Idirghníomhaíocht Crómatin bunaithe ar Hi-C
Gnéithe Seirbhíse
● Seicheamhú ar Illumina NovaSeq le PE150.
● Éilíonn an tseirbhís samplaí fíocháin, in ionad aigéid núicléasacha eastósctha, chun trasnascadh le formaildéad agus na hidirghníomhaíochtaí DNA-próitéine a chaomhnú.
● Baineann an turgnamh Hi-C le srianadh agus deisiú foircinn na gcríoch greamaitheach le biotin, agus ina dhiaidh sin déantar ciorclú ar na foircinn mhaola a eascraíonn as sin agus na hidirghníomhaíochtaí á gcaomhnú. Ansin, tarraingítear an DNA anuas le coirníní streptavidin agus íonaítear é le haghaidh ullmhú leabharlainne ina dhiaidh sin.
Buntáistí Seirbhíse
●Dearadh Einsím Srianta Optamach: chun éifeachtúlacht ard Hi-C a chinntiú ar speicis éagsúla le suas le 93% de phéirí idirghníomhaíochta bailí.
●Saineolas agus Taifid Fhoilsitheoireachta Fhairsinge:Tá taithí fhairsing ag BMKGene le >2000 tionscadal seicheamhúcháin Hi-C ó 800 speiceas éagsúil agus paitinní éagsúla. Os cionn 100 cás foilsithe le fachtóir tionchair charnach de bhreis is 900.
●Foireann Bhithfhaisnéisíochta Ard-oilte:le paitinní inmheánacha agus cóipchearta bogearraí le haghaidh turgnaimh Hi-C agus anailís sonraí agus bogearraí léirshamhlaithe sonraí féinfhorbartha.
●Tacaíocht Iar-Dhíolacháin:Síneann ár dtiomantas níos faide ná críochnú tionscadail le tréimhse seirbhíse iar-díola 3 mhí. Le linn an ama seo, cuirimid obair leantach tionscadail, cúnamh le fabhtcheartú, agus seisiúin C&F ar fáil chun aon cheisteanna a bhaineann leis na torthaí a fhreagairt.
●Anótáil ChuimsitheachÚsáidimid ilbhunachair shonraí chun na géinte a bhfuil athruithe sainaitheanta acu a anótáil go feidhmiúil agus an anailís saibhrithe chomhfhreagrach a dhéanamh, rud a thugann léargas ar ilthionscadail taighde.
Sonraíochtaí Seirbhíse
| Leabharlann | Straitéis Seicheamhúcháin | Aschur sonraí molta | Rún Comhartha Hi-C |
| Leabharlann Hi-C | Illumina PE150 | Lúb crómatin: 150x TAD: 50x | Lúb Crómatin: 10Kb TAD: 40Kb |
Riachtanais Seirbhíse
| Cineál samplach | Méid riachtanach |
| Fíochán ainmhithe | ≥2g |
| Fola Iomlán | ≥2mL |
| Fungais | ≥1g |
| Fíochán óg plandaí | 1g/ailchodán, moltar 2-4 ailichodán |
| Cealla Saothraithe | ≥1x107 |
Áirítear an anailís seo a leanas:
● Cáilíocht cáilíochta sonraí amh;
● Mapáil agus QC leabharlainne Hi-C: péirí idirghníomhaíochta bailí agus Easpónant Meathlaithe Idirghníomhaíochta (IDEanna);
● Próifíliú Idirghníomhaíochta ar fud an ghéanóim: anailís cis/trans agus léarscáil idirghníomhaíochta Hi-C;
● Anailís ar dháileadh urrann A/B;
● Aitheantas TADanna agus lúba crómatin;
● Anailís dhifreálach ar eilimintí struchtúir crómatin 3T i measc samplaí agus anótáil fheidhmiúil chomhfhreagrach ar ghéinte gaolmhara.
Dáileadh comhréir cis agus tras
Léarscáil teasa d'idirghníomhaíochtaí crómasómacha idir samplaí
Dáileadh ar fud an ghéanóim ar urranna A/B
Dáileadh lúb crómatin ar fud an ghéanóim
Amharcléiriú TADanna
Déan iniúchadh ar na dul chun cinn taighde a éascaítear le seirbhísí seicheamhú Hi-C BMKGene trí bhailiúchán coimeádta foilseachán.
Meng, T. et al. (2021) 'Aithníonn anailís chomparáideach chomhtháite il-ómach CA2 mar sprioc nua le haghaidh cordoma',Néar-Oncolaíocht, 23(10), lgh. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. et al. (2021) 'Tugann dí-eagrú agus athchóiriú 3T an ghéanóim léargas ar phataiginéis NAFLD trí sheicheamhú comhtháite Hi-C, Nanopore, agus RNA',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), lgh. 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
