Seicheamhú Blúirín Aimplithe Lócas Sonrach (SLAF-Seq)
Sreabhadh Oibre
Tá roinnt réamhdhearaidh in silico ag an tseirbhís chun an rogha einsíme is fearr is féidir a ráthú agus an leabharlann á hullmhú.
Scéim Theicniúil
Gnéithe Seirbhíse
● Seicheamhú ar NovaSeq le PE150.
● Ullmhú leabharlainne le códú barra dúbailte, rud a chuireann ar chumas breis is 1000 sampla a chomhthiomsú.
● Neamhspleách ar an ngéanóm tagartha:
Le géanóm tagartha: fionnachtain SNP agus InDel
Gan ghéanóm tagartha: braisliú samplach agus fionnachtain SNP
● Sain-silicoDéantar scagadh ar il-chomhcheangail einsímí srianta ag céim na réamh-dearaidh chun na cinn a ghineann dáileadh aonfhoirmeach clibeanna SLAF feadh an ghéanóim a aimsiú.
● Le linn an réamh-thurgnaimh, déantar tástáil ar thrí chomhcheangal einsímí i 3 shampla chun 9 leabharlann SLAF a ghiniúint, agus úsáidtear an fhaisnéis seo chun an chomhcheangal einsímí srianta is fearr don tionscadal a roghnú.
Buntáistí Seirbhíse
●Fionnachtain Marcóirí Géiniteacha ArdComhtháthaímid córas cód barra dúbailte ard-táirgeachta a chuireann ar ár gcumas daonraí móra a sheicheamhú ag an am céanna, agus aimpliú lócas-shonrach a fheabhsaíonn éifeachtúlacht, rud a chinntíonn go gcomhlíonann uimhreacha clibeanna riachtanais éagsúla cheisteanna taighde éagsúla.
● Spleáchas Íseal ar an nGéanómIs féidir é a chur i bhfeidhm ar speicis a bhfuil nó nach bhfuil géanóm tagartha acu.
●Dearadh Scéime SolúbthaIs féidir díleá aon-einsím, dé-einsím, il-einsím, agus cineálacha éagsúla einsímí a roghnú chun freastal ar spriocanna taighde nó speicis éagsúla.
● Ard-Éifeachtúlacht i nDíleá EinsímeachSeoladhin-silicoCinntíonn réamhdhearadh agus réamh-thurgnamh dearadh is fearr le dáileadh cothrom clibeanna SLAF ar an crómasóm (1 chlib SLAF/4Kb) agus seicheamh athchleachtach laghdaithe (<5%).
●Saineolas fairsingTugann muid réimse leathan taithí le gach tionscadal, agus tá taifead againn maidir le breis is 5000 tionscadal SLAF-Seq a dhúnadh ar na céadta speiceas, lena n-áirítear plandaí, mamaigh, éin, feithidí agus orgánaigh uisceacha.
● Sreabhadh Oibre Bithfhaisnéise FéinfhorbarthaD'fhorbraíomar sreabhadh oibre bithfhaisnéise comhtháite do SLAF-Seq chun iontaofacht agus cruinneas an aschuir chríochnaithigh a chinntiú.
Sonraíochtaí Seirbhíse
| Cineál anailíse | Scála daonra molta | Straitéis seicheamhúcháin | |
| Doimhneacht seicheamhú clibeanna | Uimhir an chlib | ||
| Léarscáileanna Géiniteacha | 2 thuismitheoir agus >150 sliocht | Tuismitheoirí: 20x WGS Lasmuigh: 10x | Méid an ghéanóim: <400 Mb: Moltar WGS <1Gb: 100K clibeanna 1-2Gb:: 200K clibeanna >2Gb: 300K clibeanna Uasmhéid 500k clibeanna |
| Staidéir Chomhlachais ar fud an Ghéanóim (GWAS) | ≥200 sampla | 10x | |
| Éabhlóid Ghéiniteach | ≥30 sampla, le >10 sampla ó gach foghrúpa | 10x | |
Riachtanais Seirbhíse
Tiúchan ≥ 5 ng/µL
Méid iomlán ≥ 80 ng
Nana-bhraon OD260/280=1.6-2.5
Glóthach agaróise: gan aon dhíghrádú nó éilliú nó éilliú teoranta
Seachadadh Samplach Molta
Coimeádán: feadán lártheifneoir 2 ml
(I gcás fhormhór na samplaí, molaimid gan iad a chaomhnú in eatánól)
Lipéadú samplach: Ní mór samplaí a bheith lipéadaithe go soiléir agus comhionann leis an bhfoirm faisnéise samplach a cuireadh isteach.
Loingsiú: Oighear tirim: Ní mór samplaí a phacáil i málaí ar dtús agus iad a adhlacadh in oighear tirim.
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Sampla QC
Turgnamh píolótach
Turgnamh SLAF
Ullmhúchán Leabharlainne
Seicheamhú
Anailís Sonraí
Seirbhísí Tar éis Díola
Áirítear ar ár n-anailís bithfhaisnéiseach:
QC sonraí agus bearradh sonraí chun léamha N-saibhir, léamha oiriúnaitheora nó léamha ísealchaighdeáin a bhaint.
Déantar an dara rialú cáilíochta ar na léamha glana chun an dáileadh bonn, cáilíocht an tseicheamh agus measúnú sonraí a sheiceáil, ach freisin chun éifeachtúlacht an díleá agus na hiontrálacha a fhaightear a sheiceáil.
Nuair a bheidh na léamha seiceáilte, tá dhá rogha ann:
- Mapáil chuig an ngéanóm tagartha
- Gan ghéanóm tagartha: braisliú
Ina dhiaidh sin, úsáidtear anailís ar chlibeanna SLAF chun roinnt glaonna malairte a dhéanamh chun cabhrú le fionnachtain marcóirí: SNP, InDel, SNV, glaonna CV agus anótáil.
Dáileadh clibeanna SLAF ar chrómasóim:
Dáileadh SNPanna ar chrómasóim:
Anótáil SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X agus Shi C (2023) Mapáil QTL agus anailís trascríbhinne ar ábhar siúcra le linn aibithe torthaíPyrus pyrifolia.Tosaigh. Eolaíocht Plandaí.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Nochtann sainaithint st1 roghnú a bhaineann le moirfeolaíocht síolta agus ábhar ola a athrú le linn ceansú pónairí soighe.Irisleabhar Biteicneolaíochta Plandaí, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.srl.Seicheamh géanóim agus éagsúlacht ghéiniteach an charpáin choitinn,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.srl.Tugann géanóm peanut saothraithe léargas ar chariotíopaí pischineálaigh, éabhlóid polaplóideach agus ceansú barr.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Bliain | Irisleabhar | IF | Teideal | Feidhmchláir |
| 2022 | Cumarsáid nádúrtha | 17.694 | Bunús géanómach na ngigea-chrómasóm agus an ghigea-ghéanóm i bpíon crainn Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Fíteolaí Nua | 7.433 | Tá rianta coise ceansaithe ag daingniú réigiúin ghéanómacha a bhfuil tábhacht agranamaíoch leo i pónairí soighe | SLAF-GWAS |
| 2022 | Iris um Thaighde Ardleibhéil | 12.822 | Iontrálacha saorga ar fud an ghéanóim de Gossypium barbadense i G. hirsutum nochtann loci níos fearr chun feabhas a chur ar cháilíocht agus ar thoradh snáithín cadáis ag an am céanna tréithe | SLAF-Géineolaíocht Éabhlóideach |
| 2019 | Gléasra Móilíneach | 10.81 | Nochtann Anailís Ghéanómach Daonra agus Tionól De Novo Bunús na Fiailí Rís mar Chluiche Éabhlóideach | SLAF-Géineolaíocht Éabhlóideach |
| 2019 | Géineolaíocht Dúlra | 31.616 | Seicheamh géanóim agus éagsúlacht ghéiniteach an charpáin choitinn, Cyprinus carpio | Léarscáil SLAF-Nasc |
| 2014 | Géineolaíocht Dúlra | 25.455 | Tugann géanóm peanut saothraithe léargas ar chariotíopaí pischineálaigh, polaplóideacha éabhlóid agus ceansú barr. | Léarscáil SLAF-Nasc |
| 2022 | Irisleabhar Biteicneolaíochta Plandaí | 9.803 | Nochtann sainaithint ST1 roghnú lena mbaineann moirfeolaíocht síolta a thapú agus cion ola le linn ceansú pónairí soighe | Forbairt SLAF-Marcóra |
| 2022 | Iris Idirnáisiúnta na nEolaíochtaí Móilíneacha | 6.208 | Aitheantas agus Forbairt Marcóirí DNA do Chruithneacht-Leymus mollis 2N (2D) Ionadú Crómasóim Déshómach | Forbairt SLAF-Marcóra |
| Bliain | Irisleabhar | IF | Teideal | Feidhmchláir |
| 2023 | Teorainneacha san eolaíocht plandaí | 6.735 | Mapáil QTL agus anailís trascríbhinne ar ábhar siúcra le linn aibiú torthaí Pyrus pyrifolia | Léarscáil Ghéiniteach |
| 2022 | Irisleabhar Biteicneolaíochta Plandaí | 8.154 | Nochtann sainaithint ST1 roghnú lena mbaineann moirfeolaíocht síolta agus ábhar ola a athrú le linn ceansú pónairí soighe.
| Glaoch SNP |
| 2022 | Teorainneacha san eolaíocht plandaí | 6.623 | Mapáil Chomhlachais Leathan-Ghéanóim de Fhéinitíopaí Hulless Barely i dTimpeallacht Triomach.
| GWAS |
