Seicheamhú RNA núicléas aonair
Scéim Theicniúil
Baintear amach aonrú na núicléis le 10× Genomics Chromium™, arb é atá ann córas micrishreabhach ocht gcainéal le trasnú dúbailte. Sa chóras seo, déantar coirníní glóthaí le barrachóid agus tosaitheoir, einsímí agus núicléas aonair a ionchapsúláil i mbraon ola de mhéid nanailítir, rud a ghineann Coirnín Glóthaí in Eibleacht (GEM). Nuair a bhíonn na GEManna foirmithe, déantar lysis cille agus scaoileadh barrachóid i ngach GEM. Déantar mRNA a thras-scríobh droim ar ais i móilíní cDNA le barrachóid 10× agus UMI, atá faoi réir tógála leabharlainne seicheamhaithe caighdeánaigh ina dhiaidh sin.
Gnéithe
● Ullmhú fionraí núicléas aonair ó fhíocháin reoite
● Foirmiú Coirníní Glóthacha in Eibleacht (GEM) agus sintéis cDNA ina dhiaidh sin
● Tá gach coirnín i GEM luchtaithe le tosaitheoirí atá comhdhéanta de 4 chuid:
eireaball pola(dT) le haghaidh ullmhú mRNA agus sintéis cDNA,
Aitheantóir Móilíneach Uathúil (UMI) chun claonadh aimpliúcháin a cheartú
Barra cód 10x
Seicheamh ceangailteach de bhunaitheoir seicheamhaithe léite páirteach 1
Buntáistí
Seachnaíonn seicheamhú RNA aon-núicléas teorainneacha seicheamhú RNA aoncheallach, rud a chuireann ar chumas:
● Úsáid samplaí reoite agus ní hamháin samplaí úra
● Strus íseal cealla reoite i gcomparáid le cóireáil einsímeach cealla úra, rud a léirítear sna sonraí transcriptome i bhfoirm géinte a spreagtar níos lú struis
● Ní gá cealla fola dearga a bhaint roimh ré
● Trastomhas cille gan teorainn
● Réimse mór samplaí atá incháilithe le haghaidh anailíse, lena n-áirítear cineálacha fíocháin chasta agus leochaileacha atá seans maith go gcruinneoidh nó go scriosfaidh cealla iad le linn dícheangal fíocháin
Samplaí nach féidir a anailísiú trí sheicheamhú RNA aoncheallach agus atá incháilithe le haghaidh seicheamhú RNA núicléas aonair:
| Ceall / Fíochán | Cúis |
| Fíochán reoite neamh-úr | Ní féidir eagraíochtaí úra nó eagraíochtaí a shábháileadh le fada a fháil |
| Cill matáin, meigeacaraicít, saill… | Tá trastomhas na cille rómhór le dul isteach san ionstraim |
| Ae… | Ró-leochaileach le briseadh, gan cumas cealla aonair a idirdhealú |
| Cill néaróin, inchinn… | Níos íogaire, níos éasca le strus a chur air, athróidh sé torthaí an tseicheamhaithe |
| Briseán, Tíoróideach… | Saibhir in einsímí dúchasacha, a théann i bhfeidhm ar tháirgeadh fionraí cille aonair |
Núicléas aonair vs Cill aonair
| Núicléas aonair | Aoncheallach |
| Trastomhas cille gan teorainn | Trastomhas na cille: 10-40 μm |
| Is féidir an t-ábhar a bheith ina fhíochán reoite | Ní mór an t-ábhar a bheith ina fhíochán úr |
| Strus íseal cealla reoite | D’fhéadfadh cóireáil einsím imoibriú struis cille a chur faoi deara |
| Ní gá cealla fola dearga a bhaint | Caithfear cealla fola dearga a bhaint |
| Bithfhaisnéis a léiríonn núicléas | Léiríonn an chill iomlán bithfhaisnéis |
Sonraíochtaí
| Riachtanais Shamplacha | Leabharlann | Straitéis seicheamhúcháin | Sonraí molta | Rialú Cáilíochta |
| Fíochán ainmhithe ≥ 200 mg Fíochán plandaí ≥ 400 mg | Leabharlann cDNA 10x Géanómaíocht sn | Illumina PE150 | 100K léamh PE in aghaidh na cille (100-200 GB) | 700-1200 núicléas/μl agus sláine na núicléas breathnaithe faoin micreascóp |
Chun tuilleadh sonraí a fháil faoi threoir ullmhúcháin samplaí agus sreabhadh oibre seirbhíse, bíodh leisce ort labhairt leSaineolaí BMKGENE
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Áirítear an anailís seo a leanas:
● Rialú Cáilíochta: líon na gcealla, braiteadh géine, sainaithint chruinn cealla, móilíní RNA agus cainníochtú léirithe
● Anailís ar an Sampla Inmheánach:
Braisliú cealla agus anótáil braisle
Anailís ar Léiriú Difreálach: sainaithint DEGanna i mbraislí
Anótáil fheidhmiúil agus saibhriú DEGanna braisle
● Anailís Idirghrúpa:
Teaglaim sonraí
Anailís ar Léiriú Difreálach: sainaithint DEGanna i ngrúpaí
Anótáil fheidhmiúil agus saibhriú DEGanna grúpa
● Anailís Ardleibhéil:
Anailís timthriall cille
Anailís bréag-ama
Anailís cumarsáide ceallach (CellPhoneDB)
Anailís Saibhrithe Tacair Géine (GSEA)
Anailís sampla istigh
Braisliú cealla:
Anailís ar Léiriú Difreálach: DEGanna braisle
Anailís idirghrúpa
Anailís ar Léiriú Difreálach: Grúpa DEGanna
Anailís Ardleibhéil:
Anailís bréag-ama:
Anailís timthriall cille:
Scrúdaigh na dul chun cinn atá éascaithe ag seirbhísí seicheamhú RNA aon-núicléas BMKGene le 10X Chromium sna foilseacháin seo a leanas:
Wang, L. et al. (2021) 'Nochtann anailís transcriptómach aoncheallach tírdhreach imdhíonachta na scamhóg i ngearradh asma atá frithsheasmhach in aghaidh stéaróidigh',Imeachtaí Acadamh Náisiúnta na nEolaíochtaí de chuid Stáit Aontaithe Mheiriceá, 118(2), lch. e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118
Zheng, H. et al. (2022) 'Líonra Rialála Domhanda le haghaidh Léiriú Géine Mírialáilte agus Comharthaíocht Meitibileach Neamhghnácha i gCealla Imdhíonachta i Micrea-thimpeallacht Ghalar Graves agus Thyroiditis Hashimoto',Teorainneacha san Imdhíoneolaíocht, 13, lch. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
Tian, H. et al. (2023) 'Nochtann trascríbhinn aoncheallach éagsúlacht agus freagairtí imdhíonachta leukocytes tar éis vacsaínithe le Edwardsiella tarda neamhghníomhachtaithe i leathóg (Paralichthys olivaceus)',Dobharshaothrú, 566, lch. 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.
Yu, Y. et al. (2023) 'Feabhsaíonn teiripe fótadinimiciúil toradh coscairí seicphointe imdhíonachta trí athmhúnlú imdhíonachta frith-meall in othair a bhfuil ailse gastrach orthu',Ailse Gastrach, 26(5), lgh 798–813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS.
