Seicheamhú mRNA Lánfhaid-Nanopore
Gnéithe
● Gabháil mRNA poly-A agus ansin sintéis cDNA agus ullmhú leabharlainne
● Seicheamhú na dtrascríbhinní iomlána
● Anailís bhithfhaisnéiseach bunaithe ar ailíniú le géanóm tagartha
● Áirítear leis an anailís bhithfhaisnéiseach ní hamháin léiriú ag leibhéal na ngéine agus na n-iseafoirm ach anailís ar lncRNA, comhleá géine, pola-adenylation agus struchtúr géine freisin
Buntáistí Seirbhíse
●Cainníochtú an léirithe ag leibhéal an isoform: anailís mhionsonraithe agus chruinn ar an léiriú géine a chumasú, ag nochtadh athrú a d'fhéadfadh a bheith ceilte agus an léiriú géine iomlán á anailísiú
●Éilimh Sonraí Laghdaithe:I gcomparáid le Seicheamhú an Chéad Ghlúin Eile (NGS), taispeánann seicheamhú nanopore riachtanais sonraí níos ísle, rud a cheadaíonn leibhéil choibhéiseacha de sháithiúlacht cainníochtúcháin géinléirithe le sonraí níos lú.
●Cruinneas níos airde maidir le cainníochtú léirithe: ag leibhéal an ghéin agus an isoform araon
●Aitheantas faisnéise trascríbhinníomaí breisepola-adenylation malartach, géinte comhleá agus lcnRNA agus a ngéinte sprice
●Saineolas fairsingTugann ár bhfoireann réimse leathan taithí chuig gach tionscadal, agus tá breis is 850 tionscadal transcriptome lánfhaid Nanopore curtha i gcrích acu agus breis is 8,000 sampla próiseáilte acu.
●Tacaíocht Iar-Dhíolacháin: síneann ár dtiomantas níos faide ná críochnú tionscadail le tréimhse seirbhíse iar-díola 3 mhí. Le linn an ama seo, cuirimid obair leantach tionscadail, cúnamh le fabhtcheartú, agus seisiúin C&F ar fáil chun aon cheisteanna a bhaineann leis na torthaí a fhreagairt.
Riachtanais Shamplacha agus Seachadadh
| Leabharlann | Straitéis seicheamhúcháin | Sonraí molta | Rialú Cáilíochta |
| Polai A saibhrithe | Nanopore PromethION 48 | 6/12 GB | Meánscór cáilíochta: Q10 |
Riachtanais Shamplacha:
Núicléatídí:
| Tiúchan (ng/μl) | Méid (μg) | Íonacht | Ionracas |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Éilliú próitéine nó DNA teoranta nó gan aon éilliú ar bith le feiceáil ar an glóthach. | Do phlandaí: RIN≥7.0; I gcás ainmhithe: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; airde bonnlíne teoranta nó gan aon airde bunlíne |
● Plandaí:
Fréamh, Gas nó Peitil: 450 mg
Duilleog nó Síol: 300 mg
Torthaí: 1.2 g
● Ainmhí:
Croí nó Stéig: 300 mg
Intinn nó Inchinn: 240 mg
Matán: 450 mg
Cnámha, Gruaig nó Craiceann: 1g
● Artrapóid:
Feithidí: 6g
Crústaigh: 300 mg
● Fuil iomlán1 feadán
● Cealla: 106 cealla
Seachadadh Samplach Molta
Coimeádán: feadán lártheifneoir 2 ml (Ní mholtar scragall stáin)
Lipéadú samplach: Grúpáil+macasamhail m.sh. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Loingsiú:
1. Oighear tirim: Ní mór samplaí a phacáil i málaí agus a adhlacadh in oighear tirim.
2. Feadáin RNAstable: Is féidir samplaí RNA a thriomú i bhfeadán cobhsaíochta RNA (m.sh. RNAstable®) agus a sheoladh ag teocht an tseomra.
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Núicléatídí:
Seachadadh samplach
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Fíochán:
Dearadh turgnaimh
Seachadadh samplach
Eastóscadh RNA
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
● Próiseáil sonraí amh
● Aitheantas trascríbhinne
● Splicáil mhalartach
● Cainníochtú léirithe i leibhéal géine agus leibhéal isoform
● Anailís ar léiriú difreálach
● Anótáil agus saibhriú feidhme (DEGanna agus DETanna)
Anailís splicála malartach
Anailís Phola-adenailithe Malartach (APA)
réamhaisnéis lncRNA
Anótáil géinte úrscéalta
Braisliú DETanna
Líonraí Próitéine-Próitéine i DEGanna
Déan iniúchadh ar na dul chun cinn atá éascaithe ag seirbhísí seicheamhú mRNA lánfhaid Nanopore de chuid BMKGene trí bhailiúchán coimeádta foilseachán.
Gong, B. et al. (2023) 'Gníomhachtú eipigéiniteach agus trascríobhach an chináis rúnda FAM20C mar oncogene i glioma', Iris na Géineolaíochta agus an Ghéanómaíochta, 50(6), lgh 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. et al. (2023) 'Nochtann seicheamhú trascríptóim iomlán ar fhreagróirí limficítí do IFN-γ freagairt imdhíonachta claonta Th1 i leathóg (Paralichthys olivaceus)', Imdhíoneolaíocht Éisc & Sliogéisc, 134, lch. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'Anailís chomparáideach ar mhodhanna seicheamhúcháin RNA PacBio agus ONT chun nimh Nemopilema Nomurai a aithint', Genomics, 115(6), lch. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'Nochtann anailís nana-seq claonadh feidhmiúil difriúil idir eiseasóim agus micribhéisiclí díorthaithe ó hUMSC', Taighde agus Teiripe Cealla Gas, 14(1), lgh 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
