BMKCloud Log in
条形 bratach-03

Bathar

Mion-sgrùdadh Bulked Segregant

Is e dòigh-obrach a tha air a chleachdadh gus comharran ginteil co-cheangailte ri phenotype a chomharrachadh gu sgiobalta a th’ ann an mion-sgrùdadh mòr-sgaraichte (BSA).Tha prìomh shruth-obrach BSA a’ toirt a-steach taghadh dà bhuidheann de dhaoine fa leth le phenotypes air leth dùbhlanach, a’ cruinneachadh DNA gach neach gus dà mhòr-chuid de DNA a chruthachadh, a’ comharrachadh sreathan eadar-dhealaichte eadar dà linne.Tha an dòigh seo air a bhith air a chleachdadh gu mòr ann a bhith a’ comharrachadh comharran ginteil co-cheangailte gu làidir le ginean cuimsichte ann an genomes planntrais / ainmhidhean.


Mion-fhiosrachadh seirbheis

Toraidhean Demo

Sgrùdadh Cùise

Buannachdan seirbheis

12

Takagi et al., An iris lusan, 2013

● Ionadachadh ceart: Measgachadh mòr-chuid le 30 + 30 gu 200 + 200 neach gus fuaim cùl-fhiosrachaidh a lughdachadh;ro-innse sgìre tagraiche stèidhichte air mutatants neo-shin.

● Mion-sgrùdadh coileanta: Nota gnìomh gine tagraiche domhainn, a’ toirt a-steach NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, msaa.

● Ùine tionndaidh nas luaithe: Ionadachadh gine luath taobh a-staigh 45 latha obrach.

● Eòlas farsaing: Tha BMK air cur ri mìltean de fheartan ionadail, a’ còmhdach diofar ghnèithean leithid bàrr, toraidhean uisgeach, coille, flùraichean, measan, msaa.

Sònrachaidhean seirbheis

Àireamh-sluaigh:
A 'sgaradh ginealach phàrantan le phenotypes dùbhlanach.
me sliochd F2, Backcrossing (BC), loidhne inbred ath-chuimseach (RIL)

A 'measgachadh pool
Airson feartan càileachdail: 30 gu 50 neach (20 aig a’ char as lugha) / mòr-chuid
Airson tratis cainneachdail: prìomh 5% gu 10% daoine fa leth le fìor phenotypes anns an t-sluagh gu lèir (30 + 30 aig a’ char as lugha).

Doimhneachd sreathach air a mholadh
Co-dhiù 20X / pàrant agus 1X / clann fa leth (me airson amar measgachadh clann de 30 + 30 neach fa leth, bidh doimhneachd sreathachaidh 30X gach mòr-chuid)

Mion-sgrùdadh bioinformatics

● Sequencing genome slàn
 
● Giullachd dàta
 
● Gairm SNP/Indel
 
● Sgrionadh sgìre tagraiche
 
● Nota gnìomh gine tagraiche

流程图-BS-A1

Sampall riatanasan agus lìbhrigeadh

Sampall Riatanasan:

Nucleotides:

sampall gDNA

Sampall fìnealta

Meudachadh: ≥30 ng/μl

Lusan: 1-2 g

Suim: ≥2 μg (Volumn ≥15 μl)

Beathaichean: 0,5-1 g

Purity: OD260/280 = 1.6-2.5

Fuil slàn: 1.5 ml

Sruth Obrach Seirbheis

Eisimpleir QC

Dealbhadh deuchainn

lìbhrigeadh sampall

Lìbhrigeadh sampall

Deuchainn pìleat

às-tharraing RNA

Ag ullachadh leabharlainn

Togalach leabharlainn

Seicheamh

Seicheamh

Mion-sgrùdadh dàta

Mion-sgrùdadh dàta

Seirbheisean às deidh reic

Seirbheisean às deidh reic


  • Roimhe:
  • Air adhart:

  • 1.Bunait anailis co-chomainn air Astar Euclidean (ED) gus sgìre tagraiche a chomharrachadh.Anns an dealbh a leanas

    X-axis: àireamh chromosome;Tha gach dot a’ riochdachadh luach ED de SNP.Tha an loidhne dhubh a’ freagairt ri luach ED iomchaidh.Tha luach ED nas àirde a’ nochdadh ceangal nas cudromaiche eadar an làrach agus an phenotype.Tha loidhne dhearg a’ riochdachadh stairsneach de cho-cheangal cudromach.

    mRNA-FLNC-leugh-fad-sgaoileadh

     

    2.Association mion-sgrùdadh stèidhichte no SNP-clàr-amais

    X-axis: àireamh chromosome;Tha gach dot a’ riochdachadh luach clàr-amais SNP.Tha an loidhne dhubh a’ seasamh airson luach clàr-amais iomchaidh SNP.Mar as motha a tha an luach, is ann as cudromaiche a tha an ceangal.

    mRNA-Complete-ORF-fad-sgaoileadh

     

    Cùis BMK

    Tha an caractar cainneachdail mòr-èifeachd locus Fnl7.1 a’ còdachadh pròtain pailt embryogenesis fadalach co-cheangailte ri fad amhach measan ann an cucumar

    Foillsichte: Iris Bith-theicneòlas Lusan, 2020

    Ro-innleachd sreathachaidh:

    Pàrantan (Jin5-508, YN): Sreath genoma slàn airson 34 × agus 20 ×.

    Amaran DNA (50 le amhach fada agus 50 le amhaich ghoirid): A’ leantainn airson 61 × agus 52 ×

    Prìomh thoraidhean

    Anns an sgrùdadh seo, chaidh sgaradh àireamh-sluaigh (F2 agus F2: 3) a chruthachadh le bhith a’ dol thairis air loidhne cucumair fad-amhach Jin5-508 agus YN amhach goirid.Chaidh dà amar DNA a thogail le 50 neach le amhaich fhada agus 50 neach le amhaich ghoirid.Chaidh QTL mòr-bhuaidh a chomharrachadh air Chr07 le mion-sgrùdadh BSA agus mapadh traidiseanta QTL.Chaidh an roinn tagraiche a chaolachadh nas fhaide le bhith a’ mapadh mìn, tomhas abairt gine agus deuchainnean tar-ghnèitheach, a nochd prìomh ghine ann a bhith a’ cumail smachd air fad amhach, CsFnl7.1.A bharrachd air an sin, chaidh a lorg gu robh polymorphism ann an roinn adhartachaidh CsFnl7.1 co-cheangailte ri faireachdainn co-fhreagarrach.Mhol mion-sgrùdadh phylogenetic eile gu bheil coltas ann gun tàinig locus Fnl7.1 às na h-Innseachan.

    PB-làn-fhad-RNA-Sequencing-cùis-sgrùdadh

    Mapadh QTL ann am mion-sgrùdadh BSA gus sgìre tagraiche co-cheangailte ri fad amhach cucumair a chomharrachadh

    PB-làn-fhad-RNA-eile-splicing

    Pròifilean LOD de QTL fad amhach cucumair air an comharrachadh air Chr07

     
    Iomradh

    Xu, X. , et al.“Tha an caractar cainneachdail mòr-èifeachd locus Fnl7.1 a’ còdachadh pròtain pailt embryogenesis fadalach co-cheangailte ri fad amhach measan ann an cucumar.”Iris Bith-theicneòlas Lusan 18.7 (2020).

    faigh cuòt

    Sgrìobh do theachdaireachd an seo agus cuir thugainn e

    Cuir do theachdaireachd thugainn: