Seicheamhú Mír Mhéadaithe Sain-Locus (SLAF-Seq)
Sonraí Seirbhíse
Scéim Theicniúil
Sreabhadh oibre
Buntáistí Seirbhíse
Éifeachtúlacht fionnachtana marcála ard- Cuidíonn teicneolaíocht seicheamhaithe ard-thréchuir le SLAF-Seq na céadta mílte clibeanna a aimsiú laistigh den ghéanóm iomlán.
Braitheann spleáchas íseal ar an genome- Is féidir é a chur i bhfeidhm ar speicis le géanóm tagartha nó gan é.
Dearadh scéime solúbtha- Einsím aonair, dé-einsímí, díleá il-einsímí agus cineálacha éagsúla einsímí, is féidir iad go léir a roghnú chun freastal ar sprioc nó ar speicis taighde éagsúla.Úsáidtear réamh-mheastóireacht i silico chun dearadh barrmhaith na heinsíme a chinntiú.
Díleá einsímeach éifeachtach- Rinneadh réamh-turgnamh chun na coinníollacha a bharrfheabhsú, rud a fhágann go bhfuil an turgnamh foirmiúil cobhsaí agus iontaofa.Is féidir le héifeachtacht bailiúcháin blúirí níos mó ná 95% a bhaint amach.
Clibeanna SLAF a dháiltear go cothrom- Déantar clibeanna SLAF a dháileadh go cothrom ar na crómasóim go léir a mhéid is mó, ag baint amach 1 SLAF in aghaidh 4 kb ar an meán.
Seachnadh éifeachtach athuair- Laghdaítear seicheamh athchleachtach i sonraí SLAF-Seq go dtí níos ísle ná 5%, go háirithe i speicis a bhfuil ardleibhéal athrá orthu, mar shampla cruithneacht, arbhar Indiach, etc.
Taithí fhairsing-Os cionn 2000 tionscadal dúnta SLAF-Seq ar na céadta speiceas a chlúdaíonn plandaí, mamaigh, éin, feithidí, aqua-orgánaigh, etc.
Sreabhadh oibre bithfhaisnéiseach féinfhorbartha- D'fhorbair BMKGENE sreabhadh oibre bithfhaisnéiseach comhtháite do SLAF-Seq chun iontaofacht agus cruinneas an aschuir deiridh a chinntiú.
Sonraíochtaí Seirbhíse
| Ardán | Conc.(ng/gl) | Iomlán (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Imleabhar>15μl) | 1.6-2.5 |
Straitéis Seicheamhaithe Molta
Doimhneacht seicheamhaithe: 10X/Clib
| Méid Genome | Clibeanna SLAF Molta |
| < 500 Mb | 100K nó WGS |
| 500 Mb- 1 Gb | 100K |
| 1 Gb -2 Gb | 200K |
| Géanóim ollmhóra nó casta | 300 - 400K |
| Feidhmchláir
| Molta Scála Daonra
| Straitéis agus doimhneacht seicheamhaithe
| |
| Doimhneacht
| Uimhir Chlib
| ||
| GWAS
| Uimhir shamplach ≥ 200
| 10X
|
De réir méid genome
|
| Éabhlóid Ghéiniteach
| Daoine aonair gach ceann acu foghrúpa ≥ 10; samplaí iomlán ≥ 30
| 10X
| |
Seachadadh Samplach Molta
Coimeádán : 2 ml feadán lártheifneoir
Don chuid is mó de na samplaí, molaimid gan a chaomhnú in eatánól.
Lipéadú samplach: Ní mór samplaí a lipéadú go soiléir agus go bhfuil siad comhionann leis an bhfoirm faisnéise samplach a cuireadh isteach.
Loingsiú: Oighear tirim: Ní mór samplaí a phacáil i málaí ar dtús agus a chur faoi oighear tirim.
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
QC samplach
Turgnamh píolótach
SLAF-turgnamh
Ullmhúchán Leabharlainne
Seicheamhú
Anailís Sonraí
Seirbhísí Tar éis Díolacháin
1. Staitisticí ar thoradh léarscáile
2. Forbairt marcála SLAF
3. Nóta athraithe
| Bliain | Irisleabhar | IF | Teideal | Feidhmchláir |
| 2022 | Cumarsáid dúlra | 17.694 | Bunús genomic na giga-crómasóim agus giga-genome de peony crann Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Fíteolaí Nua | 7. 433 | Ancaire lorgairí baile réigiúin ghéanómaíochta a bhfuil tábhacht agronomic leo i pónairí soighe | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Ionsáruithe saorga ar fud an ghéanóim de Gossypium barbadense isteach i G. hirsutum nochtann loci níos fearr chun feabhas comhuaineach ar cháilíocht agus ar tháirgeacht snáithíní cadáis tréithe | SLAF-Géineolaíocht éabhlóideach |
| 2019 | Gléasra Móilíneach | 10.81 | Nocht Anailís Ghéanómaíochta Daonra agus Tionól De Novo Bunús na Weedy Rís mar Cluiche Éabhlóideach | SLAF-Géineolaíocht éabhlóideach |
| 2019 | Géineolaíocht an Dúlra | 31.616 | Seicheamh genome agus éagsúlacht ghéiniteach an charbáin choitinn, Cyprinus carpio | Nasc léarscáil SLAF |
| 2014 | Géineolaíocht an Dúlra | 25.455 | Soláthraíonn genome peanut saothraithe léargas ar karyotypes léagúim, polyploid éabhlóid agus ceansaithe barr. | Nasc léarscáil SLAF |
| 2022 | Iris Biteicneolaíochta Plandaí | 9. 803 | Léiríonn aithint ST1 rogha a bhaineann le hitchhiking de mhoirfeolaíocht síolta agus ábhar ola le linn dosú pónaire soighe | SLAF-Marcóir a fhorbairt |
| 2022 | Iris Idirnáisiúnta na nEolaíochtaí Móilíneacha | 6. 208 | Sainaithint agus Forbairt Marcóir DNA le haghaidh Cruithneacht-Leymus mollis 2Ns (2D) Ionadú Crómasóm Disomic | SLAF-Marcóir a fhorbairt |
