Nua Tionól Géanóim Fungal
Cuireann BMKGENE réitigh ildánacha ar fáil do ghéanóim fungasacha, ag freastal ar riachtanais taighde éagsúla agus ar iomláine an ghéanóim atá ag teastáil. Trí úsáid a bhaint as seicheamhú gearrléamh Illumina amháin, is féidir dréacht-ghéanóm a ghiniúint. Cuirtear léamha gearra agus seicheamhú fadaléamh ag baint úsáide as Nanopore nó Pacbio le chéile le haghaidh géanóm fungasach níos scagtha le contigs níos faide. Ina theannta sin, feabhsaíonn comhtháthú seicheamhú Hi-C na cumais tuilleadh, rud a chuireann ar chumas géanóm iomlán ar leibhéal crómasóim a bhaint amach.
Gnéithe Seirbhíse
Le trí rogha féideartha le roghnú astu ag brath ar an méid iomláine géanóim atá ag teastáil:
● Rogha Dréachta Géanóim: Seicheamhú gearrléite le Illumina NovaSeq PE150.
● Rogha Géanóim Mhín Fungasach:
Suirbhé Géanóim: Illumina NovaSeq PE150.
Tionól Géanóim: PacBio Revio (léamha HiFi) nó Nanopore PromethION 48.
● Géanóm Fungasach Leibhéal na gCrómasóm:
Suirbhé Géanóim: Illumina NovaSeq PE150.
Tionól Géanóim: PacBio Revio (léamha HiFi) nó Nanopore PromethION 48.
Ancaireáil contig le tionól Hi-C.
Buntáistí Seirbhíse
●Straitéisí Il-Sheicheamhúcháin atá ar FáilLe haghaidh spriocanna taighde agus riachtanais éagsúla maidir le hiomláine an ghéanóim
●Sreabhadh Oibre Bithfhaisnéise Iomlán:Áirítear leis seo tionól an ghéanóim agus tuar il-eilimintí geanómacha, anótáil géine feidhmiúla, agus ancaireacht contig.
●Saineolas fairsingLe breis is 12,000 géanóm miocróbach bailithe le chéile, tugann muid breis is deich mbliana de thaithí, foireann anailíse ard-oilte, ábhar cuimsitheach, agus tacaíocht iar-díolacháin den scoth.
●Tacaíocht Iar-Dhíolacháin:Síneann ár dtiomantas níos faide ná críochnú tionscadail le tréimhse seirbhíse iar-díola 3 mhí. Le linn an ama seo, cuirimid obair leantach tionscadail, cúnamh le fabhtcheartú, agus seisiúin C&F ar fáil chun aon cheisteanna a bhaineann leis na torthaí a fhreagairt.
Sonraíochtaí Seirbhíse
| Seirbhís | Straitéis Seicheamhúcháin | Rialú Cáilíochta |
| Dréacht-Ghéanóm | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Géanóm Mín | Suirbhé géanóim: Illumina PE150 50 x Tionól: PacBio HiFi 30x nó Nanopore 100x | N50 contig ≥1Mb (Pacbio Aoncheallach) N50 contig ≥2Mb (ONT Aoncheallach) N50 contig ≥500kb (Eile) |
| Géanóm leibhéal crómasóim | Suirbhé géanóim: Illumina PE150 50 x Tionól: PacBio HiFi 30x nó Nanopore 100x Tionól Hi-C 100x | Cóimheas ancaire contig >90%
|
Riachtanais Seirbhíse
| Tiúchan (ng/µL) | Méid iomlán (µg) | Toirt (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Fungas Aoncheallach: ≥3.5x1010 cealla
Fungas Macra: ≥10 g
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Seachadadh samplach
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
Áirítear an anailís seo a leanas:
Suirbhé Géanóim:
- Rialú cáilíochta sonraí seicheamhúcháin
- Meastachán an ghéanóim: méid, heitrisigéiseacht, eilimintí athchleachtacha
Tionól Géanóim Bhreá:
- Rialú Cáilíochta Sonraí Seicheamhúcháin
- De novoTionól
- Anailís ar Chomhpháirteanna Géanóim: Réamhaisnéis ar CDS agus ar ilghnéithe géanómacha
- Anótáil fheidhmiúil le bunachair shonraí ginearálta iolracha (GO, KEGG, srl.) agus bunachair shonraí ardleibhéil (CARD, VFDB, srl.)
Tionól Hi-C:
- Measúnú Leabharlann Hi-C.
- Contigs ag ancaireáil braisliú, ordú agus treoshuíomh
- Measúnú ar Thionól HI-C: Bunaithe ar ghéanóm tagartha agus léarscáil teasa
Suirbhé géanóim: dáileadh k-mer
Tionól an ghéanóim: anótáil homalógach géine (bunachar sonraí NR)
Tionól an ghéanóim: anótáil géine feidhmiúil (GO)
Déan iniúchadh ar na dul chun cinn atá éascaithe ag seirbhísí tionóil géanóm fungasach BMKGene trí bhailiúchán coimeádta foilseachán.
Hao, J. et al. (2023) 'Próifíliú ómach comhtháite ar an mbeacán míochaine Inonotus obliquus faoi dhálaí tumtha',Géanómaíocht BMC, 24(1), lgh 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. et al. (2023) 'Nochtann seicheamhú géanóim éabhlóid agus meicníochtaí pataigineacha pataigin na spota súl géar cruithneachta Rhizoctonia cerealis',An Irisleabhar Barra, 11(2), lgh. 405–416. do: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Acmhainní Géanóim do Cheithre Speiceas Clarireedia a Chruthaíonn Spota Dollar ar Fhéara Éagsúla',Galar Plandaí, 107(3), lgh 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'Fianaise Ghéiniteach agus Mhóilíneach ar Chóras Cúplála Teitreapholach sa Bheacán Inite Grifola frondosa',Irisleabhar na bhFungas, 9(10), lch. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
