Seicheamhú mRNA Neamh-Thagartha-NGS
Gnéithe
● Gabháil mRNA polai roimh ullmhú leabharlainne
● Neamhspleách ar aon ghéanóm tagartha: bunaithe ar thionól de novo trascríbhinní, ag giniúint liosta d’aonghéiní atá anótáilte le bunachair shonraí iolracha (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Anailís bhithfhaisnéiseach chuimsitheach ar léiriú géine agus struchtúr trascríbhinne
Buntáistí Seirbhíse
●Saineolas fairsingLe taifead taifeadta maidir le breis is 600,000 sampla a phróiseáil ag BMKGENE, a chlúdaíonn cineálacha éagsúla samplaí amhail cultúir chealla, fíocháin agus sreabháin choirp, tugann ár bhfoireann réimse leathan taithí chuig gach tionscadal. Tá breis is 100,000 tionscadal mRNA-Seq críochnaithe againn go rathúil i réimsí taighde éagsúla.
●Rialú Cáilíochta DianCuirimid pointí rialaithe lárnacha i bhfeidhm i ngach céim, ó ullmhú samplaí agus leabharlainne go seicheamhú agus bithfhaisnéisíocht. Cinntíonn an monatóireacht mhionsonraithe seo go seachadtar torthaí ardchaighdeáin i gcónaí.
● Anótáil ChuimsitheachÚsáidimid ilbhunachair shonraí chun na Géinte atá Léirithe go Difreálach (DEGanna) a anótáil go feidhmiúil agus an anailís saibhrithe chomhfhreagrach a dhéanamh, rud a thugann léargas ar na próisis cheallacha agus mhóilíneacha atá mar bhunús leis an bhfreagairt transcriptóim.
●Tacaíocht Iar-Dhíolacháin: síneann ár dtiomantas níos faide ná críochnú tionscadail le tréimhse seirbhíse iar-díola 3 mhí. Le linn an ama seo, cuirimid obair leantach tionscadail, cúnamh le fabhtcheartú, agus seisiúin C&F ar fáil chun aon cheisteanna a bhaineann leis na torthaí a fhreagairt.
Riachtanais Shamplacha agus Seachadadh
| Leabharlann | Straitéis seicheamhúcháin | Sonraí molta | Rialú Cáilíochta |
| Polai A saibhrithe | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Riachtanais Shamplacha:
Núicléatídí:
| Tiúchan (ng/μl) | Méid (μg) | Íonacht | Ionracas |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Éilliú próitéine nó DNA teoranta nó gan aon éilliú ar bith le feiceáil ar an glóthach. | Do phlandaí: RIN≥4.0; I gcás ainmhithe: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; airde bonnlíne teoranta nó gan aon airde bunlíne |
● Plandaí:
Fréamh, Gas nó Peitil: 450 mg
Duilleog nó Síol: 300 mg
Torthaí: 1.2 g
● Ainmhí:
Croí nó Stéig: 300 mg
Intinn nó Inchinn: 240 mg
Matán: 450 mg
Cnámha, Gruaig nó Craiceann: 1g
● Artrapóid:
Feithidí: 6g
Crústaigh: 300 mg
● Fuil iomlán1 feadán
● Cealla: 106 cealla
Seachadadh Samplach Molta
Coimeádán: feadán lártheifneoir 2 ml (Ní mholtar scragall stáin)
Lipéadú samplach: Grúpáil+macasamhail m.sh. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Loingsiú:
1. Oighear tirim: Ní mór samplaí a phacáil i málaí agus a adhlacadh in oighear tirim.
2. Feadáin RNAstable: Is féidir samplaí RNA a thriomú i bhfeadán cobhsaíochta RNA (m.sh. RNAstable®) agus a sheoladh ag teocht an tseomra.
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Dearadh turgnaimh
Seachadadh samplach
Eastóscadh RNA
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
Bithfhaisnéisíocht
Tionól transcriptome agus roghnú unigéine
Anótáil Unigene
Comhghaol samplach agus measúnú ar mhacasamhlaithe bitheolaíocha
Géinte atá Léirithe go Difreálach (DEGanna)
Anótáil Fheidhmiúil ar DEGanna
Saibhriú Feidhmiúil DEGanna
Déan iniúchadh ar na dul chun cinn atá éascaithe ag seirbhísí seicheamhú mRNA eocarótach NGS BMKGene trí bhailiúchán coimeádta foilseachán.
Shen, F. et al. (2020) 'Tionól transcriptome de novo agus léiriú géine claonta ó thaobh inscne de i ngonaid cat mara Amur (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), lgh 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Anailís trascríbhinne ar mheitibileacht siúcróis le linn at agus forbairt bolgán in oinniún (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7(Meán Fómhair), lch. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) 'Tionól, tréithriú agus anótáil de novo don trascríbhinn de Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) ‘Tugann anailís transcriptome de novo léargas ar fhulangacht salainn Podocarpus macrophyllus faoi strus salainn’, BMC Plant Biology, 21(1), lgh 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
