Seicheamhú RNA Prócarótach
Gnéithe
● Bhain ídiú rRNA agus ullmhú leabharlainne RNA treorach le próiseáil shamplach RNA.
● Anailís bhithfhaisnéiseach bunaithe ar ailíniú le géanóm tagartha
● Áirítear leis an anailís léiriú géine agus DEGanna ach freisin anailís ar struchtúr trascríbhinne agus sRNA
Buntáistí Seirbhíse
●Rialú Cáilíochta DianCuirimid pointí rialaithe lárnacha i bhfeidhm i ngach céim, ó ullmhú samplaí agus leabharlainne go seicheamhú agus bithfhaisnéisíocht. Cinntíonn an monatóireacht mhionsonraithe seo go seachadtar torthaí ardchaighdeáin i gcónaí.
●Sonraí Seicheamhúcháin Snáithe-Shonracha: mar gheall ar ullmhúchán na leabharlainne RNA a bheith treorach, rud a chuireann ar chumas trascríbhinní frithchiall a aithint.
●Anailís Iomlán atá Oiriúnaithe do Thras-scríbhinní Procarótacha: ní hamháin go n-áirítear sa phíblíne bithfhaisnéiseach anailís ar an léiriú géine ach anailís ar struchtúr an trascríbhinne freisin, lena n-áirítear sainaithint oibreán, UTRanna agus tionscnóirí. Áirítear leis freisin anailís ar sRNAanna, eadhon anótáil agus tuar struchtúr tánaisteach agus spriocanna.
●Tacaíocht Iar-Dhíolacháin: síneann ár dtiomantas níos faide ná críochnú tionscadail le tréimhse seirbhíse iar-díola 3 mhí. Le linn an ama seo, cuirimid obair leantach tionscadail, cúnamh le fabhtcheartú, agus seisiúin C&F ar fáil chun aon cheisteanna a bhaineann leis na torthaí a fhreagairt.
Riachtanais Shamplacha agus Seachadadh
| Leabharlann | Straitéis seicheamhúcháin | Sonraí molta | Rialú Cáilíochta |
| Leabharlann threorach ídithe rRNA | Illumina PE150 | 1-2 GB | Q30≥85% |
Riachtanais Shamplacha:
| Tiúchan (ng/μl) | Méid (μg) | Íonacht | Ionracas |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 Éilliú próitéine nó DNA teoranta nó gan aon éilliú ar bith le feiceáil ar an glóthach. | RIN≥6.5 |
Seachadadh Samplach Molta
Coimeádán: feadán lártheifneoir 2 ml (Ní mholtar scragall stáin)
Lipéadú samplach: Grúpáil+macasamhail m.sh. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Loingsiú:
1. Oighear tirim: Ní mór samplaí a phacáil i málaí agus a adhlacadh in oighear tirim.
2. Feadáin RNAstable: Is féidir samplaí RNA a thriomú i bhfeadán cobhsaíochta RNA (m.sh. RNAstable®) agus a sheoladh ag teocht an tseomra.
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Seachadadh samplach
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
Sreabhadh Oibre Anailíse Bithfhaisnéise
Áirítear an anailís seo a leanas:
● Rialú cáilíochta sonraí amh
● Ailíniú leis an ngéanóm tagartha
● Measúnú Cáilíochta Leabharlainne: randamacht ilroinnt RNA, méid iontrála agus sáithiú seicheamhúcháin
● Anótáil fheidhmiúil ar ghéinte códaithe tuartha
● Anailís Léirithe: comhghaol agus Anailís Phríomh-Chomhpháirteanna (PCA)
● Léiriú Géine Difreálach (DEGanna)
● Anótáil fheidhmiúil agus saibhriú DEGanna
● Anailís sRNA: tuar, anótáil, sprioc, agus tuar struchtúir thánaisteach
● Anailís Struchtúir Tras-scríbhinne: oibreáin, suíomhanna tosaigh agus deiridh, réigiún neamhaistrithe (UTS), promótóir, agus anailís SNP/InDel
Sáithiú seicheamhach
Anótáil fheidhmiúil ar ghéinte códaithe
Comhghaol idir samplaí
Anailís ar Ghéinte Difreálacha atá Léirithe (DEGanna)
Anailís saibhrithe feidhmiúil
anótáil sRNA
Scrúdaigh na dul chun cinn atá éascaithe ag seirbhísí seicheamhú mRNA lánfhaid Nanopore de chuid BMKGene sa fhoilseachán seo.
Guan, CP et al. (2018) 'Athruithe Domhanda ar Thras-scríbhinní Staphylococcus epidermidis a Fhoirmíonn Bithscannán mar Fhreagairt d'Alcalóidigh Iomlána Sophorea alopecuroides',Irisleabhar Micribhitheolaíochta na Polainne, 67(2), lch. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
