Seicheamhú Géanóim Gléasra/Ainmhithe De Novo
De NovoTagraíonn seicheamhú do thógáil ghéanóm iomlán speicis ag baint úsáide as teicneolaíochtaí seicheamhaithe in éagmais géanóm tagartha. Tá feabhas suntasach tagtha ar thionól an ghéanóim mar gheall ar thabhairt isteach agus glacadh forleathan le seicheamhú tríú glúin, ina bhfuil léamha níos faide, tríd an bhforluí idir léamha a mhéadú. Tá an feabhsú seo thar a bheith ábhartha agus déileáil á dhéanamh le géanóim dúshlánacha, amhail iad siúd a bhfuil heitreashaíocht ard, cóimheas ard réigiún athchleachtach, polaplóidigh, agus réigiúin le heilimintí athchleachtacha, ábhar GC neamhghnácha, nó ardchastacht a bhíonn de ghnáth tionóilte go dona ag baint úsáide as seicheamhú gearrléithe amháin.
Soláthraíonn ár réiteach aon-stad seirbhísí seicheamhaithe comhtháite agus anailís bhithfhaisnéise a sheachadann géanóm cóimeáilte de novo ardchaighdeáin. Soláthraíonn suirbhé tosaigh géanóim le Illumina meastacháin ar mhéid agus ar chastacht an ghéanóim, agus úsáidtear an fhaisnéis seo chun treoir a thabhairt don chéad chéim eile de sheicheamhú fadléite le PacBio HiFi, agus ina dhiaidh sin...de novotionól contigs. Cuireann úsáid tionól HiC ina dhiaidh sin ar chumas na contigs a ancaireáil leis an ngéanóm, rud a fhaightear tionól ar leibhéal crómasóm. Ar deireadh, déantar anótáil ar an ngéanóm trí réamhaisnéis géine agus trí ghéinte léirithe a sheicheamhú, ag baint úsáide as trascríbhinní le léamha gearra agus fada.
Gnéithe Seirbhíse
● Comhtháthú seirbhísí il-sheicheamhaithe agus bithfhaisnéise i réiteach aon-stad:
Suirbhé géanóim le Illumina chun méid an ghéanóim a mheas agus treoir a thabhairt do na céimeanna ina dhiaidh sin;
Seicheamhú léamh fada le haghaidhde novotionól contigs;
Seicheamhú Hi-C le haghaidh ancaire crómasóim;
Seicheamhú mRNA le haghaidh anótáil géinte;
Bailíochtú an tionóil.
● Seirbhís atá oiriúnach chun géanóim nua a thógáil nó chun géanóim tagartha atá ann cheana a fheabhsú do speicis spéise.
Buntáistí Seirbhíse
Forbairt ardáin seicheamhaithe agus bithfhaisnéise ide novotionól an ghéanóim
(Amarasinghe SL et al.,Bitheolaíocht Géanóim, 2020)
●Saineolas agus Taifead Foilseacháin FhairsingTá taithí ollmhór carntha ag BMKGene i dtionól ardchaighdeáin géanóim speiceas éagsúil, lena n-áirítear géanóim déphlóideacha agus géanóim thar a bheith casta de speicis pholaiplóideacha agus aloiplóideacha. Ó 2018 i leith, tá cur leis an méid seo a leanas againn.300 foilseachán ardtionchair, agus tá breis is 20 díobh foilsithe i Nature Genetics.
● Réiteach aon-stadComhcheanglaíonn ár gcur chuige comhtháite iltheicneolaíochtaí seicheamhaithe agus anailísí bithfhaisnéise i sreabhadh oibre comhtháite, rud a sheachadann géanóm cóimeáilte ardchaighdeáin.
●Oiriúnaithe do do RiachtanaisIs féidir ár sreabhadh oibre seirbhíse a shaincheapadh, rud a ligeann dúinn oiriúnú a dhéanamh do ghéanóim a bhfuil gnéithe éagsúla agus riachtanais taighde sonracha acu. Áirítear leis seo freastal ar ghéanóim ollmhóra, ghéanóim pholaplóideacha, ghéanóim an-heitreasacha, agus tuilleadh.
●Foireann Bhithfhaisnéisíochta agus Saotharlainne Ard-Oilte: le taithí mhór i réimse na dturgnamhach agus na bithfhaisnéisíochta araon i gcás tionóil ghéanóim chasta agus sraith paitinní agus cóipchearta bogearraí.
●Tacaíocht Iar-Dhíolacháin:Síneann ár dtiomantas níos faide ná críochnú tionscadail le tréimhse seirbhíse iar-díola 3 mhí. Le linn an ama seo, cuirimid obair leantach tionscadail, cúnamh le fabhtcheartú, agus seisiúin C&F ar fáil chun aon cheisteanna a bhaineann leis na torthaí a fhreagairt.
Sonraíochtaí Seirbhíse
| Suirbhé géanóim | Tionól an ghéanóim | Leibhéal crómasóim | Anótáil Géanóim |
| 50X Illumina NovaSeq PE150
| Léann 30X PacBio CCS HiFi | 100X Ard-C | RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (roghnach) PacBio RNA-seq lánfhaid 40 Gb nó Nanopore 12 Gb |
Riachtanais Seirbhíse
I gcás Suirbhé Géanóim, Tionól Géanóim agus Tionól Hi-C:
| Aigéid núicléacha fíocháin nó eastósctha | Suirbhé Géanóim | Tionól Géanóim le PacBio | Tionól Hi-C |
| Inní Ainmhithe | 0.5-1 g
| ≥ 3.5 g | ≥2 g |
| Matán Ainmhithe | ≥ 5 g | ||
| Fuil Mamach | 1.5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| Fuil Éanlaithe/Éisc | ≥ 0.5 ml | ||
| Planda - Duilleog Úr | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Cealla Saothraithe |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Feithidí | 0.5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| DNA eastósctha | Tiúchan: ≥1 ng/µL Méid ≥ 30 ng Díghrádú nó éilliú teoranta nó gan aon dhíghrádú nó éilliú | Tiúchan: ≥ 50 ng/µL Méid: 10 µg/ceall sreafa/sampla OD260/280=1.7-2.2 OD260/230=1.8-2.5 Díghrádú nó éilliú teoranta nó gan aon dhíghrádú nó éilliú |
-
|
Le haghaidh anótáil Géanóim le trascríbhinní:
| Aigéid núicléacha fíocháin nó eastósctha | Tras-scríbhinn Illumina | Tras-scríbhinn PacBio | Tras-scríbhinn Nanopore |
| Planda - Fréamh/Gas/Peatal | 450 mg | 600 mg | |
| Planda – Duilleog/Síol | 300 mg | 300 mg | |
| Planda - Torthaí | 1.2 g | 1.2 g | |
| Croí/Intestine Ainmhithe | 300 mg | 300 mg | |
| Inchinn/Breacán Ainmhithe | 240 mg | 240 mg | |
| Matán Ainmhithe | 450 mg | 450 mg | |
| Cnámha/Gruaig/Craiceann Ainmhithe | 1 g | 1 g | |
| Artrapóid - Feithid | 6 | 6 | |
| Artrapóid - Crústaigh | 300 mg | 300 mg | |
| Fola iomlán | 1 feadán | 1 feadán | |
| RNA eastósctha | Tiúchan: ≥ 20 ng/µL Méid ≥ 0.3 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 6 5≥28S/18S≥1 | Tiúchan: ≥ 100 ng/ µL Méid ≥ 0.75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 8 5≥28S/18S≥1 | Tiúchan: ≥ 100 ng/ µL Méid ≥ 0.75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
Seachadadh Samplach Molta
Coimeádán: feadán lártheifneoir 2 ml (Ní mholtar scragall stáin)
(I gcás fhormhór na samplaí, molaimid gan iad a chaomhnú in eatánól.)
Lipéadú samplach: Ní mór samplaí a bheith lipéadaithe go soiléir agus comhionann leis an bhfoirm faisnéise samplach a cuireadh isteach.
Loingsiú: Oighear tirim: Ní mór samplaí a phacáil i málaí ar dtús agus iad a adhlacadh in oighear tirim.
Sreabhadh Oibre
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Dearadh turgnaimh
Seachadadh samplach
Eastóscadh DNA
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
Anailís bhithfhaisnéiseach iomlán, scartha ina 4 chéim:
1) Suirbhé géanóim, bunaithe ar anailís k-mer le léamha NGS:
Meastachán ar mhéid an ghéanóim
Meastachán ar heitrisigéiseacht
Meastachán ar réigiúin athchleachtacha
2) Tionól Géanóim le PacBio HiFi:
De novotionól
Measúnú tionóil: lena n-áirítear anailís BUSCO le haghaidh iomláine an ghéanóim agus mapáil siar ar léamha NGS agus PacBio HiFi
3) Tionól Hi-C:
QC leabharlann Hi-C: meastachán ar idirghníomhaíochtaí bailí Hi-C
Tionól Hi-C: grúpáil contigs i ngrúpaí, agus ina dhiaidh sin ordú contig laistigh de gach grúpa agus treoshuíomh contig a shannadh
Meastóireacht Hi-C
4) Anótáil an ghéanóim:
Réamhaisnéis RNA neamhchódaithe
Aitheantas seichimh athchleachtacha (trasposóin agus athrá tandem)
Réamhaisnéis géine
§De novohalgartaim ab initio
§ Bunaithe ar chomhalaíocht
§ Bunaithe ar thrascríbhinn, le léamha fada agus gearra: is iad na léamhade novocóimeáilte nó mapáilte chuig an dréacht-ghéanóm
§ Anótáil géinte tuartha le bunachair shonraí iolracha
1) Suirbhé Géanóim - anailís k-mer
2) Tionól an Ghéanóim
2) Tionól an Ghéanóim – léann PacBio HiFi mapáil chuig tionól dréachta
2) Tionól Hi-C – meastachán ar phéirí idirghníomhaíochta bailí Hi-C
3) Measúnú iar-thionóil Hi-C
4) Anótáil Géanóim – comhtháthú géinte tuartha
4) Anótáil ghéanóim – anótáil géinte tuartha
Scrúdaigh na dul chun cinn atá éascaithe ag seirbhísí tionóil géanóim de novo BMKGene trí bhailiúchán coimeádta foilseachán:
Li, C. et al. (2021) 'Nochtann seichimh ghéanóim bealaí scaipthe domhanda agus tugann siad le fios go bhfuil oiriúnuithe géiniteacha comhtháite in éabhlóid na gcapall mara', Nature Communications, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. (2023) 'Athruithe Crómasómacha ar Scála Mór a Bheadh ina gcúis le hAthruithe ar Léiriú ar Leibhéal an Ghéanóim, Oiriúnú Comhshaoil, agus Speiceasú sa Gayal (Bos frontalis)', Bitheolaíocht Mhóilíneach agus Éabhlóid, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) 'Tionól géanóim agus díscaoileadh géiniteach ar gheirmphlasma arbhair atá frithsheasmhach in aghaidh triomach', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), lgh 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Ag nochtadh éabhlóid bhithshintéise alcalóideach trópáin trí dhá ghéanóm sa teaghlach Solanaceae a anailísiú', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), lgh 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Cás-staidéir dúshlánacha:
Tionól teiliméir go teiliméir:Fu, A. et al. (2023) 'Nochtann tionól géanóim teiliméir-go-teiliméir i mealbhacán searbh (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) tréithe géiniteacha forbartha, comhdhéanamh agus aibithe torthaí', Taighde Gairneoireachta, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Tionól haplóitípe:Hu, W. et al. (2021) 'Nochtann géanóm sainmhínithe ailléile difreáil dé-ailléileach le linn éabhlóid cassava', Molecular Plant, 14(6), lgh 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Tionól ollmhór géanóim:Yuan, J. et al. (2022) 'Bunús géanómach na ngigea-chrómasóm agus an ghigea-ghéanóim den phione crainn Paeonia ostii', Nature Communications 2022 13:1, 13(1), lgh 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Tionól géanóim polaplóideach:Zhang, Q. et al. (2022) 'Léargais ghéanómacha ar laghdú crómasóim le déanaí ar an gcána siúcra uathpholaiplóideach Saccharum spontaneum', Nature Genetics 2022 54:6, 54(6), lgh 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
