Sreathachadh Amplicon 16S/18S/ITS-NGS
Feartan Seirbheis
● Àrd-ùrlar sreathachaidh: Illumina NovaSeq.
● Leudachadh roinnean goirid de 16S, 18S agus ITS, am measg thargaidean leudachaidh eile.
● Roghainnean sùbailte amplicon.
● Eòlas roimhe air pròiseactan le iomadh targaid leudachaidh.
Buannachdan Seirbheis
●Gun aonaranachd:Comharrachadh luath air co-dhèanamh meanbh-bhitheach ann an sampallan àrainneachdail.
●Rùn ÀrdAnn an co-phàirtean ìosal ann an sampallan àrainneachdail.
●Gu farsaing iomchaidhSgrùdaidhean air coimhearsnachdan meanbh-fhàs-bheairtean eadar-mheasgte.
●Mion-sgrùdadh Bith-fhiosrachaidh CoileantaAm pasgan QIIME2 as ùire (lèirsinn chainníomach air eag-eòlas meanbh-fhàs-bheairtean) le mion-sgrùdaidhean eadar-mheasgte a thaobh stòr-dàta, notaichean, OTU/ASV.
●Eòlas farsaingLe 150 mìle pròiseact sreath-sgrùdaidh amplicon air an dèanamh gach bliadhna, tha còrr is deich bliadhna de eòlas, sgioba anailis sgileil, susbaint coileanta, agus taic iar-reic sàr-mhath aig BMKGENE.
Sònrachaidhean Seirbheis
| Leabharlann | Ro-innleachd Sreathachaidh | Dàta a thathar a’ moladh |
| Amplicon | Illumina PE250 | Tagaichean 50/100/300K (Pàirean Leughaidh) |
Riatanasan Seirbheis
| Dùmhlachd (ng/µL) | Suim iomlan (ng) | Meud (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Ùir/slog: 1-2g
● Susbaint caolan-bheathach: 0.5-2g
● Susbaint na caolan-bhiastagan: 0.1-0.25g
● Uachdar planntrais (grùid bheairteach): 0.1-0.5g
● Grùid beairteach ann am broth coipeadh): 0.1-0.5g
● Feces (beathaichean mòra): 0.5-2g
● Salchar (luchag): 3-5 gràinnean
● Lionn-nighe alveolar sgamhain: pàipear sìoltachain
● Swab faighneach: 5-6 swaban
● Suab craicinn/gineadail/seile/fighe bog beòil/suab pharyngeal/suab rectal: 2-3 suab
● Meanbh-fhàs-bheairtean uachdar: pàipear sìoltachain
● Corp-uisge/èadhar/biofilm: pàipear-sìoltachain
● Endophytes: 1-2g
● Plaic Fiaclaireachd: 0.5-1g
Sruth-obrach Seirbheis
Lìbhrigeadh sampall
Togail leabharlainn
Seicheamhachadh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às dèidh reic
A’ gabhail a-steach an anailis a leanas:
- Smachd càileachd dàta amh
- Cruinneachadh OTU / De-fhuaim (ASV)
- Notaichean OTU
- Mion-sgrùdadh iomadachd alpha: iomadh clàr-amais, nam measg Shannon, Simpson agus ACE.
- Mion-sgrùdadh iomadachd beta
- Mion-sgrùdadh eadar-bhuidhnean
- Mion-sgrùdadh co-dhàimh: eadar factaran àrainneachdail agus co-dhèanamh agus iomadachd OUT
- Ro-innse gine gnìomhach 16S
Histogram de sgaoileadh tacsonamach
mapa teas cruinneachaidh pailteas tacsonamach
Mion-sgrùdadh iomadachd alpha: lùb tearcachaidh
mion-sgrùdadh iomadachd beta: NMDS
Mion-sgrùdadh eadar-bhuidhnean: lorg comharran bith-eòlasach LEFSE
Rannsaich na h-adhartasan a tha air an comasachadh le seirbheisean sreath-amaplicon BMKGene le Illumina tro chruinneachadh taghte de fhoillseachaidhean.
Dong, C. et al. (2022) ‘Cruinneachadh, Microbiota Bunaiteach, agus Gnìomh Microbiota Ùir is Rùsg an Rhizosphere ann an Eucommia ulmoides’, Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) ‘Tar-chur co-bhanntachd bacteriach sintéiseach airson làimhseachadh vaginosis bacteriach air adhbhrachadh le Gardnerella vaginalis ann an luchagan’, Microbiome, 11(1), td. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. agus Liu, H. (2022) ‘Microbioman de dhuslach adhair a chaidh a chruinneachadh rè deuchainn taic-beatha bith-ath-ghinealach dùinte stèidhichte air an talamh “Lùchairt na Gealaich 365”’, Environmental Microbiomes, 17(1), td. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) ‘Pailteas ginean gnìomhachail co-cheangailte ri cruth-atharrachadh naitridean a’ cumail smachd air call naitridean ann an compostadh’, Bioresource Technology, 361, td. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
