Gintinneachd Mean-fhàsach
Buannachdan Seirbheis
Takagi et al.,Iris nan lusan, 2013
●Mion-sgrùdadh bith-fhiosrachaidh coileanta:a’ comasachadh measadh a dhèanamh air iomadachd ginteil, a tha a’ nochdadh comas mean-fhàsach ghnèithean, agus a’ nochdadh dàimh earbsach fìleogenetach eadar gnèithean le buaidh as lugha mean-fhàs co-chruinneachaidh agus mean-fhàs co-shìnte
●Mion-sgrùdadh gnàthaichte roghainneilleithid tuairmse ùine agus astar eadar-dhealachaidh stèidhichte air atharrachaidhean aig ìre niùclasaid agus amino-aigéid.
●Eòlas farsaing agus clàran foillseachaidhTha BMKGene air eòlas mòr a chruinneachadh ann am pròiseactan gintinneachd sluaigh is mean-fhàs airson còrr is 15 bliadhna, a’ còmhdach mìltean de ghnèithean, msaa., agus air cur ri còrr is 1000 pròiseact àrd-ìre a chaidh fhoillseachadh ann an Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, msaa.
● Sgioba bith-fhiosrachaidh sgileil agus cearcall anailis goiridLe eòlas mòr ann an mion-sgrùdadh genomics adhartach, bidh sgioba BMKGene a’ lìbhrigeadh mion-sgrùdaidhean coileanta le ùine tionndaidh luath.
● Taic às dèidh reic:Tha ar gealladh a’ dol nas fhaide na crìoch a chur air pròiseact le ùine seirbheis às dèidh reic 3 mìosan. Rè na h-ùine seo, bidh sinn a’ tabhann obair leanmhainn air pròiseactan, cuideachadh le fuasgladh dhuilgheadasan, agus seiseanan C&A gus dèiligeadh ri ceistean sam bith co-cheangailte ris na toraidhean.
Sònrachaidhean agus riatanasan Seirbheis
| Seòrsa sreathachaidh | Sgèile sluaigh a thathar a’ moladh | Ro-innleachd sreathachaidh | Riatanasan niùclasaid |
| Sreathachadh Gìnoma Iomlan | ≥ 30 neach, le ≥ 10 neach bho gach fo-bhuidheann
| 10x | Dùmhlachd: ≥ 1 ng/ µL Suim iomlan ≥ 30ng Milleadh no truailleadh cuibhrichte no gun mhilleadh no truailleadh idir |
| Bloigh Meudaichte-Locus Sònraichte (SLAF) | Doimhneachd taga: 10x Àireamh nan tagaichean: <400 Mb: Thathar a’ moladh WGS <1Gb: 100K tagaichean 1Gb >2Gb: 300K tagaichean 500k tagaichean aig a’ char as àirde | Dùmhlachd ≥ 5 ng/µL Suim iomlan ≥ 80 ng Nanoboinne OD260/280=1.6-2.5 Gel agarose: gun lobhadh no truailleadh no truailleadh cuibhrichte
|
Sruth-obrach Seirbheis
Dealbhadh deuchainn
Lìbhrigeadh sampall
Togail leabharlainn
Seicheamhachadh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às dèidh reic
Tha an t-seirbheis a’ gabhail a-steach mion-sgrùdadh air structar sluaigh (craobh fìleogenetach, PCA, clàr sreathanachaidh sluaigh), iomadachd sluaigh, agus taghadh sluaigh (neo-chothromachadh ceangail, taghadh sguabaidh roghnach de làraichean buannachdail). Faodaidh an t-seirbheis mion-sgrùdadh gnàthaichte a ghabhail a-steach cuideachd (me ùine eadar-dhealachaidh, sruthadh gine).
*Tha na toraidhean taisbeanaidh a chithear an seo uile bho ghinean a chaidh fhoillseachadh le BMKGENE
1. Tha mion-sgrùdadh mean-fhàs a’ toirt a-steach togail craobh fìleogenetach, structar sluaigh agus PCA stèidhichte air atharrachaidhean ginteil.
Tha craobh fìlogeneatach a’ riochdachadh dàimhean tacsonamach agus mean-fhàsach am measg ghnèithean le sinnsear cumanta.
Tha PCA ag amas air dlùth-cheangal eadar fo-shluagh a dhèanamh follaiseach.
Tha structar sluaigh a’ sealltainn gu bheil fo-shluagh ann a tha eadar-dhealaichte gu ginteil a thaobh tricead allele.
Chen, et al.,PNAS, 2020
2. Sguab roghnach
Tha sguab roghnach a’ toirt iomradh air pròiseas leis a bheil làrach buannachdail air a thaghadh agus tricead làraichean neodrach ceangailte air a mheudachadh agus tricead làraichean neo-cheangailte air a lùghdachadh, agus mar thoradh air sin tha lùghdachadh roinneil.
Bithear a’ giullachd lorg air feadh a’ ghinòim air roinnean sguabaidh roghnach le bhith ag obrachadh a-mach clàr-amais ginteil sluaigh (π, Fst, D Tajima) de na SNPn uile taobh a-staigh uinneag sleamhnachaidh (100 Kb) aig ceum sònraichte (10 Kb).
Iomadachd niùclasaid (π)
D Tajima
Clàr-amais daingneachaidh (Fst)
Wu, et al.,Lusan Moileciuil, 2018
3. Sruth Gine
Wu, et al.,Lusan Moileciuil, 2018
4. Eachdraidh deamografach
Zhang, et al.,Eag-eòlas Nàdair & Mean-fhàs, 2021
5. Ùine eadar-dhealachaidh
Zhang, et al.,Eag-eòlas Nàdair & Mean-fhàs, 2021
Rannsaich na h-adhartasan a tha air an comasachadh le seirbheisean gintinneachd mean-fhàsach BMKGene tro chruinneachadh de fhoillseachaidhean air an taghadh gu faiceallach:
Hassanyar, AK et al. (2023) ‘Lorg Comharran Moileciuil SNP agus Ginean Tagraiche co-cheangailte ri Seasmhachd Bhìoras Sacbrood ann an Larbhaichean Apis cerana cerana le Ath-sheicheamhachadh an Ginoim Iomlan’,Iris eadar-nàiseanta nan saidheansan moileciuil, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) ‘Lorg salamander mòr Sìneach fiadhaich, fìor-ghlan gu ginteil a’ cruthachadh chothroman ùra airson glèidhteachas’,Rannsachadh Sò-eòlach, 2022, Leabh. 43, Iris 3, Duilleagan: 469-480, 43(3), td. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) 'Pàtran Fìle-eòlasach agus Eachdraidh Mean-fhàs Sluaigh Elymus sibiricus L. Dùthchasach air Àrd-chlàr Qinghai-Tibet',Crìochan ann an Saidheans Lusan, 13, td. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) ‘Lèirsinn genomic air mean-fhàs longan bho chruinneachadh genome aig ìre cròmosom agus genomics sluaigh de longan a chaidh a thoirt a-steach’,Rannsachadh Gàrradaireachd, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
