Tuaslagán mRNA Lánfhaid PacBio 2+3
Gnéithe
● Dearadh staidéir:
Sampla comhthiomsaithe seicheamhaithe le PacBio chun isoforms trascríbhinne a aithint
Samplaí ar leithligh (macasamhla agus coinníollacha le tástáil) seicheamhaithe leNGS chun léiriú trascríbhinne a chainníochtú
● Seicheamhú PacBio i mód CCS, ag giniúint léamha HiFi
● Seicheamhú na dtrascríbhinní iomlána
● Ní gá géanóm tagartha a bheith ann le haghaidh anailíse; áfach, féadfar é a úsáid
● Áirítear leis an anailís bhithfhaisnéiseach ní hamháin léiriú ag leibhéal na ngéine agus na n-iseafoirm ach anailís ar lncRNA, comhleá géine, pola-adenylation, agus struchtúr géine freisin
Buntáistí
● Cruinneas ArdLéann HiFi le cruinneas >99.9% (Q30), inchomparáide le NGS
● Anailís Splicála MalartachCuireann seicheamhú na dtrascríbhinní uile ar chumas aithint agus tréithriú isoform.
● Meascán de Láidreachtaí PacBio agus NGSCuireann sé ar chumas cainníochtú an léirithe ag leibhéal an isoform, ag nochtadh athrú a d’fhéadfaí a cheilt agus an léiriú géine iomlán á anailísiú.
● Saineolas fairsingTá breis is 2300 sampla próiseáilte againn, agus tugann ár bhfoireann taithí fhairsing chuig gach tionscadal.
● Tacaíocht Iar-Dhíolacháin: síneann ár dtiomantas níos faide ná críochnú tionscadail le tréimhse seirbhíse iar-díola 3 mhí. Le linn an ama seo, cuirimid obair leantach tionscadail, cúnamh le fabhtcheartú, agus seisiúin C&F ar fáil chun aon cheisteanna a bhaineann leis na torthaí a fhreagairt.
Riachtanais Shamplacha agus Seachadadh
| Leabharlann | Straitéis seicheamhúcháin | Sonraí molta | Rialú Cáilíochta |
| Leabharlann CCS mRNA saibhrithe le PolyA | PacBio Seicheamh II PacBio Revio | 20/40 GB 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Polai A saibhrithe | Illumina PE150 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Núicléatídí
|
| Tiúchan (ng/μl) | Méid (μg) | Íonacht | Ionracas |
| Leabharlann Illumina | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Éilliú próitéine nó DNA teoranta nó gan aon éilliú ar bith le feiceáil ar an glóthach. | Do phlandaí: RIN≥4.0; I gcás ainmhithe: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; airde bonnlíne teoranta nó gan aon airde bunlíne |
| Leabharlann PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Éilliú próitéine nó DNA teoranta nó gan aon éilliú ar bith le feiceáil ar an glóthach. | Plandaí: RIN≥7.5 Ainmhithe: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; airde bonnlíne teoranta nó gan aon airde bunlíne |
Seachadadh Samplach Molta
Coimeádán: feadán lártheifneoir 2 ml (Ní mholtar scragall stáin)
Lipéadú samplach: Grúpáil+macasamhail m.sh. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Loingsiú:
1. Oighear tirim:Caithfear samplaí a phacáil i málaí agus a adhlacadh in oighear tirim.
2. Feadáin RNAstable: Is féidir samplaí RNA a thriomú i bhfeadán cobhsaíochta RNA (m.sh. RNAstable®) agus a sheoladh ag teocht an tseomra.
Áirítear an anailís seo a leanas:
- Sonraí amh
- Rialú cáilíochta
- Anailís Phola-adenailithe Malartach (APA)
- Anailís trascríbhinne comhleá
- Anailís Splicála Malartach
- Anailís Tagarmharcála ar Ortólagáin Aonchóipe Uilíocha (BUSCO)
- Anailís trascríbhinne úrscéalta: tuar seichimh chódaithe (CDS) agus anótáil fheidhmiúil
- anailís lncRNA: tuar lncRNA agus spriocanna
- Aitheantas Micreasatailíte (SSR)
- Anailís ar Thras-scríbhinní atá Léirithe go Difreálach (DETanna)
- Anailís ar Ghéinte atá Léirithe go Difreálach (DEGanna)
- Anótáil fheidhmiúil ar DEGanna agus DETanna
Anailís BUSCO
Anailís Splicála Malartach
Anailís Phola-adenailithe Malartach (APA)
Géinte atá Léirithe go Difreálach (DEGanna) agus Tras-scríbhinní (anailís DETs9)
Líonraí idirghníomhaíochta Próitéin-Próitéin de DETanna agus DEGanna
Scrúdaigh na dul chun cinn atá éascaithe ag seicheamhú mRNA lánfhaid PacBio 2+3 de chuid BMKGene trí bhailiúchán coimeádta foilseachán.
Chao, Q. et al. (2019) 'Dinimic fhorbartha trascríbhinn gas Populus',Irisleabhar Biteicneolaíochta Plandaí, 17(1), lgh 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Athruithe Dinimiciúla i gCion Aigéid Ascorbaigh le linn Forbairt agus Aibiú Torthaí Actinidia latifolia (Barra Torthaí Saibhir in Ascorbáit) agus na Meicníochtaí Móilíneacha Gaolmhara',Iris Idirnáisiúnta na nEolaíochtaí Móilíneacha, 23(10), lch. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Réamhthuar éifeachtach ar ghéinte conaire bithshintéiseacha atá bainteach le polaifillíní bithghníomhacha i bpolaifile Pháras',Bitheolaíocht Cumarsáide2022 5:1, 5(1), lgh 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Anailís Chomhcheangailte PacBio Iso-Seq agus Illumina RNA-Seq ar Ghéinte Tras-scríbhinn Tuta absoluta (Meyrick) agus Cytochrome P450',Feithidí, 14(4), lch. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Suirbhé ar chastacht trascríbhinní ag baint úsáide as anailís fhíor-ama aon-mhóilín PacBio in éineacht le seicheamhú RNA Illumina chun tuiscint níos fearr a fháil ar bhiósintéis aigéid ricinoleic i Ricinus communis',Géanómaíocht BMC, 20(1), lgh 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
