Bathar

*Tha toraidhean demo a chithear an seo uile bho genomes a chaidh fhoillseachadh le Biomarker Technologies

1.LTR cuir a-steach tuairmse ùine: Sheall am figear cuairteachadh bimodal sònraichte ann an amannan cuir a-steach LTR-RTs ann an genoma seagal Weining, an coimeas ri gnèithean eile.Nochd an stùc as ùire timcheall air 0.5 millean bliadhna air ais.

Li Guang et al.,Gintinneachd Nàdair, 2021

2. Phylogeny agus mion-sgrùdadh teaghlaich gine air chayote (Sechium edule): Le bhith a 'dèanamh anailis air chayote agus na gnèithean co-cheangailte 13 eile ann an teaghlach gine, chaidh a lorg gu robh Chayote nas dlùithe co-cheangailte ri gourd nathair (Trichosanthes anguina).Chayote a thàinig bho gourd nathair ann an timcheall air 27-45 Mya agus chaidh dùblachadh genome slàn (WGD) fhaicinn ann an chayote ann an 25 ± 4 Mya, is e sin an treas tachartas WGD ann an cucuibitaceae.

Fu A et al.,Rannsachadh Gàrradaireachd, 2021

Mion-sgrùdadh 3.Synteny: Chaidh cuid de ghinean co-cheangailte ri phytohormones ann an leasachadh mheasan a lorg ann an chayote, gourd nathair agus squash.Tha an dàimh eadar chayote agus squash beagan nas àirde na an dàimh eadar chayote agus gourd nathair.

Fu A et al.,Rannsachadh Gàrradaireachd, 2021

Mion-sgrùdadh teaghlaich 4.Gene: sheall beairteas KEGG air leudachadh teaghlaich gine agus giorrachadh ann an genomes G.thurberi agus G.davidsonii gun deach biosynthesis steroid agus ginean co-cheangailte ri biosynthesis brassinosteroid a leudachadh.

Yang Z et al.,Bith-eòlas BMC, 2021

Mion-sgrùdadh dùblachadh genome 5.Whole: sheall mion-sgrùdadh sgaoilidh 4DTV agus Ks tachartas dùblachadh genome slàn.Bha stùcan intraspecies a’ sealltainn tachartasan dùblachaidh.Bha stùcan eadar-ghnèithean a’ sealltainn tachartasan sònraichte.Sheall an anailis gun deach coimeas a dhèanamh eadar O. europaea agus na trì gnèithean eile a tha dlùth cheangailte riutha, tro dhùblachadh gine air sgèile mhòr o chionn ghoirid.

Rao G et al.,Rannsachadh Gàrradaireachd, 2021

Cùis BMK

Ròs gun priobadh: seallaidhean genomic co-cheangailte ri atharrachadh taiseachd

Foillsichte: Lèirmheas Nàiseanta Saidheans, 2021

Ro-innleachd sreathachaidh:

'Tha BasyeGun tamh' (R.Wichurainan) genome:
Mu thuairmeas.93 X PacBio + timcheall air.90 X Nanopore + 267 X Illumina

Prìomh thoraidhean

1.Chaidh genoma R.wichuraiana de chàileachd àrd a thogail a’ cleachdadh dòighean seicheamhachaidh fad-leughaidh, a bheir a-mach co-chruinneachadh de 530.07 Mb (Bha meud genoma tuairmseach timcheall air 525.9 Mb a rèir sruthadh cytometry agus 525.5 le suirbhidh genome; Bha heterozygosity timcheall air 1.03%).Bha sgòr measta BUSCO aig 93.9%.An coimeas ri “Old blush” (haploOB), chaidh càileachd agus iomlanachd an genoma seo a dhearbhadh le mionaideachd aon-bhunait bunaiteach agus clàr-amais cruinneachaidh LTR (LAI = 20.03).Ann an genoma R.wichuraiana tha 32,674 ginean còdaidh pròtain.

2.Multi-omics co-sgrùdadh, a 'gabhail a-steach genomics coimeasach, transcriptomics, QTL mion-sgrùdadh air àireamh-sluaigh ginteil, nochd an t-eadar-dhealachadh deatamach eadar R. wichuraiana agus Rosa chinensis.Cuideachd, bha coltas ann gum biodh eadar-dhealachadh abairtean de ghinean co-cheangailte ann an QTL co-cheangailte ri pàtrain prickle gas.

Nochd mion-sgrùdadh genomics coimeasach eadar Basye; s Thornless agus Rosa chinensis a’ toirt a-steach mion-sgrùdadh synteny, cruinneachadh teaghlaich gine, leudachadh agus mion-sgrùdadh giorrachadh, àireamh mhòr de dh’ atharrachaidhean, a bha co-cheangailte ri feartan deatamach ann an ròsan.Bha e glè choltach gun robh an leudachadh sònraichte ann an teaghlach gine NAC agus FAR1/FRS co-cheangailte ri strì an aghaidh spot dubh.

Zhong, M., et al.“Rose without prickle: seallaidhean genomic co-cheangailte ri atharrachadh taiseachd”Lèirmheas Nàiseanta Saidheans,, 2021;, nisb092.