Sreathachadh CircRNA - Illumina
Feartan
● crìonadh rRNA agus an uair sin ullachadh stiùiridh air an leabharlainn, a’ comasachadh dàta sreath-sgrìobhaidh sònraichte do shreathan.
● Leigidh sruth-obrach bith-fhiosrachaidh le ro-innse circRNA agus tomhas abairteachd.
Buannachdan Seirbheis
●Eòlas farsaingTha sinn air còrr is 20,000 sampall a phròiseasadh, a’ dol thairis air diofar sheòrsaichean sampallan, agus bidh sinn a’ toirt ar pailteas eòlais gu gach pròiseact.
●Smachd Càileachd TeannBidh sinn a’ cur prìomh phuingean smachd an gnìomh thar gach ìre, bho ullachadh shampaill gu ullachadh leabharlainn, sreath-sgrùdadh agus bith-fhiosrachadh. Bidh ar sgrùdadh mionaideach a’ dèanamh cinnteach gu bheil toraidhean àrd-inbhe air an lìbhrigeadh gu cunbhalach.
●Leabharlannan RNA nas coileanta:Bidh sinn a’ cleachdadh crìonadh rRNA an àite crìonadh RNA loidhneach san ullachadh ro-leabharlainn againn, a’ dèanamh cinnteach gu bheil an dàta sreathachaidh a’ toirt a-steach chan e a-mhàin circRNA ach cuideachd mRNA agus lncRNA, a’ comasachadh mion-sgrùdadh co-roinnte air na seataichean dàta sin.
●Mion-sgrùdadh Roghainneil air Lìonraidhean RNA Endogenous Farpaiseach (ceRNA)A’ toirt seachad lèirsinn nas doimhne air uidheaman riaghlaidh ceallach.
● Taic às dèidh reicTha sinn a’ tuigsinn cho cudromach ’s a tha e a bhith an làthair, agus is e sin as coireach gu bheil ar dealas a’ dol nas fhaide na crìochnachadh a’ phròiseict le ùine seirbheis às dèidh reic 3 mìosan. Rè na h-ùine seo, bidh sinn a’ tabhann obair leanmhainn air a’ phròiseact, cuideachadh le fuasgladh dhuilgheadasan, agus seiseanan C&A gus dèiligeadh ri ceistean sam bith co-cheangailte ris na toraidhean.
Riatanasan Sampall agus Lìbhrigeadh
| Leabharlann | Àrd-ùrlar | Dàta a thathar a’ moladh | Càradh-cheartachaidh dàta |
| Leabharlann stiùiridh air a lughdachadh le rRNA | Illumina PE150 | 16-20 GB | Q30≥85% |
Riatanasan Eisimpleir:
Niùclasaidean:
| Dùmhlachd (ng/μl) | Meud (μg) | Purrachd | Ionracas |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Truailleadh pròtain no DNA cuibhrichte no gun truailleadh idir air a shealltainn air a’ ghel. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; àrdachadh bun-loidhne cuibhrichte no gun àrdachadh sam bith |
● Lusan:
Freumh, Gas no Peatal: 450 mg
Duilleag no sìol: 300 mg
Measan: 1.2 g
● Beathach:
Cridhe no Innidh: 450 mg
Innidh no Eanchainn: 240 mg
Fèithean: 600 mg
Cnàmhan, falt no craiceann: 1.5g
● Artrapòdan:
Biastagan: 9g
Crùbagan: 450 mg
● Fuil slàn:2 phìob
● Ceallan: 106 ceallan
● Seireamh agus Plasma: 6 ml
Lìbhrigeadh Sampall a thathar a’ moladh
Soitheach: tiùb centrifuge 2 ml (Chan eilear a’ moladh foil staoin)
Bileagan sampall: Buidheann+ath-aithris m.e. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Luingearachd:
1. Deigh thioram: Feumar sampallan a phacaigeadh ann am pocannan agus an tiodhlacadh ann an deigh thioram.
2. Tiùban RNAstable: Faodar sampallan RNA a thiormachadh ann an tiùb seasmhachd RNA (me, RNAstable®) agus an cur aig teòthachd an t-seòmair.
Sruth-obrach Seirbheis
Dealbhadh deuchainn
Lìbhrigeadh sampall
às-tharraing RNA
Togail leabharlainn
Seicheamhachadh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às dèidh reic
Bith-fhiosrachadh
- Càradh-cheartachaidh dàta
- Co-thaobhadh genome
- Aithneachadh CircRNA
- Abairteachadh CircRNA
- Mion-sgrùdadh abairtean eadar-dhealaichte
ro-innse circRNA: sgaoileadh cròmasomach
circRNAs air an cur an cèill gu eadar-dhealaichte – Plota bholcàno
circRNAs air an cur an cèill gu eadar-dhealaichte – cruinneachadh ìreachail
Beairteachadh gnìomhach ginean aoigheachd circRNA
Rannsaich na h-adhartasan rannsachaidh a tha air an comasachadh le seirbheisean sreathanachaidh circRNA aig BMKGene tro chruinneachadh taghte de fhoillseachaidhean.
Wang, X. et al. (2021) ‘Bidh CPSF4 a’ riaghladh cruthachadh circRNA agus cuir às do ghinean le microRNA ann an carcinoma hepatocellular’,Oncogene2021 40:25, 40(25), td. 4338–4351. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al. (2023) ‘Tha transcriptome a tha freagairteach do X oo a’ nochdadh dreuchd an RNA133 chruinn ann an strì an aghaidh galair le bhith a’ riaghladh abairt OsARAB ann an rus’,Rannsachadh Fìtopath-eòlais, 5(1), td. 1–14. doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. et al. (2023) ‘Bidh CPSF3 ag atharrachadh cothromachadh tar-sgrìobhaidhean cruinn is loidhneach ann an carcinoma hepatocellular’. doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al. (2023) ‘Measadh coileanta air circRNAs ann an cardiomyopathy cirrhotic ro agus às dèidh tar-chur grùthan’,Immunopharmacology Eadar-nàiseanta, 114, p. 109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
