-
Idirghníomhaíocht Crómatin bunaithe ar Hi-C
Is modh é Hi-C atá deartha chun cumraíocht ghéanómach a ghabháil trí idirghníomhaíochtaí bunaithe ar ghaireacht agus seicheamhú ard-tréchur a chomhcheangal. Tá an modh bunaithe ar thrasnascadh crómatin le formaildéad, agus ina dhiaidh sin díleá agus ath-ligation ar bhealach nach ndéanfaidh ach blúirí atá nasctha go comhfhiúsach táirgí ligation a fhoirmiú. Trí na táirgí ligation seo a sheicheamhú, is féidir eagrú 3T an ghéanóim a staidéar. Cumasaíonn Hi-C staidéar a dhéanamh ar dháileadh na gcodanna den ghéanóm atá pacáilte go héadrom (urranna A, eocrómatin) agus is dóichí a bheith gníomhach ó thaobh trascríobh de, agus na réigiúin atá pacáilte níos dlúithe (urranna B, Heitreacrómatin). Is féidir Hi-C a úsáid freisin chun Fearainn Chomhlachaithe go Toipeolaíoch (TADanna) a aithint, réigiúin den ghéanóm a bhfuil struchtúir fillte acu agus ar dócha go mbeidh patrúin léirithe comhchosúla acu, agus chun lúba crómatin a aithint, réigiúin DNA atá ancaire le chéile ag próitéiní agus atá saibhrithe go minic in eilimintí rialála. Tugann seirbhís seicheamhú Hi-C BMKGene cumhacht do thaighdeoirí iniúchadh a dhéanamh ar thoisí spásúla na géanómaice, ag oscailt bealaí nua chun rialáil an ghéanóim agus a impleachtaí i sláinte agus i ngalar a thuiscint.
-
Seicheamhú Imdhíon-dheasctha Crómatin (ChIP-seq)
Is teicníc í Imdhíon-dheascadh Crómatin (CHIP) a úsáideann antasubstaintí chun próitéiní ceangailteach DNA agus a spriocanna géanómacha comhfhreagracha a shaibhriú go roghnach. Cuireann a chomhtháthú le NGS ar chumas próifíliú uile-ghéanóim spriocanna DNA a bhaineann le modhnú históin, fachtóirí trascríobh, agus próitéiní ceangailteach DNA eile. Cuireann an cur chuige dinimiciúil seo ar chumas comparáidí a dhéanamh idir láithreáin cheangailteach trasna cineálacha cealla, fíocháin, nó coinníollacha éagsúla. Clúdaíonn feidhmeanna ChIP-Seq staidéar a dhéanamh ar rialáil trascríobh agus conairí forbartha go soiléiriú meicníochtaí galair, rud a fhágann gur uirlis fíor-riachtanach é chun tírdhreacha rialála géanómacha a thuiscint agus léargais theiripeacha a chur chun cinn.
Ardán: Illumina NovaSeq
-
Seicheamhú déshulfít an ghéanóim iomláin (WGBS)
Seasann an teicníc seo, atá bunaithe ar chóireáil bisulfite ar DNA chun tiontú cítosíní neamhmeitilithe go úracil (C go U) a spreagadh, agus cítosíní meitilithe á bhfágáil gan athrú, mar an modheolaíocht óirchaighdeánach chun iniúchadh domhain a dhéanamh ar mheitileáil DNA, go sonrach an cúigiú suíomh i gcítosín (5-mC), rialtóir lárnach ar léiriú géine agus ar ghníomhaíocht cheallach.
Cuireann an teicníc seo réiteach aonbhonn ar fáil, rud a ligeann do thaighdeoirí imscrúdú cuimsitheach a dhéanamh ar an meitilóm agus patrúin neamhghnácha meitiliúcháin a nochtadh laistigh de na samplaí. Trí úsáid a bhaint as WGBS, is féidir le heolaithe léargas gan sárú a fháil ar thírdhreacha meitiliúcháin ar fud an ghéanóim, rud a thugann tuiscint níos casta ar na meicníochtaí eipiginéiteacha atá mar bhunús le próisis agus galair bhitheolaíocha éagsúla.
-
Measúnú le haghaidh Crómatin Inrochtana ag Trasposáis le Seicheamhú Ard-Tréchur (ATAC-seq)
Is teicníc seicheamhaithe ard-tréchur í ATAC-seq a úsáidtear le haghaidh anailíse inrochtaineachta crómatin ar fud an ghéanóim. Soláthraíonn sí tuiscint níos doimhne ar na meicníochtaí casta a bhaineann le rialú eipiginéiteach domhanda ar léiriú géine. Úsáideann an modh trasposáis Tn5 hipearghníomhach chun réigiúin crómatin oscailte a bhriseadh síos agus a chlibeáil ag an am céanna trí oiriúnaitheoirí seicheamhaithe a chur isteach. Mar thoradh ar aimpliú PCR ina dhiaidh sin, cruthaítear leabharlann seicheamhaithe, rud a cheadaíonn sainaithint chuimsitheach réigiún crómatin oscailte faoi choinníollacha spás-ama sonracha. Soláthraíonn ATAC-seq léargas iomlánaíoch ar thírdhreacha crómatin inrochtana, murab ionann agus modhanna a dhíríonn go hiomlán ar shuíomhanna ceangailteach fachtóirí trascríobh nó réigiúin shonracha modhnaithe le históin. Trí na réigiúin crómatin oscailte seo a sheicheamhú, nochtann ATAC-seq réigiúin a bhfuil seans níos mó acu go mbeidh seichimh rialála gníomhacha agus suíomhanna ceangailteach fachtóirí trascríobh féideartha acu, rud a thugann léargas luachmhar ar mhodhnú dinimiciúil léiriú géine ar fud an ghéanóim.
-
Seicheamhú Bisulfíte Laghdaithe Ionadaíochta (RRBS)
Braitheann seicheamhú bisulfít ionadaíochta laghdaithe (RRBS) ar shaibhriú réigiún saibhir in oileáin CpG trí scoilteadh MspI agus ansin roghnú méide blúirí 200-500/600 bps. Dá bhrí sin, ní dhéantar ach réigiúin atá gar do na hoileáin CpG a sheicheamhú, agus eisiamh ón anailís iad siúd a bhfuil oileáin CpG i bhfad i gcéin acu. Ligeann an próiseas seo, in éineacht le seicheamhú bisulfít, braiteadh ardtaifigh ar mheitileáil DNA, agus díríonn an cur chuige seicheamhaithe, PE150, go sonrach ar fhoircinn na n-ionchur seachas an lár, rud a mhéadaíonn éifeachtúlacht phróifíliú meitileála.
Tá an teicníc seo tagtha chun cinn mar rogha eile cost-éifeachtach agus éifeachtúil in ionad Seicheamhú Bisulfíte an Ghéanóim Iomláin (WGBS) i dtaighde meitiliúcháin DNA. Cé go soláthraíonn WGBS léargas cuimsitheach tríd an ngéanóm iomlán a scrúdú ag taifeach bonn aonair, is féidir lena chostas ard a bheith ina fhachtóir teorannaitheach, agus maolaíonn RRBS an dúshlán seo go straitéiseach trí chuid ionadaíoch den ghéanóm a anailísiú go roghnach. Is uirlis luachmhar í an mhodheolaíocht seo a chuireann ar chumas taighde meitiliúcháin DNA cost-éifeachtach agus a chuireann eolas ar mheicníochtaí eipiginéiteacha chun cinn.
