Toraidhean

*Tha na toraidhean taisbeanaidh a chithear an seo uile bho ghinean a chaidh fhoillseachadh le Biomarker Technologies

1. Measadh ùine cuir a-steach LTR: Sheall an fhigear sgaoileadh dà-mhodhail gun samhail ann an amannan cuir a-steach LTR-RT ann an genome seagal Weining, an taca ri gnèithean eile. Nochd an ìre as àirde as ùire timcheall air 0.5 millean bliadhna air ais.

Li Guang agus a chompanaich,Gintinneachd Nàdair, 2021

2. Mion-sgrùdadh air fìlogenachd agus teaghlach gine air chayote (Sechium edule): Le bhith a’ dèanamh mion-sgrùdadh air chayote agus na 13 gnèithean co-cheangailte eile ann an teaghlach gine, chaidh a lorg gur e Chayote an fheadhainn as dlùithe a bha càirdeach do gourd nathair (Trichosanthes anguina). Thàinig Chayote bho gourd nathair timcheall air 27-45 Mya agus chaidh dùblachadh genome iomlan (WGD) fhaicinn ann an chayote ann an 25 ± 4 Mya, agus is e seo an treas tachartas WGD ann an cucuibitaceae.

Fu A et al.,Rannsachadh Gàrradaireachd, 2021

3. Mion-sgrùdadh co-thàthaidh: Chaidh cuid de ghinean co-cheangailte ri phytohormones ann an leasachadh mheasan a lorg ann an chayote, gourd nathair agus squash. Tha an co-dhàimh eadar chayote agus squash beagan nas àirde na an co-dhàimh eadar chayote agus gourd nathair.

Fu A et al.,Rannsachadh Gàrradaireachd, 2021

4. Mion-sgrùdadh teaghlaich gine: Sheall beairteachadh KEGG air leudachadh agus crìonadh teaghlaich gine ann an genomes G.thurberi agus G.davidsonii gun deach ginean co-cheangailte ri bith-cho-chur steroid agus bith-cho-chur brassinosteroid a leudachadh.

Yang Z agus a chompanaich,Bith-eòlas BMC, 2021

5. Mion-sgrùdadh dùblachaidh a’ ghinòma iomlan: Sheall mion-sgrùdadh air sgaoileadh 4DTV agus Ks tachartas dùblachaidh a’ ghinòma iomlan. Sheall mullaichean intraspecies tachartasan dùblachaidh. Sheall mullaichean eadar-ghnèithean tachartasan speiseachaidh. Chomharraich an anailis, an coimeas ris na trì gnèithean dlùth-cheangailte eile, gun deach O. europaea tro dhùblachadh gine air sgèile mhòr o chionn ghoirid.

Rao G et al.,Rannsachadh Gàrradaireachd, 2021

Cùis BMK

Ròs gun phrioch: lèirsinn genomic ceangailte ri atharrachadh taiseachd

Foillsichte: Lèirmheas Saidheans Nàiseanta, 2021

Ro-innleachd sreathachaidh:

Basye'sGun droigheann' (R.)Wichurainan) genome:
Mu 93 X PacBio + mu 90 X Nanopore + 267 X Illumina

Prìomh thoraidhean

1. Chaidh genome R.wichuraiana àrd-inbhe a thogail le bhith a’ cleachdadh dhòighean sreath-leughaidh fhada, a bheir a-mach cruinneachadh de 530.07 Mb (Bha meud measta a’ genome timcheall air 525.9 Mb le cytometry sruthadh agus 525.5 le sgrùdadh genome; bha heterozygosity timcheall air 1.03%). B’ e sgòr measta BUSCO 93.9%. An coimeas ri “Old blush” (haploOB), chaidh càileachd agus iomlanachd a’ genome seo a dhearbhadh le cruinneas bonn singilte agus clàr-amais cruinneachaidh LTR (LAI = 20.03). Tha 32,674 ginean còdaidh pròtain ann an genome R.wichuraiana.

2. Nochd mion-sgrùdadh co-cheangailte ioma-omics, anns an robh genomics coimeasach, transcriptomics, agus mion-sgrùdadh QTL air sluagh ginteil, an seòrsachadh cudromach eadar R. wichuraiana agus Rosa chinensis. A bharrachd air an sin, bha e coltach gum biodh atharrachadh ann an abairt ginean co-cheangailte ann an QTL co-cheangailte ri pàtranadh biorach gas.

Nochd mion-sgrùdadh genomaigs coimeasach eadar Basye;s Thornless agus Rosa chinensis, a’ gabhail a-steach mion-sgrùdadh co-thàthaidh, cruinneachadh teaghlaich gine, mion-sgrùdadh leudachaidh is crìonadh, àireamh mhòr de dh’atharrachaidhean, a bha co-cheangailte ri feartan cudromach ann an ròsan. Bha e glè choltach gun robh an leudachadh sònraichte ann an teaghlach gine NAC agus FAR1/FRS co-cheangailte ri strì an aghaidh spot dubh.

Zhong, M., et al. “Ròs gun phrioch: lèirsinn genomic ceangailte ri atharrachadh taiseachd”Lèirmheas Saidheans Nàiseanta, 2021;, nwab092.