Bathar

Seicheamh DNA/RNA - PacBio Sequencer

Seicheamh DNA/RNA - Ìomhaigh sònraichte Sequencer PacBio

Tha àrd-ùrlar sreathachaidh PacBio na àrd-ùrlar sreathachaidh le leughadh fada, ris an canar cuideachd aon de na teicneòlasan Seicheamhachadh Treas Ginealach (TGS).Tha am prìomh theicneòlas, fìor-ùine aon-moileciuil (SMRT), a’ toirt cumhachd do bhith a’ gineadh leughaidhean le deichean de kilo-base de dh’fhaid.Air bunait “Sequencing-by-Synthesis”, tha fuasgladh nucleotide singilte air a choileanadh le stiùireadh tonn Zero-mode (ZMW), far nach eil ach meud cuibhrichte aig a’ bhonn (làrach synthesis moileciuil), air a shoilleireachadh.A bharrachd air an sin, tha sreath SMRT gu ìre mhòr a’ seachnadh claonadh sreath-sònraichte ann an siostam NGS, leis nach eil feum air a’ mhòr-chuid de cheumannan leudachaidh PCR ann am pròiseas togail leabharlainn.

Àrd-ùrlar: Sequel II, Revio

Cuir fios thugainn

Mion-fhiosrachadh seirbheis

Toraidhean Demo

Feartan

Dà dhòigh sreathachaidh air sreath PacBio: Leughadh Fada Leantainneach (CLR) agus Leughadh Co-aonta Cearcallach (CCS)

Modh sreathachaidh

Meud an Leabharlainn

Dàta teòiridheachToradh (gach cealla)

Aon-bhonnCruinneas

Iarrtasan

CLR

20Kb, 30Kb, msaa.

80 Gb gu 130 Gb

Mu thuairmeas.85%

Chan eil, gairm SV, msaa.

CCS

15-20 Kb

14 gu 40 Gb/Cill (Sequel II)

70 gu 110 Gb/Cill (Revio)

Tha e an urra ris na samples

Mu thuairmeas.99%

Chan eil, gairm SNP/Indel/SV, Iso-Seq,

Coimeas eadar coileanadh agus feartan Revio agus Sequel II

Teirmean	Sequel II siostam	Revi siostam	Meudachadh
Dùmhlachd nas àirde	8 millean ZMWs	25 millean ZMWs	3x
Ìrean neo-eisimeileach	1	4	4x
Amannan ruith nas giorra	30 uair	24 uairean	1.25x
Genomes daonna 30X HiFi / bliadhna	88	1,300	15x gu h-iomlan

Buannachdan seirbheis

● Còrr is 8 bliadhna de eòlas air àrd-ùrlar sreathachaidh PacBio le mìltean de phròiseactan dùinte le diofar ghnèithean.

● Làn-uidheamaichte leis na h-àrd-chabhsairean Sequencing PacBio as ùire, Rebio gus dèanamh cinnteach gu bheil gu leòr de chur-a-mach sreathach ann.

● Ùine tionndaidh nas luaithe, toradh dàta nas àirde agus dàta nas cruinne.

● Chuir sinn ris na ceudan de dh'fhoillseachaidhean stèidhichte air PacBio le buaidh mhòr.

Sampall Riatanasan

Seòrsa Sampall

Suim

Dùmhlachd (Qubit®)

Toirt

Purity

cuid eile

DNA genomic

An urra ri riatanas dàta

≥50 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1.7-2.2;
OD260/230=1.8-2.5；
Stùc soilleir aig 260 nm,gun truailleadh

Feumar dùmhlachd a thomhas le Qubit agus Qubit/Nanopore = 0.8-2.5

RNA iomlan

≥1.2μg

≥120 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1.7-2.5;
OD260/230=0.5-2.5；gun truailleadh

Luach RIN ≥7.5

5≥28S/18S≥1

Sruth-obrach seirbheis

Eisimpleir ullachadh

Togalach leabharlainn

Seicheamh

Mion-sgrùdadh dàta

Lìbhrigeadh pròiseict

Roimhe: Neach-dèanamh OEM Seirbheis Sequencing Mrna - Seicheamh fada neo-chòdachadh-Illumina - Biomarker

Air adhart: Illumina agus BGI

1.In-thaigh Dàta Toradh

Dàta air a chruthachadh bho 63 ceallan CCS (bho 26 gnè)

DÀTA-PacBio-CCS-15 Kb	Cuibheasach	Max	Min	Meadhanach
Toradh - fo-sgrìobhaidhean (Gb)	421.12	544.27	221.38	426.58
Giùlan - CCS(Gb)	25.93	38.59	10.86	25.43
Polymerase N50	145,651	175,430	118,118	144,689
Fo-sgrìobhaidhean N50	17,509	23,924	12,485	17,584
CCS N50	14,490	19,034	9,876	14,747
Fad cuibheasach - Polymerase	67,995	89,379	49,664	66,433
Fad cuibheasach - Subreads	15,866	21,036	11,657	16,012
Fad cuibheasachd-CCS	14,489	19,074	8,575	14,655

Dàta air a chruthachadh bho 16 ceallan CLR (bho ghnè 76)

DÀTA-PacBio-CLR-30Kb	Cuibheasach	Max	Min	Meadhanach
Toradh - fo-sgrìobhaidhean (Gb)	142.20	291.40	50.55	142.49
Polymerase N50	39,456	121, 191	15,389	35,231
Fo-sgrìobhaidhean N50	28,490	41,012	14,430	29,063
Fad cuibheasach - Polymerase	22,063	48,886	8,747	21,555
Fad cuibheasach - Subreads	17,720	27,225	8,293	17,779

2.Data QC - DemoStaitistig air toradh dàta

Sampall	ccs Leughadh Àireamh	Bunait iomlan ccs (bp)	ccs a’ leughadh N50 (bp)	ccs Fad Meadhanach (bp)	ccs an leughadh as fhaide (bp)	fo-sgrìobhaidhean bunaitean (bp)	ìre ccs (%)
PB_BMKxxx	3,444,159	54,164,122,586	15,728	15,726	36,110	863,326,330,465	6.27