-
Sequence Immunoprecipitation Chromatin (ChIP-seq)
Tha ChIP-Seq a’ toirt seachad cunntas genome air feadh targaidean DNA airson atharrachadh histone, factaran tar-sgrìobhaidh, agus pròtanan eile co-cheangailte ri DNA.Bidh e a’ cothlamadh roghnachas immuno-precipitation chromatin (ChIP) gus iom-fhilltean pròtain-DNA sònraichte fhaighinn air ais, le cumhachd seicheamh ginealach an ath ghinealach (NGS) airson sreath àrd-toraidh den DNA a chaidh fhaighinn air ais.A bharrachd air an sin, leis gu bheil na h-ionadan pròtain-DNA air an faighinn air ais bho cheallan beò, faodar làraich ceangail a choimeas ann an diofar sheòrsaichean cealla agus clò, no fo chumhachan eadar-dhealaichte.Tha tagraidhean a’ dol bho riaghladh tar-sgrìobhaidh gu slighean leasachaidh gu dòighean galair agus nas fhaide air falbh.
Àrd-ùrlar: Illumina NovaSeq 6000
-
Sreath genome bisulfite slàn
Tha buaidh bhunaiteach aig methylation DNA aig a’ chòigeamh suidheachadh ann an cytosine (5-mC) air faireachdainn gine agus gnìomhachd cealla.Tha pàtrain methylation neo-àbhaisteach air a bhith co-cheangailte ri grunn shuidheachaidhean agus ghalaran, leithid aillse.Tha WGBS air a thighinn gu bhith na inbhe òir airson a bhith a’ sgrùdadh methylation genome-wide aig rùn aon bhunait.
Àrd-ùrlar: Illumina NovaSeq6000
-
Assay airson chromatin a ghabhas faighinn gu Transposase le sreath àrd trochur (ATAC-seq)
Tha ATAC-seq na dhòigh sreathachaidh àrd-toradh airson mion-sgrùdadh air ruigsinneachd chromatin air feadh genome, a tha cudromach airson smachd epigenetic cruinneil air faireachdainn gine.Bidh innealan-atharrachaidh seicheamhach air an cuir a-steach do roinnean chromatin fosgailte le transposase hyperactive Tn5.Às deidh leudachadh PCR, thèid leabharlann sreathachaidh a thogail.Gheibhear a h-uile roinn chromatin fosgailte fo chumhachan ùine-fànais sònraichte, chan ann a-mhàin air a chuingealachadh ri làraich ceangail factar tar-sgrìobhaidh, no roinn sònraichte atharraichte histone.
-
Seicheamhachadh Bisulfite Riochdachaidh Lùghdaichte (RRBS)
Tha rannsachadh DNA methylation air a bhith na chuspair teth a-riamh ann an rannsachadh galair, agus tha e dlùth cheangailte ri faireachdainn gine agus feartan pheno-typic.Tha RRBS na dhòigh neo-mhearachdach, èifeachdach agus eaconamach airson rannsachadh methylation DNA.Le bhith a’ beairteachadh roinnean eileanan luchd-adhartachaidh agus CpG le bhith a’ sgoltadh enzymatic (Msp I), còmhla ri sreath Bisulfite, a’ toirt seachad lorg àrd-rèiteachaidh DNA methylation.
Àrd-ùrlar: Illumina NovaSeq 6000
