16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Buannachdan seirbheis
● Neo-iomallachd agus comharrachadh luath de cho-dhèanamh microbial ann an sampallan àrainneachd
● Fuasgladh àrd ann an co-phàirtean ìosal ann an sampallan àrainneachd
● QIIME2 as ùire a’ dèanamh anailis air sruth le mion-sgrùdaidhean eadar-dhealaichte a thaobh stòr-dàta, notaichean, OTU/ASV.
● Àrd-throughput, nas àirde mionaideachd
● Co-cheangailte ri diofar sgrùdaidhean coimhearsnachd microbial
● Tha eòlas farsaing aig BMK le còrr air 100,000 sampall / bliadhna, a’ còmhdach ùir, uisge, gas, sludge, feces, caolan, craiceann, broth coipeadh, biastagan, lusan, msaa.
● Chuidich BMKCloud eadar-mhìneachadh dàta anns an robh 45 inneal mion-sgrùdaidh pearsanaichte
Sònrachaidhean seirbheis
| SeicheamhÀrd-ùrlar | Leabharlann | Toradh dàta air a mholadh | An ùine tionndaidh tuairmseach |
| Àrd-ùrlar Illumina NovaSeq | PE250 | 50K/100K/300K Tags | 30 Làithean |
Mion-sgrùdadh bioinformatics
● Raw dàta smachd càileachd
● cruinneachadh OTU/Dì-fhuaim (ASV)
● OTU nota
● Iomadachd Alpha
● Iomadachd beta
● Mion-sgrùdadh eadar-buidhne
● Mion-sgrùdadh comann mu choinneamh factaran deuchainneach
● Gnìomh ro-innse gine
Sampall riatanasan agus lìbhrigeadh
Sampall Riatanasan:
AirsonDNA earrannan:
| Seòrsa Sampall | Suim | dùmhlachd | Purity |
| DNA earrannan | mu 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Airson sampallan àrainneachd:
| Seòrsa sampall | Modh samplachaidh air a mholadh |
| Ùir | Meud sampall: approx.5 g;Feumar an stuth seargach a tha air fhàgail a thoirt air falbh bhon uachdar;bleith pìosan mòra agus a dhol tro shìoltachain 2 mm;Samhlaidhean Aliquot ann an EP-tube sterile no cyrotube airson a ghlèidheadh. |
| Feces | Meud samplachaidh: approx.5 g;Cruinnich agus cuir às do shamhlaichean ann an EP-tube no cryotube sterile airson a ghlèidheadh. |
| Susbaint intestinal | Feumaidh sampaill a bhith air an giullachd fo staid aseptic.Nigh stuth cruinnichte le PBS;Centrifuge am PBS agus cruinnich am precipitant ann an tiùban EP. |
| Sloda | Meud sampall: approx.5 g;Cruinnich agus cuir às do shampall sloda ann an EP-tube no cryotube sterile airson a ghlèidheadh |
| Corp uisge | Airson sampall le glè bheag de mhicrobial, leithid uisge tap, uisge tobar, msaa, cruinnich co-dhiù 1 L uisge agus gabh tro shìoltachan 0.22 μm gus beairteachadh microbial air an membran.Glèidh an membran ann an tiùb sterile. |
| Craiceann | Dèan sgrìobadh gu faiceallach air uachdar a ’chraicinn le swab cotan sterile no lann lannsa agus cuir ann an tiùb sterile e. |
Lìbhrigeadh sampall air a mholadh
Reothaich na sampallan ann an nitrigin leaghaidh airson 3-4 uairean agus stòr ann an nitrigin leaghaidh no -80 ceum gu glèidheadh fad-ùine.Tha feum air lìbhrigeadh sampall le deigh tioram.
Sruth Obrach Seirbheis
Lìbhrigeadh sampall
Togalach leabharlainn
Seicheamh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às deidh reic
1.Species sgaoileadh
Mapa 2.Heat: Cruinneachadh beairteas gnè
3.Rare faction lùb
Mion-sgrùdadh 4.NMDS
Mion-sgrùdadh 5.Lefse
Cùis BMK
Bidh daoine reamhar le agus às aonais tinneas an t-siùcair seòrsa 2 a’ nochdadh comas gnìomh agus sgrìobhadh microbial gut eadar-dhealaichte
Foillsichte:Host Cell & Microbe, 2019
Ro-innleachd sreathachaidh:
Neo-tinneas an t-siùcair lean (n=633);Obese neo-diabetes (n=494);Tinneas an t-siùcair seòrsa 2 reamhar (n=153);
Roinn targaid: 16S rDNA V1-V2
Àrd-ùrlar: Illumina Miseq (sreath amplicon stèidhichte air NGS)
Chaidh fo-sheata de earrannan DNA a chuir an sàs ann an sreath metagenomic air Illumina Hiseq
Prìomh thoraidhean
Chaidh eadar-dhealachadh soirbheachail a dhèanamh air cunntasan microbial de na galairean metabolach sin.
Le bhith a 'dèanamh coimeas eadar feartan microbial a chaidh a chruthachadh le sreath 16S, chaidh a lorg gu robh reamhrachd co-cheangailte ri atharrachaidhean ann an sgrìobhadh microbial, feartan fa leth, gu h-àraid lùghdachadh mòr ann an Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, msaa. .
Iomradh
Thingholm, LB , et al.“Bidh daoine reamhar le agus às aonais tinneas an t-siùcair seòrsa 2 a’ nochdadh comas gnìomh agus cumadh microbial eadar-dhealaichte. ”Host Cell & Microbe26.2 (2019).
