MRNA Neamh-Tagairtí Seicheamhú-Illumina
Gnéithe
● Neamhspleách ar aon ghéanóm tagartha,
● D’fhéadfaí na sonraí a úsáid chun struchtúr agus léiriú na n-athscríbhinní a anailísiú
● Suímh ghearrtha inathraithe a aithint
Buntáistí Seirbhíse
● Seachadadh torthaí bunaithe ar BMKCloud: Seachadtar na torthaí mar chomhad sonraí agus mar thuairisc idirghníomhach trí ardán BMKCloud, a cheadaíonn léamh éasca le húsáid ar aschuir anailíse casta agus mianadóireacht sonraí saincheaptha ar bhonn anailíse bithfhaisnéisíochta caighdeánach.
● Seirbhísí iar-díola: Seirbhísí iar-díola bailí ar feadh 3 mhí ar chríochnú an tionscadail, lena n-áirítear tionscadail leantacha, fabhtcheartaithe, Q&A torthaí, etc.
Riachtanais Samplacha agus Seachadadh
Riachtanais Shamplacha:
Núicléatídí:
| Conc.(ng/μl) | Méid (μg) | Íonachta | Ionracas |
| ≥ 20 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Éilliú próitéine nó DNA teoranta nó gan aon a thaispeáint ar fhoirmiú. | I gcás plandaí: RIN≥6.5; I gcás ainmhithe: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ingearchló bunlíne teoranta nó gan aon |
Fíochán: Meáchan (tirim): ≥1 g
* I gcás fíocháin níos lú ná 5 mg, molaimid sampla fíocháin reoite (i nítrigin leachtach) a sheoladh.
Fionraí cille: Comhaireamh cille = 3×107
* Molaimid lysate cille reoite a longáil.Sa chás go n-áireofar an chill sin níos lú ná 5×105, moltar flash reoite i nítrigine leachtach.
Samplaí fola:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRizol agus 2mL fola (TRIzol: Blood=3:1)
Seachadadh Samplach Molta
Coimeádán:
Feadán lártheifneoir 2 ml (ní mholtar scragall stáin)
Lipéadú samplach: Grúpa+ a mhacasamhlú m.sh. A1, A2, A3;B1, B2, B3...
Loingsiú:
1.Dry-oighear: Ní mór samplaí a phacáil i málaí agus a chur faoi oighear tirim.
Feadáin 2.RNAstable: Is féidir samplaí RNA a thriomú i bhfeadán cobhsaíochta RNA (m.sh. RNAstable®) agus a sheoladh i dteocht an tseomra.
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Dearadh turgnaimh
Seachadadh samplach
eastóscadh RNA
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
Bithfhaisnéisíocht
1.mRNA(denovo) Prionsabal an Tionóil
De réir Choláiste na Tríonóide, roinntear léamha ina bpíosaí níos lú, ar a dtugtar K-mer.Úsáidtear na K-mers seo ansin mar shíolta chun iad a shíneadh go contigs agus ansin comhpháirt a bhunú ar fhorluí contig.Ar deireadh, cuireadh De Bruijn i bhfeidhm anseo chun tras-scríbhinní sna comhpháirteanna a aithint.
mRNA (De novo) Forbhreathnú ar Choláiste na Tríonóide
2.mRNA (De novo) Leibhéal Léirithe Géine a Dháileadh
Tá RNA-Seq in ann meastachán an-íogair a bhaint amach ar léiriú géine.Go hiondúil, tá raon inbhraite na slonn tras-scríbhinní FPKM idir 10^-2 agus 10^6
mRNA (De novo) Dáileadh dlús FPKM i ngach sampla
3.mRNA (De novo) GO Anailís Saibhrithe ar DEGanna
Is córas struchtúrtha nótaí bitheolaíochta é bunachar sonraí GO (Gene Ontology) ina bhfuil stór focal caighdeánach feidhmeanna géine agus táirgí géine.Tá leibhéil iolracha ann, nuair is ísle an leibhéal, is amhlaidh is sainiúla na feidhmeanna.
mRNA (De novo) aicmiú DEGanna ag an dara leibhéal
Cás BMK
Anailís Trascriptome ar Mhitibileacht Siúcrós le linn At Bholgáin agus Forbairt Oinniún (Allium cepa L.)
Foilsithe: Teorainneacha in eolaíocht plandaí, 2016
Straitéis seicheamhaithe
Illumina HiSeq2500
Bailiúchán samplach
Úsáideadh cultivar Utah Yellow Sweet Spain “Y1351” sa staidéar seo.Ba é líon na samplaí a bailíodh
15ú lá tar éis at (DAS) bolgán (trastomhas 2-cm agus meáchan 3-4 g), 30ú DAS (trastomhas 5-cm agus meáchan 100-110 g), agus ∼3 ar an 40ú DAS (trastomhas 7-cm agus 260-300 gram).
Príomhthorthaí
1. sa léaráid Venn, braitheadh iomlán de 146 DEG thar na trí phéire céimeanna forbartha.
2. Ní raibh i gceist le “iompar agus meitibileacht carbaihiodráití” ach 585 amhéinéin (.i. 7% den COG anótáilte).
Rinneadh 3.Unigenes a anótáil go rathúil le bunachar sonraí GO a rangú i dtrí phríomhchatagóir do na trí chéim éagsúla d'fhorbairt bolgán.Ba “próiseas meitibileach” an chuid is mó a ndearnadh ionadaíocht orthu sa phríomhchatagóir “próisis bhitheolaíoch”, agus “próiseas ceallacha” ina dhiaidh sin.Sa phríomhchatagóir “feidhm mhóilíneach” ba iad an dá chatagóir ba mhó ionadaíocht ná “ceangailteach” agus “gníomhaíocht chatalaíoch”.
 Histeagram de chnuasaigh de ghrúpaí ortalogacha (COG) aicmithe |  Histeagram ontology géine (GO) aicmithe le haghaidh aonéinéin a dhíorthaítear ó bholgáin i dtrí chéim forbartha |
 Léaráid Venn a thaispeánann géinte curtha in iúl go difreálach in aon dá chéim d'fhorbairt bolgáin oinniúin |
Tagairt
Zhang C, Zhang H , Zhan Z , et al.Anailís Trascriptome ar Mhitibileacht Shiúcrós le linn At Bholgáin agus Forbairt Oinniún (Allium cepa L.)[J].Teorainneacha in Eolaíocht Plandaí, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
