Seicheamhú Géanóim Gléasra/Ainmhithe De Novo
Buntáistí Seirbhíse
Ardáin seicheamhaithe agus bithfhaisnéisíochta a fhorbairt ide novotionól genome
(Amarasinghe SL et al.,Bitheolaíocht Genome, 2020)
● Géanóim núíosacha a thógáil agus feabhas a chur ar ghéanóim thagartha atá ann cheana do speicis spéisiúla.
● Cruinneas, leanúnachas agus iomláine níos airde sa chomhthionól
● Acmhainn bhunúsach a thógáil le haghaidh taighde i seicheamh polymorphism, QTLs, eagarthóireacht géine, pórú, etc.
● Feistithe le speictream iomlán ardáin seicheamhaithe tríú glúin: réiteach cóimeála genome aon-stad
● Straitéisí solúbtha seicheamhaithe agus cóimeála a chomhlíonann géanóim éagsúla le gnéithe éagsúla
● Foireann bithfhaisnéisíochta ard-oilte le taithí iontach i tionóil ghéanóim casta, lena n-áirítear polyploids, genomes ollmhór, etc.
● Níos mó ná 100 cás rathúil agus fachtóir tionchair carntha foilsithe de bhreis is 900 acu
● Am slánúcháin chomh tapa le 3 mhí le haghaidh cóimeála géanóm leibhéal crómasóim.
● Tacaíocht theicniúil soladach le sraith paitinní agus cóipchearta bogearraí sa taobh turgnamhach agus sa bhithfhaisnéisíocht araon.
Sonraíochtaí Seirbhíse
|
Ábhar
|
Ardán
|
Léigh Fad
|
Clúdach
|
| Suirbhé Géanóim
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Seicheamhú Géanóim
| PacBio Revio
| 15 kb Léann HiFi
| ≥ 30X
|
| Hi-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Sreabhadh oibre
Riachtanais Samplacha agus Seachadadh
Riachtanais Shamplacha:
| Speiceas | Fíochán | Le haghaidh PacBio | Do Nanopore |
| Ainmhithe | Orgáin visceral (ae, spleen, etc.) | ≥ 1.0 g | ≥ 3.5 g |
| Matán | ≥ 1,5 g | ≥ 5.0 g | |
| Fuil na mamach | ≥ 1.5 mL | ≥ 5.0 mL | |
| Fuil éisc nó éan | ≥ 0.2 mL | ≥ 0.5 mL | |
| Plandaí | Duilleoga úra | ≥ 1,5 g | ≥ 5.0 g |
| Peitil nó gas | ≥ 3.5 g | ≥ 10.0 g | |
| Fréamhacha nó síolta | ≥ 7.0 g | ≥ 20.0 g | |
| Cealla | Cultúr cille | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Seachadadh Samplach Molta
Coimeádán: feadán lártheifneoir 2 ml (Ní mholtar scragall stáin)
Don chuid is mó de na samplaí, molaimid gan a chaomhnú in eatánól.
Lipéadú samplach: Ní mór samplaí a lipéadú go soiléir agus go bhfuil siad comhionann leis an bhfoirm faisnéise samplach a cuireadh isteach.
Loingsiú: Oighear tirim: Ní mór samplaí a phacáil i málaí ar dtús agus a chur faoi oighear tirim.
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Dearadh turgnaimh
Seachadadh samplach
eastóscadh DNA
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
*Tá na torthaí taispeána a thaispeántar anseo ar fad ó ghéanóim a foilsíodh le Biomarker Technologies
1.Circos ar thionól genome leibhéal crómasóim deG. rotundifoliumag ardán seicheamhaithe Nanopore
Wang M et al.,Bitheolaíocht Mhóilíneach agus Éabhlóid, 2021
2.Statistics de thionól agus anótáil ghéanóim Weining seagal
Li G et al.,Géineolaíocht an Dúlra, 2021
tuar 3.Gene deSechium edulegenome, díorthaithe ó thrí mhodh tuar:De nuatuar, tuar Homeolaíocht-bhunaithe agus RNA-Seq tuar bunaithe ar shonraí
Fu A et al.,Taighde Gairneoireachta, 2021
4. Aithnítear athrá críochfoirt fhada slán i dtrí ghéanóim cadáis
Wang M et al.,Bitheolaíocht Mhóilíneach agus Éabhlóid, 2021
Léarscáil teasa 5.Hi-C denC. acuminatagéanóm a thaispeánann idirghníomhaíochtaí uile-i-uile-géanóm.Tá déine idirghníomhaíochtaí Hi-C i gcomhréir leis an achar líneach idir contigs.Léiríonn líne dhíreach ghlan ar an léarscáil teasa seo ancaireacht an-chruinn ar thíorthaigh ar chrómasóim.(Cóimheas ancaireachta contig: 96.03%)
kang M et al.,Cumarsáid Dúlra,2021
Cás BMK
Leagann comhthionól genome ardchaighdeáin béim ar shaintréithe géanóm seagal agus ar ghéinte a bhfuil tábhacht agranamaíoch orthu
Foilsithe: Géineolaíocht an Dúlra, 2021
Straitéis seicheamhaithe:
Tionól genome: mód PacBio CLR le leabharlann 20 kb (497 Gb, thart ar 63 ×)
Ceartú seicheamh: NGS le leabharlann DNA 270 bp (430 Gb, thart ar 54×) ar ardán Illumina
Ancaireacht contigs: leabharlann Hi-C (560 Gb, thart ar 71×) ar ardán Illumina
Léarscáil optúil: (779.55 Gb, thart ar 99×) ar Bionano Irys
Príomhthorthaí
1. Foilsíodh cóimeáil de ghéanóim Weining seagal le méid iomlán genome de 7.74 Gb (98.74% de mhéid measta genome de réir cíteiméadracht sreafa).Bhain Scafall N50 den tionól seo amach 1.04 Gb.D'éirigh le 93.67% de na contigí a chur ar ancaire ar 7 gcrómasóm.Rinneadh measúnú ar an tionól seo ag léarscáil nascála, LAI agus BUSCO, a raibh scóir arda i ngach meastóireacht mar thoradh air.
2.Rinneadh staidéir bhreise ar ghéanóm chomparáideach, léarscáil nasc géiniteach, staidéir tras-traipeolaíochta ar bhonn an ghéanóim seo.Nochtadh sraith gnéithe géanómacha a bhain le tréithe lena n-áirítear dúbailt géine ar fud an ghéanóim agus a dtionchar ar ghéinte bithsintéise stáirse;eagrú fisiciúil loci casta prolamin, gnéithe slonn géine is bun leis an trait ceannteideal luath agus réigiúin crómasómacha tuartha a bhaineann le dúchas agus loci i seagal.
 Léaráid circos ar ghnéithe genomic de ghéanóim seagal Weining.... |  anailísí Synteny éabhlóideach agus crómasóim ar an genome seagal.... |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Leagann comhthionól genome ardchaighdeáin béim ar shaintréithe géanóm seagal agus ar ghéinte a bhfuil tábhacht agranamaíoch orthu.Nat Géin 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
