Co-chruinneachadh Genome Bacterial ùr
Bidh sinn a’ toirt seachad seirbheis iomlan cruinneachaidh genome bacterial, a’ gealltainn 0 beàrnan. Tha seo comasach le bhith ag amalachadh teicneòlasan sreath-leughaidh fhada, leithid Nanopore agus PacBio airson cruinneachaidh agus sreath-leughaidh ghoirid le Illumina airson dearbhadh cruinneachaidh agus ceartachadh mhearachdan leughaidhean ONT. Bidh an t-seirbheis againn a’ toirt seachad an sruth-obrach bith-fhiosrachaidh iomlan bho chruinneachadh, anotachadh gnìomh, agus mion-sgrùdadh bith-fhiosrachaidh adhartach, a’ coileanadh amasan rannsachaidh sònraichte. Leigidh an t-seirbheis seo le leasachadh genomes iomraidh mionaideach airson diofar sgrùdaidhean ginteil agus genomic. A bharrachd air an sin, tha e a’ cruthachadh a’ bhunait airson tagraidhean leithid leasachadh strain, innleadaireachd ginteil, agus leasachadh teicneòlas meanbh-fhàs-bheairtean, a’ dèanamh cinnteach à dàta genomic earbsach agus gun beàrnan a tha deatamach airson adhartachadh lèirsinn saidheansail agus ùr-ghnàthachadh bith-theicneòlais.
Feartan Seirbheis
● Le dà roghainn a dh’ fhaodadh a bhith ann airson taghadh a rèir na h-ìre a tha thu ag iarraidh de iomlanachd a’ ghineim.
● Roghainn Dreachd Genome: Sreathachadh leughaidh ghoirid le Illumina NovaSeq PE150.
● Genome 0 beàrn coileanta.
● Sreathachadh leughaidh fhada air Nanopore PromethION 48 no PacBio Revio airson cruinneachadh genome.
● Sreathachadh goirid-leughaidh air Illumina NovaSeq airson dearbhadh genome agus ceartachadh mhearachdan (Nanopore) no gus dreachd genome a chruthachadh.
Buannachdan Seirbheis
●Gealladh gun Bheàrn air GenomeTha seo mar thoradh air amalachadh sreath-sgrùdadh Illumina le sreath-sgrùdadh leughaidh fhada (Nanopore no PacBio).
●Sruth-obrach Bith-fhiosrachaidh Coileanta:Tha seo a’ gabhail a-steach cruinneachadh genome agus ro-innse iomadh eileamaidean genomic, anotachadh gine gnìomhach, agus lèirsinn genome leithid plota Circos.
●Eòlas farsaingLe còrr is 20,000 genome meanbh-bhitheach air an cruinneachadh, tha BMKGENE a’ toirt leotha còrr is deich bliadhna de eòlas, sgioba anailis sgileil, susbaint coileanta, agus taic iar-reic sàr-mhath.
●Taic às dèidh reic:Tha ar gealladh a’ dol nas fhaide na crìoch a chur air pròiseact le ùine seirbheis às dèidh reic 3 mìosan. Rè na h-ùine seo, bidh sinn a’ tabhann obair leanmhainn air pròiseactan, cuideachadh le fuasgladh dhuilgheadasan, agus seiseanan C&A gus dèiligeadh ri ceistean sam bith co-cheangailte ris na toraidhean.
●Ro-innleachdan Sreathachaidh Iomadh Ri Fhaotainn:Airson diofar amasan rannsachaidh agus riatanasan iomlanachd genome.
Sònrachaidhean Seirbheis
| Seirbheis | Ro-innleachd Sreathachaidh |
| Dreachd Gèanòm | Illumina PE150 100x |
| 0 Beàrn Genome | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (roghainneil) |
Riatanasan Eisimpleir:
| Dùmhlachd (ng/µL) | Suim iomlan (µg) | Meud (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
· Bacteria: ≥3.5x1010 ceallan
Sruth-obrach Seirbheis
Lìbhrigeadh sampall
Togail leabharlainn
Seicheamhachadh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às dèidh reic
A’ gabhail a-steach an anailis a leanas:
● Smachd Càileachd Dàta Sreathachaidh
● Cruinneachadh Gìneoim
● Mion-sgrùdadh Co-phàirtean Genome: Ro-innse CDS agus iomadh eileamaid genomic
● Notaichean gnìomhach le iomadh stòr-dàta coitcheann (GO, KEGG, msaa) agus stòran-dàta adhartach (CARD, CAZy, msaa)
● Lèirsinn Gìneoim
Bidh sinn a’ toirt seachad an genome ann an cruth fasta a tha furasta a ruigsinn agus am faidhle anotachaidh genome (gff).
Notaichean gine - GO
Notaichean gine - gualaisg CUIMHNEACH
Lèirsinn-shealladh genome – plota Circos
Rannsaich na h-adhartasan a tha air an comasachadh le seirbheisean cruinneachaidh genome bacterial BMKGene tro chruinneachadh taghte de fhoillseachaidhean.
Dai, W. et al. (2023) ‘Lorg Bacteroides uniformis F18-22 mar bacterium probiotic sàbhailte is ùr airson làimhseachadh colitis ulcerative bhon choloin daonna fallain’,Iris Eadar-nàiseanta nan Saidheansan Moileciuil, 24(19), td. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) ‘Eisimplearan Proteus mirabilis a tha an aghaidh ioma-dhrogaichean a’ giùlan blaOXA-1 agus blaNDM-1 bho fhiadh-bheatha ann an Sìona: cunnart slàinte poblach a tha a’ sìor fhàs’,Sù-eòlas Amalaichte, 16(6), td. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) ‘Tha sreath iomlan genome den endophyte Bacillus flexus KLBMP 4941 a’ nochdadh a dhòigh-obrach brosnachaidh fàs planntrais agus bunait ginteil airson fulangas salainn’,Iris Bith-theicneòlais, 260, pp. 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) ‘Bidh plasmidean Klebsiella a tha an aghaidh ioma-ath-riochdachadh a’ meadhanachadh sgaoileadh farsaing de ghinean antimicrobial’,Crìochan ann am Meanbh-bhitheòlas, 12, p. 754931. doi: 10.3389/FMIB.2021.754931/BIBTEX.
