Seicheamhú Tras-scríbhinní Iomlána – Illumina
Gnéithe
● Giniúint déleabharlainne chun an transcriptóm iomlán a sheicheamhú: leabharlann ídithe rRNA agus ullmhú leabharlainne RNA bhig.
● Anailís bhithfhaisnéiseach iomlán ar mRNA, lncRNA, circRNA agus miRNA i dtuarascálacha bhithfhaisnéiseacha ar leithligh, chomh maith le hanailís chomhpháirteach leis an léiriú RNA go léir comhcheangailte, lena n-áirítear anailís ar líonraí ceRNA.
Buntáistí Seirbhíse
●Saineolas fairsingTá breis is 2100 tionscadal transcriptome iomlán próiseáilte againn, a chuimsíonn cineálacha éagsúla samplaí. Tugann muid an saineolas fairsing seo chuig gach tionscadal.
●Rialú Cáilíochta DianCuirimid pointí rialaithe lárnacha i bhfeidhm i ngach céim, ó ullmhú samplaí go hullmhú leabharlainne, seicheamhú agus bithfhaisnéisíocht. Cinntíonn ár monatóireacht mhionsonraithe go seachadtar torthaí ardchaighdeáin i gcónaí.
●Anótáil ChuimsitheachÚsáidimid ilbhunachair shonraí chun na Géinte atá Léirithe go Difreálach (DEGanna) a anótáil go feidhmiúil agus anailísí saibhrithe comhfhreagracha a dhéanamh. Tugann an cur chuige cuimsitheach seo léargas ar na próisis cheallacha agus mhóilíneacha atá mar bhunús leis an bhfreagairt transcriptome, rud a chinntíonn go bhfaigheann tú an fhaisnéis uile is féidir faoi shonraí do thurgnaimh.
●Anailís dhomhain ar líonraí rialálaCuirtear anailís líonra ceRNA ar chumas trí sheicheamhú comhpháirteach mRNA, lncRNA, circRNA, agus miRNA agus trí shreabhadh oibre bithfhaisnéise fairsing.
●Tacaíocht Iar-DhíolacháinTuigimid cé chomh tábhachtach is atá sé a bheith i láthair, agus sin an fáth a síneann ár dtiomantas níos faide ná críochnú tionscadail le tréimhse seirbhíse iar-díola 3 mhí. Le linn an ama seo, cuirimid obair leantach tionscadail, cúnamh fabhtcheartaithe, agus seisiúin C&F ar fáil chun aon cheisteanna a bhaineann leis na torthaí a fhreagairt.
Riachtanais Shamplacha agus Seachadadh
| Leabharlann | Straitéis seicheamhúcháin | Sonraí molta | Rialú Cáilíochta |
| rRNA ídithe | Illumina PE150 | 16 GB | Q30≥85% |
| Méid roghnaithe | Illumina SE50 | 10-20M léamh |
Riachtanais Shamplacha:
Núicléatídí:
| Tiúchan (ng/μl) | Méid (μg) | Íonacht | Ionracas |
| ≥ 80 | ≥ 1.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Éilliú próitéine nó DNA teoranta nó gan aon éilliú ar bith le feiceáil ar an glóthach. | RIN≥6.0 5.0≥28S/18S≥1.0; airde bonnlíne teoranta nó gan aon airde bunlíne |
Seachadadh Samplach Molta
Coimeádán: feadán lártheifneoir 2 ml (Ní mholtar scragall stáin)
Lipéadú samplach: Grúpáil+macasamhail m.sh. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Loingsiú:
1. Oighear tirim: Ní mór samplaí a phacáil i málaí agus a adhlacadh in oighear tirim.
2. Feadáin RNAstable: Is féidir samplaí RNA a thriomú i bhfeadán cobhsaíochta RNA (m.sh. RNAstable®) agus a sheoladh ag teocht an tseomra.
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Dearadh turgnaimh
Seachadadh samplach
Eastóscadh RNA
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
Bithfhaisnéisíocht
Chomh maith leis an anailís ar fad ar gach ceann acu, cuirtear na 4 chineál RNA le chéile inár n-anailís chomhpháirteach:
- Anailís chomhléirithe idir na cineálacha éagsúla sonraí RNA go léir
- Forbhreathnú ar léiriú RNA
- Forbhreathnú ar an léiriú difreálach
- Líonra CeRNA
- Géinte tábhachtacha comhtháite sa chonair
- Anailís chaomhnaithe
- Caidreamh spriocdhírithe
Forbhreathnú ar léiriú RNA
Géinte a léirítear go difriúil
anailís ceRNA
MiRNAanna a léirítear go difriúil agus RNAanna gaolmhara
Déan iniúchadh ar na dul chun cinn taighde a éascaíonn seirbhísí seicheamhú trascríptóim iomlána BMKGene trí bhailiúchán coimeádta foilseachán.
Dai, Y. et al. (2022) 'Próifílí léirithe cuimsitheacha mRNAs, lncRNAs agus miRNAs i ngalar Kashin-Beck arna sainaithint trí sheicheamhú RNA',Óimic Mhóilíneach, 18(2), lgh. 154–166. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al. (2022) 'Anailís iomlán trascríptóim ar fhriotaíocht fuar Apis cerana i Sliabh Changbai le linn na tréimhse geimhridh.'Géin, 830, lgh. 146503–146503. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al. (2022) 'Tosaíocht a Thabhairt do Líonraí Rialála RNA Intíre Iomaíocha i Ailse Scamhóg Ceallach Beag atá Bunaithe ar Chomhtháthú Il-Óimice: Saintréithe Móilíneacha agus Iarrthóirí Drugaí',Teorainneacha san Oncolaíocht, 12, lch. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al. (2022) 'Nochtann anailís chomhtháite ar phróifílí léirithe lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA léargais nua ar mheicníochtaí féideartha mar fhreagairt ar néimeatóidí snaidhm fréimhe i bpiseanna talún',Géanómaíocht BMC, 23(1), lgh 1–12. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Yan, Z. et al. (2022) 'Léiríonn seicheamhú RNA trascríbhinní iomláin na meicníochtaí móilíneacha a bhaineann le cothabháil cáilíochta iar-fhómhair i mbrócailí trí radaíocht LED dearg',Bitheolaíocht agus Teicneolaíocht Iar-Fhómhair, 188, lch. 111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
