BMKCloud Log in
条形meirge-03

Táirgí

Tionól Genome bunaithe ar Hi-C

Is modh é Hi-C atá deartha chun cumraíocht chromosóim a ghabháil trí idirghníomhaíochtaí fiafraithe bunaithe ar ghaireacht agus seicheamhú ard-thréchuir a chomhcheangal.Creidtear go bhfuil comhghaol diúltach idir déine na n-idirghníomhaíochtaí seo agus achar fisiceach ar chrómasóim.Mar sin, d’fhéadfadh sonraí Hi-C cnuasú, ordú agus treoshuíomh seicheamh cóimeáilte i ndréachtghéanóm a threorú agus iad siúd a ancaire ar líon áirithe crómasóim.Cumhachtaíonn an teicneolaíocht seo comhthionól géanóm ar leibhéal crómasóim in éagmais léarscáile géiniteach daonra-bhunaithe.Teastaíonn Hi-C ó gach géanóm.

Ardán: Illumina NovaSeq Platform / DNBSEQ


Sonraí Seirbhíse

Torthaí Taispeána

Cás-staidéar

Buntáistí Seirbhíse

1Prionsabal-de-Hi-C-seicheamh

Forbhreathnú ar Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Eolaíocht, 2009)

● Níl gá le daonra géiniteach a thógáil le haghaidh ancaireachta contig;
● Dlús marcóra níos airde as a leanann cóimheas ancaireachta contigs níos airde ag os cionn 90%;
● Cumasaíonn sé meastóireacht agus ceartúcháin ar chomhthionóil ghéanóim atá ann cheana;
● Am slánúcháin níos giorra le cruinneas níos airde i gcomhthionól genome;
● Taithí fhlúirseach le níos mó ná 1000 leabharlann Hi-C tógtha do bhreis is 500 speiceas;
● Níos mó ná 100 cás rathúla le fachtóir tionchair carntha os cionn 760;
● Comhthionól genome bunaithe ar Hi-C le haghaidh genome polyploid, baineadh amach ráta ancaireachta 100% sa tionscadal roimhe seo;
● Cóipchearta bogearraí agus paitinní intí le haghaidh turgnamh Hi-C agus anailís sonraí;
● Bogearraí tiúnadh sonraí físiúla féinfhorbartha, cuireann sé ar chumas gluaiseachta, aisiompú, chúlghairm agus athdhéanamh de láimh.

Sonraíochtaí Seirbhíse

 

Cineál Leabharlainne

 

 

Ardán


Léigh Fad
Straitéis a mholadh
Hi-C
Illumina NovaSeq
PE150
≥ 100X

Anailísí bithfhaisnéisíochta

● Rialú cáilíochta sonraí amh

● Rialú cáilíochta leabharlainne Hi-C

● Tionól genome bunaithe ar Hi-C

● Meastóireacht iar-thionóil

Sreabhadh oibre HIC

Riachtanais Samplacha agus Seachadadh

Riachtanais Shamplacha:

Ainmhí
Fungas
Plandaí

 

Fíochán reoite: 1-2g in aghaidh na leabharlainne
Cealla: 1 x 10^ 7 cill in aghaidh na leabharlainne
Fíochán reoite: 1g in aghaidh na leabharlainne
Fíochán reoite: 1-2g in aghaidh na leabharlainne

 

 
*Molaimid go láidir ar a laghad 2 slánuimhir (1 g an ceann) a sheoladh don turgnamh Hi-C.

Seachadadh Samplach Molta

Coimeádán: feadán lártheifneoir 2 ml (Ní mholtar scragall stáin)
Don chuid is mó de na samplaí, molaimid gan a chaomhnú in eatánól.
Lipéadú samplach: Ní mór samplaí a lipéadú go soiléir agus go bhfuil siad comhionann leis an bhfoirm faisnéise samplach a cuireadh isteach.
Loingsiú: Oighear tirim: Ní mór samplaí a phacáil i málaí ar dtús agus a chur faoi oighear tirim.

Sreabhadh Oibre Seirbhíse

QC Samplach

Dearadh turgnaimh

seachadadh samplach

Seachadadh samplach

Turgnamh píolótach

eastóscadh DNA

Ullmhúchán Leabharlainne

Tógáil leabharlainne

Seicheamhú

Seicheamhú

Anailís sonraí

Anailís sonraí

Seirbhísí tar éis díol

Seirbhísí iar-díola


  • Roimhe Seo:
  • Ar Aghaidh:

  • *Tagann na torthaí taispeána a thaispeántar anseo ar fad ó ghéanóim a foilsíodh le Biomarker Technologies

    Léarscáil teasa idirghníomhaíocht 1.Hi-C deCamptotheca acuminatagéanóm.Mar a léirítear ar an léarscáil, déantar déine na n-idirghníomhaíochtaí a chomhghaolú go diúltach leis an achar líneach, rud a léiríonn tionól ardchruinn ar leibhéal crómasóim.(Cóimheas ancaireachta: 96.03%)

    3Hi-C-idirghníomhaíocht-mapa teasa-léiriú-contigs-ancaireacht-i-genome-tionól

    Kang M et al.,Cumarsáid Dúlra, 2021

     

    D'éascaigh 2.Hi-C bailíochtú na n-aisiompuithe idirGossypium hirsutumL. TM-1 A06 agusG. crannlannChr06

    4Hi-C-heatmap-éascaigh-nochtadh-inversions-idir-ghéanóim

    Yang Z et al.,Cumarsáid Dúlra, 2019

     

     

    3. Tionól agus idirdhealú biallelic ar an genome cassava SC205.Léarscáil teasa Hi-C léirithe go soiléir scoilte i gcrómasóim homalógacha.

    5Hi-C-mapa teasa-léiriú-homalógach-crómasóim

    Hu W et al.,Gléasra Móilíneach, 2021

     

     

    Mapa teasa 4.Hi-C ar thionól géanóim dhá speiceas Ficus:F.micreacarpa(cóimheas ancaireachta: 99.3%) agusF.hispida (cóimheas ancaireachta: 99.7%)
    6Hi-C-mapa teasa-a thaispeánann-contig-ancaireacht-géanóim-Ficus

    Zhang X et al.,cill, 2020

     

     

    Cás BMK

    Soláthraíonn Géanóim an Chrann Banyan agus Foiche Pailneora Léargas ar Chomhéabhlóid na Foiche Figí

    Foilsithe: cill, 2020

    Straitéis seicheamhaithe:

    F. micreacarpa genome: Thart.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)

    F. hispidagenome: Thart.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)

    Eupristina verticillatagenome: Thart.170 X PacBio RSII (65 Gb)

    Príomhthorthaí

    1.Tógadh dhá ghéanóm crann banyan agus géanóm foiche pollanator amháin ag baint úsáide as seicheamhú PacBio, Hi-C agus léarscáil nascála.
    (1)F. micreacarpagenome: Bunaíodh cóimeáil de 426 Mb (97.7% den mhéid genome measta) le contig N50 de 908 Kb, scór BUSCO de 95.6%.San iomlán cuireadh seichimh 423 Mb ar ancaire do 13 chrómasóm ag Hi-C.Fuarthas 29,416 géinte códaithe próitéine as anótáil ghéanóim.
    (2)F. HispidaGéanóm: Fuarthas toradh 360 Mb (97.3% de mhéid measta an ghéanóim) le contig N50 de 492 Kb agus scór BUSCO de 97.4%.Bhí seichimh 359 Mb san iomlán ar ancaire ar 14 chrómasóm ag Hi-C agus bhí siad an-chosúil le léarscáil nascachta ard-dlúis.
    (3)Eupristina verticillatagenome: Bunaíodh cóimeáil 387 Mb (Méid an ghéanóim measta: 382 Mb) le contig N50 de 3.1 Mb agus scór BUSCO de 97.7%.

    2. Léirigh anailís chomparáideach géanóm líon mór éagsúlachtaí struchtúir idir dhá cheannFicusgéanóim, a sholáthair acmhainn ghéiniteach luachmhar le haghaidh staidéir ar éabhlóid oiriúnaitheach.Thug an staidéar seo, don chéad uair, léargais ar chomhéabhlóid na bhfoiche Fig ag an leibhéal géanómach.

    PB-lánfhad-RNA-Seicheamhú-cás-staidéar

    Léaráid ciorróis ar ghnéithe géanómacha dhá cheannFicusgéanóim, lena n-áirítear crómasóim, dúbailtí teascánacha (SDs), trasposons (LTR, TEs, DNA TEs), léiriú géine agus sintéis

    PB-lánfhad-RNA-malartach-splicing

    Sainaithint crómasóim Y agus géine iarrthóra cinneadh gnéis

     
    Tagairt

    Zhang, X. , et al.“Cuireann Géanóim an Chrann Banyan agus Foiche Pailneora Léargas ar Chomhéabhlóid Fig-Wasp ar fáil.”cill 183.4(2020).

    fháil ceanglófar

    Scríobh do theachtaireacht anseo agus seol chugainn é

    Seol do theachtaireacht chugainn: