Sreathachadh mRNA làn-fhaid -PacBio
Feartan
● Co-chur cDNA bho mRNA poly-A agus an uair sin ullachadh leabharlainn
● Sreathachadh ann am modh CCS, a’ gineadh leughaidhean HiFi
● Sreathachadh nan tar-sgrìobhaidhean làn-fhaid
● Chan eil feum air genome iomraidh airson an anailis; ge-tà, faodar a chleachdadh
● Leigidh mion-sgrùdadh bith-fhiosrachail le mion-sgrùdadh a dhèanamh air tar-sgrìobhaidhean isoform lncRNA, co-aonaidhean gine, poly-adenylation, agus structar gine
Buannachdan Seirbheis
●Cruinneas ÀrdLeughaidhean HiFi le cruinneas >99.9% (Q30), an coimeas ri NGS
● Mion-sgrùdadh Splicing Eile: le bhith a’ cur sreath de na tar-sgrìobhaidhean gu lèir an comas aithneachadh agus comharrachadh isoform
●Eòlas farsaingLe eachdraidh de bhith a’ crìochnachadh còrr is 1100 pròiseact làn-fhaid tar-sgrìobhaidh PacBio agus a’ giullachd còrr is 2300 sampall, tha pailteas eòlais aig an sgioba againn airson gach pròiseact.
●Taic às dèidh reicTha ar gealladh a’ dol nas fhaide na crìoch a chur air a’ phròiseact le ùine seirbheis às dèidh reic 3 mìosan. Rè na h-ùine seo, bidh sinn a’ tabhann obair leanmhainn air a’ phròiseact, cuideachadh le fuasgladh dhuilgheadasan, agus seiseanan C&A gus dèiligeadh ri ceistean sam bith co-cheangailte ris na toraidhean.
Riatanasan Sampall agus Lìbhrigeadh
| Leabharlann | Ro-innleachd sreathachaidh | Dàta a thathar a’ moladh | Smachd Càileachd |
| Leabharlann CCS mRNA beairteach ann am PolyA | PacBio Seicheamh II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Riatanasan Eisimpleir:
Niùclasaidean:
● Lusan:
Freumh, Gas no Peatal: 450 mg
Duilleag no sìol: 300 mg
Measan: 1.2 g
● Beathach:
Cridhe no Innidh: 300 mg
Innidh no Eanchainn: 240 mg
Fèithean: 450 mg
Cnàmhan, falt no craiceann: 1g
● Artrapòdan:
Biastagan: 6g
Crùbagan: 300 mg
● Fuil slàn1 tiùb
● Ceallan: 106 ceallan
| Dùmhlachd (ng/μl) | Meud (μg) | Purrachd | Ionracas |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Truailleadh pròtain no DNA cuibhrichte no gun truailleadh idir air a shealltainn air a’ ghel. | Airson lusan: RIN≥7.5; Airson bheathaichean: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; àrdachadh bun-loidhne cuibhrichte no gun àrdachadh sam bith |
Lìbhrigeadh Sampall a thathar a’ moladh
Soitheach: Tiùb centrifuge 2 ml (Chan eilear a’ moladh foil staoin)
Bileagan sampall: Buidheann+ath-aithris m.e. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Luingearachd:
1. Deigh thioram: Feumar sampallan a phacaigeadh ann am pocannan agus an tiodhlacadh ann an deigh thioram.
2. Tiùban RNAstable: Faodar sampallan RNA a thiormachadh ann an tiùb seasmhachd RNA (me RNAstable®) agus an cur aig teòthachd an t-seòmair.
Sruth-obrach Seirbheis
Dealbhadh deuchainn
Lìbhrigeadh sampall
às-tharraing RNA
Togail leabharlainn
Seicheamhachadh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às dèidh reic
A’ gabhail a-steach an anailis a leanas:
● Smachd càileachd dàta amh
● Mion-sgrùdadh Poileadenylation Eile (APA)
● Mion-sgrùdadh tar-sgrìobhaidh co-aonaichte
● Mion-sgrùdadh Splicing Eile
● Mion-sgrùdadh air Orthologan Aon-lethbhreac Uile-choitcheann (BUSCO) a’ dèanamh coimeas
● Mion-sgrùdadh tar-sgrìobhaidh ùr: ro-innse sreathan còdaidh (CDS) agus anotachadh gnìomhach
● mion-sgrùdadh lncRNA: ro-innse lncRNA agus targaidean
● Aithneachadh MicroSatailit (SSR)
Mion-sgrùdadh BUSCO
Mion-sgrùdadh Splicing Eile
Mion-sgrùdadh Poileadenylation Eile (APA)
Notaichean gnìomhach air tar-sgrìobhaidhean nobhailean
Rannsaich na h-adhartasan a tha air an comasachadh le seirbheisean sreathan mRNA làn-fhaid Nanopore aig BMKGene san fhoillseachadh sònraichte seo.
Ma, Y. et al. (2023) ‘Mion-sgrùdadh coimeasach air dòighean sreath RNA PacBio agus ONT airson comharrachadh puinnsean Nemopilema Nomurai’, Genomics, 115(6), td. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) ‘Dineamaigs leasachaidh transcriptome gas Populus’, Iris Bith-theicneòlais Lusan, 17(1), td. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) ‘Atharrachaidhean Fiùghantach ann an Susbaint searbhag ascorbic rè leasachadh agus aibidh mheasan Actinidia latifolia (bàrr mheasan beairteach ann an ascorbaid) agus na dòighean moileciuil co-cheangailte’, Iris Eadar-nàiseanta nan Saidheansan Moileciuil, 23(10), td. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) ‘Ro-innse èifeachdach air ginean slighe bith-cho-chur a tha an sàs ann am poilifillins bith-ghnìomhach ann am poilifillan Paris’, Bith-eòlas Communications 2022 5:1, 5(1), td. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) ‘Mion-sgrùdadh RNA-Seq PacBio Iso-Seq agus Illumina air an Transcriptome Tuta absoluta (Meyrick) agus na ginean Cytochrome P450’, Insects, 14(4), td. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) ‘Suirbhidh air iom-fhillteachd transcriptome a’ cleachdadh mion-sgrùdadh fìor-ùine aon-mhóileciuil PacBio còmhla ri sreath RNA Illumina airson tuigse nas fheàrr fhaighinn air bith-cho-chur searbhag ricinoleic ann an Ricinus communis’, BMC Genomics, 20(1), td. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
