m.sh. fospeicis nó tréithchineálacha).Níor cheart go mbeadh níos lú ná 10 nduine i ngach fo-dhaonra (Is féidir plandaí ＞15, a laghdú do speicis neamhchoitianta).
Straitéis seicheamhaithe:
* Is féidir WGS a úsáid do speicis a bhfuil géanóm tagartha ardcháilíochta acu, agus tá SLAF-Seq infheidhme maidir le speicis a bhfuil géanóm tagartha acu nó nach bhfuil, nó géanóm tagartha de dhrochcháilíocht.
| Infheidhme maidir le méid genome | WGS | SLAF-Clibeanna (×10,000) |
| ≤ 500 Mb | 10 × / duine aonair | Moltar WGS níos mó |
| 500 Mb - 1 Gb | 10 | |
| 1 Gb - 2 Gb | 20 | |
| ≥2 Gb | 30 |
Anailísí bithfhaisnéisíochta
● Anailís éabhlóideach
● Scuabadh roghnach
● Sreabhadh géine
● Stair dhéimeagrafach
● Am éagsúlachta
Riachtanais Samplacha agus Seachadadh
Riachtanais Shamplacha:
| Speiceas | Fíochán | WGS-NGS | SLAF |
| Ainmhí
| Fíochán visceral |
0.5~1g
|
0.5g
|
| Fíochán muscle | |||
| fuil mhamach | 1.5mL
| 1.5mL
| |
| Éanlaith chlóis/Fhuil éisc | |||
| Gléasra
| Duilleog Úr | 1~2g | 0.5~1g |
| Peitil/Gas | |||
| Fréamh/Síl | |||
| Cealla | Ceall saothraithe |
| gDNA | Tiúchan | Méid (ug) | OD260/OD280 |
| SLAF | ≥35 | ≥1.6 | 1.6-2.5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0.1 | - |
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Dearadh turgnaimh
Seachadadh samplach
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
*Is ó ghéanóim a foilsíodh le BMKGENE na torthaí taispeána a thaispeántar anseo
Cuimsíonn anailís 1.Evolution tógáil crann phylogenetic, struchtúr daonra agus PCA bunaithe ar éagsúlachtaí géiniteacha.
Is ionann crann fylogenetic agus caidreamh tacsanomaíoch agus éabhlóideach i measc speiceas le sinsear coitianta.
Tá sé mar aidhm ag PCA cé chomh gar agus atá na fo-dhaonraí a fheiceáil.
Léiríonn struchtúr daonra láithreacht fo-dhaonra atá sainiúil go géiniteach i dtéarmaí minicíochtaí ailléil.
Chen, et.al.,PNAS, 2020
2.Sweet Roghnach
Tagraíonn scuabadh roghnaíoch do phróiseas trína roghnaítear láithreán buntáisteach agus ina n-ardaítear minicíochtaí suíomhanna neodracha nasctha agus laghdaítear líon na suíomhanna neamhnasctha, rud a fhágann go laghdaítear líon réigiúnach.
Próiseáiltear braite ar fud an ghéinóim ar réigiúin roghnacha scuabtha trí innéacs géiniteach daonra （π，Fst, Tajima's D) de gach SNP a ríomh laistigh d'fhuinneog sleamhnáin (100 Kb) ag céim áirithe (10 Kb).
Éagsúlacht núicléitíde(π）
D. Tajima
Innéacs fosaithe(Fst)
Wu, et.al.,Gléasra Móilíneach, 2018
Sreabhadh 3.Gene
Wu, et.al.,Gléasra Móilíneach, 2018
Stair 4.Demographic
Zhang, et.al.,Éiceolaíocht & Éabhlóid an Dúlra, 2021
Am 5.Divergence
Zhang, et.al.,Éiceolaíocht & Éabhlóid an Dúlra, 2021
Cás BMK
Soláthraíonn léarscáil éagsúlachta géanómaíochta léargais ar bhunús géiniteach roghnú cabáiste Síneach Earraigh (Brassica rapa ssp. Pekinensis)
Foilsithe: Gléasra Móilíneach, 2018
Straitéis seicheamhaithe:
Seicheamhú: doimhneacht seicheamhaithe: 10 ×
Príomhthorthaí
Sa staidéar seo, próiseáladh 194 cabáiste Síneach le haghaidh athsheichimh le meándoimhneacht 10 ×, rud a thug 1,208,499 SNP agus 416,070 InDels.Léirigh anailís phylogenetic ar na 194 líne seo gur féidir na línte seo a roinnt i dtrí éiceachló, an t-earrach, an samhradh agus an fhómhar.Ina theannta sin, léirigh struchtúr daonra agus anailís PCA gur tháinig cabáiste earrach na Síne ó chabáiste an fhómhair i Shandong, an tSín.Tugadh isteach iad go dtí an Chóiré agus an tSeapáin ina dhiaidh sin, thrasnaigh le línte áitiúla agus tugadh roinnt cineálacha déanach-bolting ar ais go dtí an tSín agus ar deireadh rinneadh cabáiste Síneach Earraigh.
Nocht scanadh ar fud an ghéinóim ar chabáistí na Síne san earrach agus cabáiste an fhómhair ar an roghnú 23 loci géanómacha a chuaigh trí roghnú láidir, dhá cheann acu a bhí forluite le réigiún rialaithe ama boltaí bunaithe ar léarscáiliú QTL.Fuarthas amach go raibh príomhghéinte sa dá réigiún seo a rialaíonn bláthanna, BrVIN3.1 agus BrFLC1.Deimhníodh freisin go raibh baint ag an dá ghéin seo le ham boltaithe trí staidéar tras-ghineach agus trí thurgnaimh thrasghineacha.
 Anailís ar struchtúr daonra ar cabáiste na Síne |  eolas géiniteach ar roghnú cabáiste Síne.... |
Tongbing, et al.“Soláthraíonn Léarscáil Athraithe Géanómaíochta Léargais ar Bhunús Géiniteach Roghnú Cabáiste Síneach an Earraigh (Brassica rapa ssp.pekinensis).”Plandaí Móilíneach,11(2018): 1360-1376.
